一方援、SNP分析內(nèi)容（包括但不局限）：
①call SNP的軟件——freebayes没炒；
②計算全部SNP數(shù)量；
③平均多少核苷酸包含一個SNP犯戏；
④計算全基因組轉(zhuǎn)換/顛換率送火。
二、物種之間做群體遺傳分析時先匪，F(xiàn)st沒有意義种吸。
可以在做分化較大的群體或者物種間的選擇信號時考慮CLR（全稱：composite likelihood ratio，意即復(fù)合似然比檢驗）呀非，其主要用來探測群體內(nèi)的選擇信號坚俗，探測的原理是SFS。
軟件：SweedFinder2岸裙、SweeD（假陽性低）
然后計算每個物種的選擇性位點占基因組的比例猖败，有多少個重疊的基因注釋，最后看幾個物種交集或特有的基因降允，去做富集恩闻。
參考：
1、群體遺傳|基于自然選擇的CLR分析 (qq.com)
2剧董、【群體內(nèi)選擇信號】SweeD--CLR選擇 - 知乎 (zhihu.com)
3幢尚、SweeD exercise - Evolution and Genomics (evomics.org)
