起因
對(duì)于自學(xué)生物信息學(xué)的我真是作死的一天奢方，還好我是打不死的小鄭润樱，反正服務(wù)器主機(jī)不能聯(lián)網(wǎng)渣触，做RNA-seq 要用到samtools，我靈機(jī)一動(dòng)壹若，把sam 文件傳到mac電腦嗅钻，然后在mac上安裝samtools，處理文件為bam店展，再傳回主機(jī)進(jìn)行下一步养篓，真是perfect哈，然后事實(shí)并不是你想的那樣的赂蕴。柳弄。。
步驟及問題
1.首先下載samtools 的源碼文件http://www.htslib.org/download/
2.解壓
3.cd 進(jìn)入解壓的文件夾
4.make
以上是標(biāo)準(zhǔn)步驟概说，然而
fatal error: zlib.h & lzma.h : No such file or directory
圖片不是第一次遇到的問題時(shí)的语御，因?yàn)槲乙呀?jīng)找不到第一次的圖片了
然后就是各種百度 谷歌
http://blog.csdn.net/xubo245/article/details/50835347
http://blog.csdn.net/digent1/article/details/9467739
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=9708
https://stackoverflow.com/questions/22738077/backports-lzma-lzmamodule-c11518-fatal-error-lzma-h-no-such-file-or-direct
其實(shí)遠(yuǎn)遠(yuǎn)不止這些，但是說道底席怪，就是缺啥補(bǔ)啥
我自然是安裝了這些包，但是有一點(diǎn)纤控，mac和linux下不一樣挂捻，mac 下 用brew install xz
有一篇文章里面說的 lzma.h 轉(zhuǎn)到xz里面
OK，順便普及一下什么是頭文件船万，也就是.h
在C語言家族程序中刻撒，頭文件被大量使用。一般而言耿导，每個(gè)C++/C程序通常由頭文件(header files)和定義文件(definition files)組成声怔。頭文件作為一種包含功能函數(shù)、數(shù)據(jù)接口聲明的載體文件舱呻，主要用于保存程序的聲明(declaration)醋火，而定義文件用于保存程序的實(shí)現(xiàn) (implementation)悠汽。 .c就是你寫的程序文件。
其實(shí)我C++一點(diǎn)也不懂芥驳。柿冲。。
然而我安裝完成之后兆旬，還是說缺少假抄，沒找到
我仔細(xì)想了一下，應(yīng)該是已經(jīng)裝好了丽猬，剛好也看到一篇文章里面說 用一下這個(gè)命令：
sudo find /usr -name lzma.h
確實(shí)已經(jīng)安裝在我的目錄里面了：
然后我想了2個(gè)思路去解決
第一個(gè)坑死我的思路：
去修改makefile 這個(gè)文件
然后我根本不懂C語言宿饱，百度了半天，說是在CFLAGS
后面加上include 路徑就可以了
-I/usr/local/Cellar/xz/5.2.3/include/
好吧脚祟，不知道有沒有哪位大神教我一下谬以，為啥我加了這個(gè)，而且也試了在命令行加了路徑愚铡，就是說不行蛉签。。
第二個(gè)思路：我直接把那個(gè)文件考到需要的目錄就可以了
這個(gè)方法是可行的沥寥，但是mac電腦有robotless機(jī)制碍舍，根目錄下的那個(gè)文件夾不能考，用root 也不行邑雅，只有在物理開機(jī)的時(shí)候取消這個(gè)機(jī)制片橡，但是我膽子小，沒有去嘗試淮野。
然后我就不詳細(xì)說啦捧书，反正我又找了2個(gè)小時(shí)，期間還去構(gòu)建了一個(gè)虛擬機(jī)骤星，嘗試各種方法经瓷，最后我找到了還有一個(gè)路徑
cp -r lzma /usr/local/include
把之前的 lzma 和lzma.h 都復(fù)制到 /usr/local/include 下，就可以make 了
好不容易啊洞难。舆吮。。队贱。
最后總結(jié)一下在一點(diǎn)不知道C語言的情況下如何搜索：
1.編譯的頭文件如何增加路徑
2下載安裝好的 lzma.h 怎么放到程序可讀的文件路徑中
3.make 缺少包 lib .h 如何安裝
4.源碼編譯中如何修改makefile 增加路徑
5.mac 如何安裝 lzma.h
