這次和大家分享下利用ggmaplot繪制差異基因篩選后的火山圖允扇，用到的基因集是ggpubr里面自帶的數(shù)據(jù)集diff_express數(shù)據(jù)集

數(shù)據(jù)集結(jié)構(gòu)及定義

可以看到basemean為所有樣本數(shù)中特定基因的表達量的平均值，detection_all為一個數(shù)字型向量，用以確定特定基因集（筆者理解類似GSEA里面的基因集，可以指定特定基因集繪制其火山圖）

以下是ggmaplot主要參數(shù)的用法

主要參數(shù)

主要參數(shù)續(xù)

主要參數(shù)續(xù)2

以下代碼實戰(zhàn)

library(ggpubr)

data(diff_express)
View(diff_express)

數(shù)據(jù)集結(jié)構(gòu)

后面的代碼中沒有指定映射眷唉，所以筆者認為防止報錯佩微，需要檢查并把列名改為模擬數(shù)據(jù)集中的同樣的名稱

colnames(diff_express)

列名

ggmaplot(diff_express,#數(shù)據(jù)集 
         main = expression("Group 1" %->% "Group 2"),#定義比較組及標題
         fdr = 0.05, #校驗P值水平
         fc = 2, #foldchange
         size = 0.4,#點大小
         palette = c("#B31B21", "#1465AC", "darkgray"),#色板
         genenames = as.vector(diff_express$name),#指定特定行為基因名
         legend = "top", #圖例位置
         top = 20,#顯示上下調(diào)前20位基因
         font.label = c("bold", 11),#顯示基因標簽字號大小及加粗
         font.legend = "plain",#圖例的設(shè)置，這里設(shè)置為不加粗
         font.main = "bold",#主要主題設(shè)置為加粗（就是那個Group圖例加粗）
         ggtheme = ggplot2::theme_minimal())#設(shè)置色板主題

火山圖

以下 給選出的基因繪制方框

ggmaplot(diff_express, 
         main = expression("Group 1" %->% "Group 2"),
         fdr = 0.05, 
         fc = 2, 
         size = 0.4,
         palette = c("#B31B21", "#1465AC", "darkgray"),
         genenames = as.vector(diff_express$name),
         legend = "top", 
         top = 20,
         font.label = c("bold", 11), 
         label.rectangle = T,#給選出的基因繪制方框
         font.legend = "bold",
         font.main = "bold",
         ggtheme = ggplot2::theme_minimal())

帶方框圖

指定特定基因以顯示

ggmaplot(diff_express, 
         main = expression("Group 1" %->% "Group 2"),
         fdr = 0.05, 
         fc = 2, 
         size = 0.4,
         genenames = as.vector(diff_express$name),
         ggtheme = ggplot2::theme_minimal(),
         top = 0, 
         label.rectangle = T,
         label.select = c("BUB1", "CD83","TP53")#指定基因集
)

指定3個基因顯示