當(dāng)你構(gòu)建完系統(tǒng)進(jìn)化樹，你當(dāng)然是想讓他變得美美噠到涂，最后是能達(dá)到發(fā)CNS的level脊框。
下面簡單給大家介紹兩個(gè)比較好用的在線的進(jìn)化樹美化工具。
ITOL
ITOL是Interaction Tree Of Life（網(wǎng)址：http://itol.embl .de/）的簡稱践啄，它是一個(gè)集在線展示浇雹、注釋和管理進(jìn)化樹的交互工具。繪圖過程中可以隨意調(diào)整樹枝屿讽、標(biāo)簽的顏色昭灵、形狀和字體。而iTOL最大的特點(diǎn)是可以同時(shí)展示不同的數(shù)據(jù)集伐谈，并按照個(gè)性化的需求控制數(shù)據(jù)集的位置烂完、大小和顏色，并允許導(dǎo)出高質(zhì)量的位圖和矢量圖诵棵。
輸入文件準(zhǔn)備
輸入文件主要包含兩個(gè)部分：
1）原始進(jìn)化樹文件
只能識別Newick抠蚣、Nexus、PhyloXML非春、Text和Jplace等格式的純文本文件（plain text files）柱徙，比如MEGA等軟件輸出的Newick文件或者以.tre為后綴的文件。
進(jìn)化樹注釋文件
通過下載iTOL官網(wǎng)上提供的進(jìn)化樹不同數(shù)據(jù)集注釋模板（網(wǎng)址：http://itol.embl.de/help.cgi#annot奇昙，模板下載參考下圖操作）护侮，將自己的數(shù)據(jù)按照模板修改從而獲得注釋文件。
以tol_binary.txt文件為例：使用編輯器打開該文件储耐，翻到如下圖所示界面羊初，對圖中的4個(gè)參數(shù)進(jìn)行編輯，保存后即可直接用于進(jìn)化樹的注釋。
輸入文件上傳
將原始進(jìn)化樹文件按如下圖流程進(jìn)行上傳长赞，需要注意的是進(jìn)化樹注釋文件直接拖動(dòng)至進(jìn)化樹繪制面板中即可晦攒，無需上傳。
進(jìn)化樹繪制面板介紹
數(shù)據(jù)上傳后得哆，網(wǎng)頁會跳轉(zhuǎn)至進(jìn)化樹繪制面板界面脯颜。
通過調(diào)整控制面板（Controls）中的參數(shù)可對進(jìn)化樹進(jìn)行簡單編輯，如調(diào)整圖形模式（Display mode）贩据，物種字體（Label font）栋操，樹枝粗細(xì)，顏色（Branch lines ）饱亮，甚至任意旋轉(zhuǎn)進(jìn)化樹的方向（Parameters）等矾芙。比如下圖就是經(jīng)過簡單編輯后產(chǎn)生的進(jìn)化樹圖
高級的美化
當(dāng)然iTOL在線工具的功能還有很多，同時(shí)也提供相應(yīng)的在線學(xué)習(xí)視頻近上，各位感興趣的看官可登陸官網(wǎng)進(jìn)行查看和學(xué)習(xí)剔宪。
鏈接：
https://itol.embl.de/video_tutorial.cgi?p=a#
如果國內(nèi)的同學(xué)不能打開，歡迎在留言區(qū)留言壹无，可以下載并上傳給大家葱绒。
進(jìn)化樹的導(dǎo)出
最后的最后千萬別忘了把已經(jīng)做好的進(jìn)化樹導(dǎo)出來。ITOL提供多種格式圖形導(dǎo)出功能包括矢量圖（Vector）斗锭、位圖（Bitmap）和樹文件（Text)
Evolview
Evolview可在線進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析哈街，簡約而不簡單。能夠標(biāo)注較復(fù)雜的注釋信息拒迅，可導(dǎo)出多種格式的文件，包括pdf她倘、svg璧微、tiff、png硬梁，而且繪制完成的進(jìn)化樹可永久性的保存在網(wǎng)站里前硫，也可進(jìn)行共享。心動(dòng)了吧荧止，那快猛戳這里屹电，http://www.evolgenius.info/evolview
首先，我們要注冊賬號跃巡，見下圖：如果只想看一下效果危号，點(diǎn)Use without an account進(jìn)入主界面。
輸入文件準(zhǔn)備
需導(dǎo)入Newick素邪、NHX外莲、PhyloXML和Nexux等格式的純文本文件（plain text files），比如MEGA等軟件輸出的Newick文件，見下圖
進(jìn)入操作界面
工具欄包括基本設(shè)置偷线、高級設(shè)置磨确、添加注釋信息和導(dǎo)出文件。網(wǎng)站首頁有18個(gè)DEMOS和5個(gè)SHOWCASES供大家參考學(xué)習(xí)声邦。
導(dǎo)入文件
設(shè)置分支顏色
格式：location乏奥，color，commands亥曹，共三列邓了，由制表符分隔。
location—一個(gè)葉節(jié)點(diǎn)歇式，或者由逗號分隔的2個(gè)葉節(jié)點(diǎn)
color—顏色的名稱
commands—控制命令（可不設(shè)）
示例：
控制命令說明：
ad—應(yīng)用到所有分支和葉節(jié)點(diǎn)
prefix—應(yīng)用到以第一列字符起始的所有葉節(jié)點(diǎn)上
suffix—應(yīng)用到以第一列字符結(jié)尾的所有葉節(jié)點(diǎn)上
anywhere—應(yīng)用到包含第一列字符的所有葉節(jié)點(diǎn)上
toroot—應(yīng)用到從葉節(jié)點(diǎn)到根節(jié)點(diǎn)的所有分支上
設(shè)置標(biāo)簽及其背景顏色
設(shè)置標(biāo)簽裝飾
格式：location shape,color[:stroke_color]
至少有2列：由制表符分隔驶悟。可以設(shè)置多列材失，格式和作用與第2列相同痕鳍，即一個(gè)標(biāo)簽可以設(shè)置多個(gè)裝飾圖形。
形狀類型：triangle(三角形)龙巨、circle(圓形)笼呆、rect(矩形)、star(星形)旨别、check(勾形)
location—一個(gè)葉節(jié)點(diǎn)的名稱
shape,color[:stroke_color]—裝飾形狀（shape）诗赌，填充色（color），邊框色（stroke_color）秸弛。
注意：勾形只能為純色铭若。
設(shè)置分組標(biāo)簽
格式要求：
設(shè)置語句含2列，以制表符分隔递览。
location—一個(gè)葉節(jié)點(diǎn)叼屠，或者由逗號分隔的2個(gè)葉節(jié)點(diǎn)
label—顏色的名稱設(shè)置文字標(biāo)簽（text=label，必須）和格式參數(shù)（color可選）
2種格式參數(shù)設(shè)置方式：
全局參數(shù)—以“!groupLabel”起始绞铃，放在第一行镜雨，作用于所有語句
局部參數(shù)—放置在每條語句后，只作用于當(dāng)前語句儿捧，且局部參數(shù)會覆蓋全局參數(shù)荚坞。
格式參數(shù)列表
示例：
設(shè)置Bootstrap值(注：進(jìn)化樹必須含有bootstrap值)
格式要求：
設(shè)置語句含2列，以制表符分隔菲盾。
bootstrap值范圍—一個(gè)值颓影，或者由逗號或冒號分隔的2個(gè)值
bootstrap值的顯示格式參數(shù)
2種格式參數(shù)設(shè)置方式：
全局參數(shù)—以“!bootstrapValueStyles”起始，放在第一行懒鉴，作用于所有語句
局部參數(shù)—放置在每條語句后瞭空，只作用于當(dāng)前語句，且局部參數(shù)會覆蓋全局參數(shù)。
個(gè)性化設(shè)置
在圖中添加柱狀圖咆畏、熱圖南捂、點(diǎn)圖、箱線圖等旧找。
這里只是給出兩個(gè)比較好用的美圖工具溺健，具體怎也操作也還需要大家自己去探索。當(dāng)年你有需要時(shí)候钮蛛，你花點(diǎn)時(shí)間去學(xué)鞭缭，肯定會畫出一份高顏值的進(jìn)化樹的。
參考資料:
吉美生物公眾號
