無論是作為計算生物學(xué)家或者是Python程序員閱讀這本書,你可能會聯(lián)想到“爆炸式增長和令人興奮的時代(explosive growth, exciting times )”這種表述。最近Python使用的增長與其作為大數(shù)據(jù)分析中主要編程語言的地位密不可分。來源于蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)的海量數(shù)據(jù),使得生物信息成為了數(shù)據(jù)科學(xué)的應(yīng)用前沿芬膝,生信學(xué)家非常需要分析這些大量數(shù)據(jù),理所當(dāng)然的最主要工具之一就是Python。我們將不僅會談?wù)撨@門編程語言疹吃,還會涉及到它背后整個社區(qū)和軟件生態(tài)。
當(dāng)選擇Python去分析你的數(shù)據(jù)時西雀,你會期望有大量的擴展庫萨驶,這些擴展庫從統(tǒng)計分析到繪圖,并行計算艇肴,機器學(xué)習(xí)和生物信息篡撵。然而,你實際上會得到比這些更多的好處豆挽,社區(qū)一向有提供規(guī)范文檔育谬,可信的庫文件和框架的傳統(tǒng),并且它對于所有的參與者友好且支持帮哈。
在本書中膛檀,我們將針對現(xiàn)代的生物信息問題使用Python給出一些實際的解決方案。我們將親自動手實踐這些方案,并且討論重要的主題咖刃,例如下一代測序泳炉、基因組學(xué)、群體遺傳學(xué)嚎杨、系統(tǒng)發(fā)育學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)花鹅。
在這個階段,你可能對這門語言已經(jīng)有相當(dāng)?shù)牧私夥阏悖⑶抑獣阅阊芯款I(lǐng)域的基本分析方法刨肃。你將直接深入研究相對復(fù)雜的計算生物學(xué)問題并且學(xué)習(xí)如何使用Python來解決它們。這不是你的第一本Python書籍或者第一節(jié)生物學(xué)課程箩帚,這是你發(fā)現(xiàn)對于現(xiàn)實和復(fù)雜問題的可靠和可編程的解決方案的地方真友。