昨晚看TBtools作者CJ的簡書老激動了术健，眼下就想做兩件事：一是對TBtools使用的梳理和新功能的挖掘熟菲，比如多物種共線性可視化什么的。由于我最早就是用TBtools做的GO和KEGG富集（需要輸入基因組注釋文件切省，我自己用interpro做的例获。可以分級畫GO富集柱狀圖印叁，很漂亮）后來用Y叔的clusterprofile包就沒怎么用TBtools了（orgdb水稻的富集好像還有點麻煩），anyway找機會把TBtools用好军掂；
二是想試試植物注釋特別是通路注釋神器mapman轮蜕，原理大家先去看CJ的文章吧（Mapman-完全上手指南http://www.reibang.com/p/5317b8a6ccfa）
我就講講使用方法
官網(wǎng)https://mapman.gabipd.org/home
step1 安裝
官網(wǎng)下載合適的版本windows/mac/linux/jar（我選的是mac，提示需要舊的java6蝗锥，跟著提示下載安裝就行）
由于我的沒怎么下完终议，所以很快
step2 導(dǎo)入自己的表達矩陣
count或者RPKM汇竭，log2FoldChange數(shù)值都行，第一列是id穴张，后面每列分別是各個樣品的表達量
示例數(shù)據(jù)展示
step3 下載mapping文件
官網(wǎng)上有很多物種的mapping文件细燎，我把其中水稻的導(dǎo)入到本地（版本很多，注意和自己的矩陣id對應(yīng)）
step4 cluster data
大致看一下所有樣品轉(zhuǎn)錄本id和bin（本軟件特有定義皂甘，類似GO號）的對應(yīng)關(guān)系
step5 查看樣品在各個通路的表達情況
有各種通路Hormones,Proteasom等等玻驻，隨便選一個Biotic Stress試試，每次都要選擇合適的mapping數(shù)據(jù)庫
果然
Biotic Stress
cell_functions_overview
此外mapman還具有畫venn圖，顯示染色體水平的分布等等功能
chromosome view
這里就不展開啦墓塌，大家有興趣試試吧~歡迎交流
