Linux系統(tǒng)是進(jìn)行生物信息學(xué)分析的基石，許多生物信息學(xué)軟件都是基于Linux系統(tǒng)開發(fā)的虹脯。所以學(xué)習(xí)Linux對(duì)于生物信息學(xué)分析尤為重要。
學(xué)習(xí)鏈接：https://research.biomart.cn/experiment/course_detail.htm?id=25&from=wechat_20190713
Linux系統(tǒng)具有很多優(yōu)勢(shì)：
去可視化：使用命令行模式、節(jié)省計(jì)算資源
文件和目錄結(jié)構(gòu)管理
安全亭畜、穩(wěn)定、多線程
權(quán)限設(shè)置
適合處理大文本
等等等
Linux命令入門
通用的終端命令格式是
命令+參數(shù)+文件（必須空格分隔）
command options arguments
為了更好的進(jìn)行l(wèi)inux學(xué)習(xí)迎卤，
Windows用戶可以下載git軟件拴鸵，可以進(jìn)行去可視化操作
Mac用戶可以尋找終端，進(jìn)行去可視化操作
當(dāng)然蜗搔，最好可以在服務(wù)器上進(jìn)行學(xué)習(xí)和操作
具體的服務(wù)器介紹劲藐，可以參考一下生信技能樹的內(nèi)容：http://www.biotrainee.com/thread-108-1-1.html 里面有各種云服務(wù)器和實(shí)體服務(wù)器的使用方法的介紹
下面開始今天的Linux學(xué)習(xí)筆記：
Linux基本命令---目錄集
首先要學(xué)習(xí)Linux系統(tǒng)的目錄結(jié)構(gòu)
/ #根目錄，是系統(tǒng)最起始的目錄樟凄，所有的文件都在根目錄下面
/bin #可執(zhí)行二進(jìn)制文件的目錄 如 ls 等命令
/home #家目錄聘芜，系統(tǒng)默認(rèn)的用戶家目錄
/etc #系統(tǒng)配置文件存放的目錄，一般剛開始接觸linux的同學(xué)暫時(shí)不要去鼓搗
/root #存放啟動(dòng)linux時(shí)使用的一些核心文件
了解了Linux系統(tǒng)的目錄結(jié)構(gòu)缝龄，接下來(lái)學(xué)習(xí)目錄常用命令
ls #顯示目錄內(nèi)容列表
mkdir #創(chuàng)建目錄 mkdir -p 可以進(jìn)行遞歸創(chuàng)建
rmdir #刪除空的目錄
cd #切換到某一個(gè)目錄下
cp #將文件復(fù)制到目標(biāo)目錄下
mv #移動(dòng)目錄汰现、文件或者重命名目錄、文件
pwd #絕對(duì)路徑方式顯示用戶當(dāng)前工作目錄
find #查找文件
dirs #顯示目錄記錄
touch #生成一個(gè)空文件或者更改文件的時(shí)間
ln #建立軟鏈接
echo #把內(nèi)容重定向到指定的文件中
Linux基本命令---文件命令集
文件操作命令
cat #查看文件內(nèi)容并且打印到屏幕上
head #查看文件前幾行
tail #查看文件后幾行
less #查看文件叔壤，可以上寫翻頁(yè)瀏覽內(nèi)容
more #顯示文件內(nèi)容瞎饲，每次顯示一屏幕
touch #創(chuàng)建我呢見
find #查找文件和文件夾
diff #查看兩個(gè)文件是否有差異
rename #重命名
mv #移動(dòng)和重命名
wc #統(tǒng)計(jì)文件中的字節(jié)數(shù)
路徑的表示方法
路徑有兩種表示方法：絕對(duì)路徑和相對(duì)路徑
絕對(duì)路徑： 從根目錄“/”開始，并且使用“/”將各級(jí)目錄分隔開
相對(duì)路徑：目標(biāo)目錄相對(duì)于當(dāng)前目錄的位置
. 代表當(dāng)前目錄
.. 代表上一級(jí)目錄
- 代表前一個(gè)目錄
~ 代表家目錄（用戶的個(gè)人主目錄）
在進(jìn)行文件批量操作過(guò)程中和文件查找過(guò)程中百新，通配符具有重要的作用
通配符的規(guī)則
##通配符用來(lái)匹配符合條件的文件名企软，通配符是完全匹配
符號(hào) 含義 舉例
* 代表任意（0到多個(gè)字符） ls *fastq #查找以fastq結(jié)尾的所有文件
ls test* #查找以test開頭的所有文件
？ 代表文件中任意一個(gè)字符 ls test?.sh #查找test開頭的 .sh結(jié)尾的文件
[] 查找[]范圍內(nèi)的任意一個(gè)字符 [abc]匹配abc中的任意一個(gè)
[a-c] 匹配a-c中的任意一個(gè)
{} 命令區(qū)塊組合或者內(nèi)容序列 mkdie 2016_{a..z} #創(chuàng)建文件夾2016_a,2016_b......2016_z
