Day5-數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
新手tips：
（1）R的賦值符號(hào)不是等號(hào)烤送，而是<-
（2）在Console 控制臺(tái)輸入命令舰涌，相當(dāng)于Linux的命令行
（3）R的代碼都是帶括號(hào)的，括號(hào)必須是英文的胧砰。
（4）顯示工作路命令 getwd()
（5）向量是由元素組成的唉匾，元素可以是數(shù)字或者字符串。
（6）表格在R語(yǔ)言中改名叫數(shù)據(jù)框_
（7）別只復(fù)制代碼铅协，要理解其中的命令捷沸、函數(shù)的意思。函數(shù)或者命令不會(huì)用時(shí)狐史，除了百度/谷歌搜索以外痒给，用這個(gè)命令查看幫助：?read.table，調(diào)出對(duì)應(yīng)的幫助文檔骏全，翻到example部分研究一下苍柏。
（8）數(shù)據(jù)類(lèi)型：向量（vector）、數(shù)據(jù)框（data frame）姜贡、矩陣（matrix）试吁、列表（list）和數(shù)組（array）。生信學(xué)習(xí)者最需要熟悉的是向量和數(shù)據(jù)框楼咳。
part1：向量
- 1.標(biāo)量和向量的區(qū)分
首先明確“元素”的意思熄捍，元素指的是數(shù)字或者字符串（用chr表示）等，根據(jù)它可以區(qū)分兩個(gè)詞：
標(biāo)量：一個(gè)元素組成的變量
向量：多個(gè)元素組成的變量
（一個(gè)向量是一排有序排列的元素母怜，以后會(huì)用到把一個(gè)向量作為數(shù)據(jù)框中的一列的情況余耽。）
x<- c(1,2,3) #常用的向量寫(xiě)法，意為將x定義為由元素1苹熏，2碟贾，3組成的向量。
x<- 1:10 #從1-10之間所有的整數(shù)
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之間每隔0.5取一個(gè)數(shù)（注意是逗號(hào)不是分號(hào)）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重復(fù)2次
新手tips：
1.如果你把這幾行代碼都打過(guò)了柜裸，那么x就被你賦值了4次缕陕，結(jié)果就是，第一次賦值被第二次的覆蓋了疙挺，第二次的賦值又被第三次的覆蓋了扛邑，以此類(lèi)推，以最后一次為準(zhǔn)铐然。
- 2.從向量中提取元素
1）根據(jù)元素位置
這里的x是你剛才賦值的變量名蔬崩，根據(jù)自己的情況來(lái)修改
x[4] #x第4個(gè)元素
x[-4]#排除法，除了第4個(gè)元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4個(gè)元素
x[-(2:4)]#除了第2-4個(gè)元素
x[c(1,5)] #第1個(gè)和第5個(gè)元素
2）根據(jù)值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1搀暑，2沥阳，5）中的元素
image.png
Part2：數(shù)據(jù)框
將示例數(shù)據(jù)放在你的工作目錄下（重要！Ｗ缘恪Ｍ┖薄）
用以下命令即可獲得示例數(shù)據(jù)框：
截圖中顯示的NA表示空值
（1）讀取本地?cái)?shù)據(jù)
#通過(guò)read.table(flie,sep,header)讀取一個(gè)文件并轉(zhuǎn)換成一張表
#flie：文件路徑
#sep：數(shù)據(jù)之間的分隔符
#header：第一行是否是表頭，默認(rèn)為false，表示是數(shù)據(jù)
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
a <- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)
（2）設(shè)置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例數(shù)據(jù)里有doudou.txt 注意這里的變量X是一個(gè)數(shù)據(jù)框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默認(rèn)值的行名就是行號(hào)功炮，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回?cái)?shù)據(jù)溅潜，左上角第一格為空，R會(huì)自動(dòng)補(bǔ)為x,用這個(gè)命令來(lái)修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列為行名
- 3）數(shù)據(jù)框的導(dǎo)出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改為逗號(hào)薪伏，字符串不加雙引號(hào)（默認(rèn)格式帶由雙引號(hào)）
- 4）變量的保存與重新加載
這次沒(méi)有處理完的數(shù)據(jù)下次想接著用怎么辦?--學(xué)會(huì)保存和重新加載滚澜。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存當(dāng)前所有變量
save(X,file="test.RData")#保存其中一個(gè)變量
load("test.RData")#再次使用RData時(shí)的加載命令
- 5）提取元素
X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#也可以提取列（優(yōu)秀寫(xiě)法嫁怀，而且這個(gè)命令還優(yōu)秀到不用寫(xiě)括號(hào)的地步设捐，并且支持Tab自動(dòng)補(bǔ)全哦，不過(guò)只能提取一列）
