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導(dǎo)語：
上海唯那生物專門針對于高通量測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和各類繪圖開發(fā)的實(shí)用型R語言課程卧抗，既有理論講解，又有腳本和案例用于實(shí)操訓(xùn)練搔课，學(xué)習(xí)起來容易上手且能夠知其然知其所以然匈仗，舉一反三解決實(shí)際問題在辆。
課程簡介：
本套課程是由上海唯那生物技術(shù)團(tuán)隊(duì)結(jié)合多年的項(xiàng)目分析實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)规揪，經(jīng)過大量的用戶需求調(diào)研，專注于高通量測序數(shù)據(jù)處理和繪圖實(shí)戰(zhàn)而綜合開發(fā)的大型R語言課程，本套課程具有五大顯著特點(diǎn)：
（1）實(shí)用性強(qiáng)：課程精選的每個專題都是科研客戶的熱門需求瓣蛀；
（2）實(shí)戰(zhàn)性強(qiáng)：每個專題陆蟆，都有完整、專門的腳步和案例數(shù)據(jù)惋增，在Windows系統(tǒng)叠殷、Mac系統(tǒng)、Linux系統(tǒng)诈皿，均可學(xué)習(xí)和操作林束；
（3）可移植性強(qiáng)：把案例數(shù)據(jù)替換成自己的實(shí)際項(xiàng)目數(shù)據(jù)，使用課程附帶的腳本就可以運(yùn)行獲得結(jié)果稽亏；
（4）體系更系統(tǒng)：課程包含軟件壶冒、軟件包的各種安裝方法，腳本的寫作規(guī)則截歉，數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方法和各類典型繪圖方法胖腾，循序漸進(jìn)，基本包括了處理高通量測序數(shù)據(jù)的主要分析模塊瘪松，邏輯嚴(yán)謹(jǐn)且體系完善咸作，更容易綜合掌握R語言；
（5）上手更容易：課程既適合于零基礎(chǔ)的入門學(xué)習(xí)者宵睦，也適合于具有一定基礎(chǔ)的初級使用者记罚，課程中結(jié)合著一個個的具體案例，拆解了R語言使用的各個重要知識點(diǎn)壳嚎，并對結(jié)果做了解讀分析毫胜，同時分享了很多經(jīng)驗(yàn)，學(xué)習(xí)起來更友好诬辈，可以舉一反三用于實(shí)踐酵使。
課程適用于：
（1）開展菌群16S rDNA、ITS焙糟、宏基因組測序研究和分析的科研工作者口渔；
（2）開展轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的科研工作者；
（3）開展基因組學(xué)統(tǒng)計(jì)和繪圖分析的科研工作者穿撮；
（4）需要使用R語言快速進(jìn)行實(shí)戰(zhàn)研究的零基礎(chǔ)學(xué)習(xí)者缺脉；
（5）具有一定R語言基礎(chǔ)，需要系統(tǒng)學(xué)習(xí)和技能提升的入門使用者悦穿。
課程包含：4個章節(jié)共計(jì)29節(jié)課
（1）R語言環(huán)境的安裝配置和常規(guī)操作（第一章節(jié)）攻礼；
（2）如何使用R語言進(jìn)行數(shù)據(jù)過濾和統(tǒng)計(jì)分析（第二章節(jié)）；
（3）R語言繪圖方法栗柒，案例介紹和腳本分享（第三和第四章節(jié)）礁扮。
課程內(nèi)容大綱：
第一章：R語言的安裝與快速上手
課時1.1：R語言入門導(dǎo)言
（1）課程目標(biāo)、面向的人群和課程解決的主要問題
（2）課程學(xué)習(xí)和腳本使用指南
（3）唯那生物團(tuán)隊(duì)提供的免費(fèi)無憂售后服務(wù)
課時1.2：R、Rstudio與R包的安裝與簡單使用
（1）R太伊、Rstudio與R包的關(guān)系
（2）R雇锡、Rstudio與R包的安裝方法
（3）如何獲得幫助信息
（4）國內(nèi)鏡像的設(shè)置
（5）R包的更新與卸載
課時1.3：R語言編程入門實(shí)戰(zhàn)
（1）變量的定義和賦值
（2）基本數(shù)據(jù)類型與常用操作（向量，矩陣僚焦，數(shù)據(jù)框锰提，列表）
（3）數(shù)據(jù)的讀取和導(dǎo)出
課時1.4 R語言編程中的循環(huán)與判斷方法實(shí)操
（1）R語言編程中常用循環(huán)方式和實(shí)操
（2）R語言編程中各類判斷方法和實(shí)操
第二章：R語言的數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析
課時2.1：R語言中的基本數(shù)據(jù)計(jì)算與數(shù)據(jù)清洗
（1）數(shù)據(jù)（*.csv）的讀取和導(dǎo)出
（2）數(shù)據(jù)框基本操作：缺失值替換、數(shù)據(jù)過濾芳悲、行列信息提取與替換立肘、均值/總和/標(biāo)準(zhǔn)差等常用統(tǒng)計(jì)量的計(jì)算
課時2.2：高級數(shù)據(jù)清洗：使用tidyverse包實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)清洗
（1）tidyverse包的安裝和加載
（2）寬表格和長表格相互轉(zhuǎn)換
（3）數(shù)據(jù)清洗函數(shù)：新列的添加、行篩選名扛、排序囱怕、選擇指定列
（4）數(shù)據(jù)框合并：左連接耙饰、內(nèi)連接症汹、反連接塑崖、半連接
（5）實(shí)戰(zhàn)案例：數(shù)據(jù)的分組匯總（以微生物菌群不同層級物種豐度信息統(tǒng)計(jì)為例）
課時2.3：使用R語言實(shí)現(xiàn)各類差異分析
（1）使用rstatix包中函數(shù)進(jìn)行T檢驗(yàn)、Wilcox檢驗(yàn)和ANOVA檢驗(yàn)
（2）實(shí)戰(zhàn)：使用DESeq2包進(jìn)行基因表達(dá)差異檢驗(yàn)與統(tǒng)計(jì)
課時2.4：使用R語言進(jìn)行相關(guān)性分析
（1）相關(guān)性分析的生物學(xué)意義與應(yīng)用場景
（2）實(shí)戰(zhàn)：組內(nèi)樣本間相關(guān)性分析
（3）實(shí)戰(zhàn)：組間樣本相關(guān)性分析（以宏基因組數(shù)據(jù)物種與代謝通路相關(guān)性分析為例）
第三章：ggplot2包及擴(kuò)展包使用和各類繪圖實(shí)戰(zhàn)
課時3.1：ggplot2的安裝與功能
（1）ggplot2的安裝和功能
（2）ggplot2的語法規(guī)則
（3）ggplot2的使用方法
課時3.2：柱狀圖之常規(guī)柱狀圖和分組柱狀圖繪制
（1）工作目錄設(shè)置和文件讀取
（2）列名修改和替換
（3）數(shù)據(jù)升序/降序處理
（4）geom_bar()函數(shù)繪制柱狀圖使用規(guī)則
（5）柱狀圖添加文本標(biāo)簽和軸標(biāo)簽方法
（6）實(shí)戰(zhàn)繪圖：一鍵化繪制多樣本柱狀圖和分組柱狀圖
課時3.3：柱狀圖之組間差異檢驗(yàn)柱狀圖繪制
（1）組間差異檢驗(yàn)常用方法
（2）實(shí)戰(zhàn)：使用ggbarplot函數(shù)繪制柱狀圖
（3）實(shí)戰(zhàn)：柱狀圖添加差異檢驗(yàn)結(jié)果
（4）繪圖結(jié)果導(dǎo)出方法
課時3.4：柱狀圖之堆積柱狀圖和簇狀柱狀圖繪制
（1）堆積柱狀圖和簇狀柱狀圖的類型惹苗、使用場景
（2）實(shí)戰(zhàn)：堆積柱狀圖和百分比堆積柱狀圖繪制
（3）實(shí)戰(zhàn)：簇狀柱狀圖繪制
（4）擴(kuò)展：如何將差異檢驗(yàn)結(jié)果添加到簇狀柱狀圖中
課時3.5：箱線圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）箱線圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)文件整理方法
（2）箱線圖的繪制和參數(shù)設(shè)置
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本一鍵化繪制箱線圖
課時3.6：小提琴圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）小提琴圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)文件整理方法
（2）小提琴圖的繪制和參數(shù)設(shè)置
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本一鍵化繪制小提琴圖
課時3.7：常規(guī)型散點(diǎn)圖繪制
（1）散點(diǎn)圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)格式要求
（2）散點(diǎn)圖參數(shù)設(shè)置：擬合曲線添加和相關(guān)性分析
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本一鍵化繪制散點(diǎn)圖
課時3.8：散點(diǎn)圖之火山圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）火山圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)格式要求
（2）火山圖繪制的各類參數(shù)設(shè)置
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本一鍵化繪制火山圖
（4）火山圖結(jié)果生物學(xué)意義的解讀
課時3.9：散點(diǎn)圖之PCA圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）PCA圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)準(zhǔn)備方法
（2）PCA圖繪制的R包和參數(shù)設(shè)置
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本一鍵化繪制PCA圖
（4）PCA結(jié)果圖生物學(xué)意義的解讀
課時3.10：折線圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）折線圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)格式要求
（2）實(shí)戰(zhàn)：折線圖繪制和各類參數(shù)設(shè)置
（3）實(shí)戰(zhàn)：折線圖中添加面積圖和堆積面積圖繪制
（4）實(shí)戰(zhàn)：折線圖繪圖中添加誤差棒殿较；
（5）折線圖繪圖腳本使用與修改建議
課時3.11：常規(guī)餅圖和環(huán)形餅圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）餅圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和源數(shù)據(jù)準(zhǔn)備方法
（2）常規(guī)餅圖和環(huán)形餅圖的繪制方法和參數(shù)設(shè)置
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制餅圖
課時3.12：拼圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）拼圖的類型和使用場景
（2）實(shí)戰(zhàn)：使用patchwork包拼圖
（3）擴(kuò)展：拼圖后圖片標(biāo)記添加和主題設(shè)置
（4）拼圖結(jié)果的導(dǎo)出方法
第四章：熱門繪圖R包的使用和各類繪圖實(shí)戰(zhàn)
課時4.1：Venn圖之各類常規(guī)Venn圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）Venn圖的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和結(jié)果解讀
（2）Venn圖源數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和格式轉(zhuǎn)換
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制Venn圖
（4）擴(kuò)展：腳本參數(shù)的修改建議
課時4.2：Venn圖之大樣本量花瓣圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）花瓣圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）花瓣圖源數(shù)據(jù)準(zhǔn)備和格式轉(zhuǎn)換
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制花瓣圖
（4）擴(kuò)展：腳本參數(shù)的修改建議
課時4.3：Upset圖（集合圖）繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）Upset圖的結(jié)構(gòu)樣式和應(yīng)用場景
（2）Upset圖繪制源數(shù)據(jù)文件整理與格式規(guī)范
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制Upset圖
（4）Upset圖結(jié)果解讀
課時4.4：Heatmap圖之常規(guī)圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）熱圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）常規(guī)熱圖繪制源數(shù)據(jù)文件整理與格式規(guī)范
（3）常規(guī)熱圖繪制的R包使用方法
（4）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制熱圖繪圖
課時4.5：組內(nèi)各個樣本相關(guān)性Heatmap圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）組內(nèi)相關(guān)性熱圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）組內(nèi)相關(guān)性熱圖繪制源數(shù)據(jù)文件整理與格式規(guī)范
（3）組內(nèi)相關(guān)性熱圖繪制的R包使用方法、腳本參數(shù)的必要性調(diào)整
（4）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制組內(nèi)相關(guān)性熱圖
課時4.6：組間相關(guān)性Heatmap圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）組間相關(guān)性熱圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）組間相關(guān)性熱圖繪制源數(shù)據(jù)文件整理與格式規(guī)范
（3）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制組間相關(guān)性熱圖
課時4.7：Circos弦圖繪制：以微生物菌群物種與樣本對應(yīng)關(guān)系為例
（1）弦圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）弦圖繪制源數(shù)據(jù)文件整理與格式規(guī)范
（3）弦圖繪制的R包和使用方法
（4）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制微生物物種與樣本關(guān)系的弦圖
課時4.8：Circos弦圖繪制：以轉(zhuǎn)錄組GO功能與對應(yīng)基因關(guān)系
（1）GO功能注釋弦圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）GO功能注釋弦圖繪制源數(shù)據(jù)文件準(zhǔn)備
（3）GO功能注釋弦圖繪制方法和腳本參數(shù)的必要性調(diào)整
（4）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制GO功能注釋弦圖
課時4.9：華夫餅圖繪制實(shí)戰(zhàn)
（1）華夫餅圖的應(yīng)用場景和結(jié)果解讀
（2）華夫餅圖繪制源數(shù)據(jù)文件整理與格式規(guī)范
（3）華夫餅圖繪制R包和使用方法
（4）實(shí)戰(zhàn)：使用腳本繪制華夫餅圖
