今天帶來跟新冠肺炎疫情相關(guān)的另一篇論文——關(guān)于約翰霍普金斯大學(xué)開發(fā)的疫情追蹤可視化系統(tǒng)。該文章已發(fā)表于The Lancet Infectious Disease桑嘶，由兩位中國博士生領(lǐng)銜開發(fā)。
[本文原始鏈接][url]
[url]:https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30120-1/fulltext
系統(tǒng)開發(fā)由Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU)完成。
1 文章相關(guān)信息
The Lancet Infectious Disease OA pdf
Title: An interactive web-based dashboard to track COVID-19 in real time
題目: 一個基于Web的交互式COVID-19實(shí)時追蹤儀表盤可視化系統(tǒng)
Author:
- Ensheng Dong-1
- Hongru Du-1,
- Lauren Gardner-1
注: 作者姓名-后的數(shù)字代表對應(yīng)的單位
Affiliation:
- 1 Department of Civil and Systems Engineering, Johns Hopkins University, Baltimore, MD 21218, USA
聯(lián)系原作者方式: l.gardner@jhu.edu
引用：
Dong E, Du H, Gardner L. An interactive web-based dashboard to track COVID-19 in real time. Lancet Infect Dis; published online Feb 19. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30120-1.
2 正文翻譯
在2019年12月所灸，一個不明原因肺炎的局部暴發(fā)在中國湖北武漢發(fā)生，并且該肺炎的病原體快速地被認(rèn)定為一種新型的冠狀病毒炫七，目前被命名為嚴(yán)重急性呼吸綜合征冠狀病毒2（SARS-CoV-2）爬立。該疫情的暴發(fā)目前已經(jīng)蔓延到中國大陸的每個省份以及27個其他國家和區(qū)域，截止至2020年2月17日已經(jīng)有超過70 000人被確診万哪。為了應(yīng)對這個仍在持續(xù)的公共衛(wèi)生突發(fā)事件侠驯，作者開發(fā)了一個在線的交互式儀表盤用于實(shí)時可視化和追蹤2019新型冠狀病毒疫情（COVID-19）的確診病例，該系統(tǒng)托管在美國馬里蘭州巴爾的摩市約翰霍普金斯大學(xué)的系統(tǒng)科學(xué)與工程中心上奕巍。這個儀表盤在1月22日第一次公開分享吟策，描述了所有疫情影響國家COVID-19確診病例，死亡病例與康復(fù)病例的地理位置與數(shù)量的止。開發(fā)這個儀表盤是為了提供給研究者檩坚，公共衛(wèi)生當(dāng)局以及公眾用戶一個用戶友好型的工具用以追蹤疫情。所有收集和展示的數(shù)據(jù)都是可以免費(fèi)獲取的诅福，原始數(shù)據(jù)最初是通過Google表格存儲匾委，現(xiàn)在是通過GitHub倉庫以及儀表板的功能層（現(xiàn)在包含在Esri Living Atlas中）存儲。
這個儀表盤報告了中國省級級別的病例权谁，美國，澳大利亞和加拿大城市級別的病例憋沿，其他國家是國家級的病例旺芽。在1月22到31號，所有數(shù)據(jù)收集和處理都是手動完成的辐啄，而更新通常是每天（美國東部時間）早采章，晚進(jìn)行兩次。隨著疫情的發(fā)展壶辜，手動處理流程變得不可持續(xù)悯舟。 因此在2月1日后，作者采用了半自動化的實(shí)時數(shù)據(jù)流策略砸民。他們的原始數(shù)據(jù)源包括DXY（丁香園）抵怎，由中國醫(yī)學(xué)界成員運(yùn)營的在線平臺奋救，該平臺匯總了本地媒體和政府報告，以近實(shí)時地在中國省級和其他國家/地區(qū)提供了累計的COVID-19病例總數(shù)反惕。每隔15分鐘尝艘，DXY將更新中國所有省份以及其他受影響國家和地區(qū)的累計病例數(shù)。對于中國大陸以外的國家和地區(qū)（包括香港姿染，澳門和臺灣）背亥，我們發(fā)現(xiàn)DXY累積病例數(shù)經(jīng)常落后于其他來源；因此悬赏，我們會在發(fā)現(xiàn)新病例的全天手動更新這些病例號狡汉。為了確定新的案例，我們監(jiān)視各種Twitter摘要闽颇，在線新聞服務(wù)以及通過儀表盤發(fā)送的直接信息盾戴。在手動更新儀表板之前，我們先與區(qū)域和地方衛(wèi)生部門確認(rèn)病例編號进萄，這些部門包括中國捻脖，臺灣和歐洲的各個疾病預(yù)防控制中心（CDC），香港衛(wèi)生署中鼠，澳門政府和世衛(wèi)組織以及城市和州級衛(wèi)生當(dāng)局可婶。對于我們在2月1日開始報告的美國，澳大利亞和加拿大的城市級病例報告援雇，我們依靠美國疾病預(yù)防控制中心矛渴，加拿大政府，澳大利亞政府衛(wèi)生部以及各州或領(lǐng)地的衛(wèi)生部門惫搏。所有數(shù)據(jù)更新（針對中國大陸以外的國家和地區(qū)）均由約翰霍普金斯大學(xué)的團(tuán)隊進(jìn)行協(xié)調(diào)具温。
儀表盤上報告的病例數(shù)據(jù)分別與中國大陸內(nèi)部和外部的中國每日CDC3和WHO狀況報告2一致（圖）。 此外筐赔，儀表盤在獲取新國家或地區(qū)中首次報告的COVID-19病例的時效性較強(qiáng)铣猩。 除澳大利亞，香港和意大利外茴丰，約翰霍普金斯大學(xué)CSSE報告了世衛(wèi)組織之前的新感染國家达皿，而香港和意大利則在相應(yīng)的世衛(wèi)組織情況報告的幾小時內(nèi)報告了這一情況。
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圖. 不同數(shù)據(jù)源的COVID-19確診案例比較贿肩。
考慮到迄今為止該儀表盤的受歡迎程度和影響峦椰，作者計劃在整個COVID-19疫情暴發(fā)的過程中繼續(xù)托管和管理該工具，并增強(qiáng)其功能以建立一個常規(guī)工具來監(jiān)測和預(yù)測未來爆發(fā)汰规。 作者認(rèn)為他們的努力對于在爆發(fā)的早期階段幫助建模工作和控制措施是至關(guān)重要的汤功。
3 相關(guān)資源網(wǎng)站與博客
除了上述論文以外，約翰霍普金斯大學(xué)還有一些相關(guān)資源溜哮。包括論文通訊作者發(fā)表的一篇博客——關(guān)于COVID-19的輸入風(fēng)險與預(yù)測的文章滔金。
Update January 31: Modeling the Spreading Risk of 2019-nCoV
關(guān)于這個儀表盤可視化系統(tǒng)介紹的博文色解。
約翰霍普金斯大學(xué)冠狀病毒資源中心，涵蓋冠狀病毒相關(guān)的各類資源：報道鹦蠕，預(yù)防冒签，問答形式等。
Johns Hopkins University & Medicine CORONAVIRUS RESOURCE CENTER
上周這兩位作者做了一個線上講座“【霍普金斯沙龍·2020·II】大數(shù)據(jù)AI技術(shù)應(yīng)對新型冠狀病毒的危機(jī)”钟病。不過比較可惜萧恕，因為時差原因，我就沒有聽到具體的講座內(nèi)容肠阱。另外esri中國的B站賬戶也更新了一期公開課票唆。介紹了幾個相關(guān)的基于ArcGIS dashboard搭建的系統(tǒng)。
4 個人認(rèn)識
最近見到的疫情平臺比較多屹徘，事實(shí)上約翰霍普金斯大學(xué)的這個系統(tǒng)整體而言還是做得不錯的走趋，從響應(yīng)，界面UI設(shè)計噪伊，數(shù)據(jù)可靠性等來說都是比較不錯的一個平臺簿煌，有很濃厚的ArcGIS風(fēng)格。
當(dāng)然目前GIS在空間流行病學(xué)和這個領(lǐng)域的應(yīng)用大部分也都是地圖可視化鉴吹，比較進(jìn)一步發(fā)展的是個人時空軌跡追蹤姨伟。對防控起到了一定作用，但仍有很多可以做也還沒做的部分豆励。希望未來可以在這一步有所發(fā)展夺荒。畢竟空間統(tǒng)計最早起源于流行病學(xué)——倫敦霍亂地圖。
