盡管現(xiàn)在scRNA-seq廣泛應(yīng)用于腫瘤內(nèi)異質(zhì)性的研究中提岔，體細(xì)胞突變的檢測和從scRNA-seq推斷克隆成信息可能并不準(zhǔn)確玄货。這里，我們提出了DENDRO跨细，這是一種分析scRNA-seq數(shù)據(jù)的方法，它將單個細(xì)胞聚集成遺傳上不同的亞克隆躺酒，并重建與亞克隆相關(guān)的系統(tǒng)發(fā)育樹押蚤。DENDRO在考慮了技術(shù)噪音和表達(dá)隨機(jī)性的同時利用轉(zhuǎn)錄點(diǎn)突變推斷信息。我們對DENDRO進(jìn)行了基準(zhǔn)測試羹应，并演示了它在三種癌癥的模擬數(shù)據(jù)和真實(shí)數(shù)據(jù)上的應(yīng)用揽碘。在免疫治療的小鼠黑色素瘤模型中，DENDRO描述了新抗原在治療反應(yīng)中的作用园匹。
Zhou, Z., Xu, B., Minn, A. et al. DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing. Genome Biol 21, 10 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-019-1922-x
