下載
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.9/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64.tar.gz
放在自己喜歡的文件夾里册着，比如/data/people/software
解壓冰寻、修改環(huán)境變量以調(diào)用
解壓
tar zxvf sratoolkit.2.10.9-centos_linux64.tar.gz
程序在bin文件夾里割去，修改環(huán)境變量
vi ~/.bash_profile
在這個(gè)文件里添加一行
export PATH=$PATH:/data/people/software/sratoolkit.2.10.9-centos_linux64/bin
保存修改
先后點(diǎn)esc --> : --> w --> q -->回車(chē)
假設(shè)要下載SRR1234567
prefetch SRR1234567 --output-directory /data/people/data/directory
是把數(shù)據(jù)下載到指定文件夾里
要是批量下載，可以自己生成一個(gè)文件，假設(shè)文件叫prefetch.sh,里面內(nèi)容是：
prefetch SRR6370525 --output-directory ./
prefetch SRR6370526 --output-directory ./
prefetch SRR6370527 --output-directory ./
prefetch SRR6370528 --output-directory ./
prefetch SRR6370529 --output-directory ./
prefetch SRR6370530 --output-directory ./
prefetch SRR6370531 --output-directory ./
nohup sh prefetch.sh &
點(diǎn)一下回車(chē)，再點(diǎn)一下回車(chē)，就可以自動(dòng)后臺(tái)下載了
查看下載進(jìn)度
jobs
拆分文件
fastq-dump --split-files SRR6370525 --outdir xxx
拆分到xxx文件夾纺裁，拆成-1和-2兩個(gè)fastq文件
