原文題目：Development of novel predictive miRNA/target gene pathways for colorectal cancer distance metastasis to the liver using a bioinformatic approach
摘要
背景：
對于結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移缺乏有效的預(yù)測因子财岔，該研究旨在尋找它們但校。
方法：
分析GEO數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)集窿凤；找到DEGs和miRNA；在其他數(shù)據(jù)集中驗證找到的DEGs和miRNA暑椰；PPI及通路分析
材料與方法
1.找到DEGs和miRNA
microarrays: GSE49355,GSE41258,GSE81558
miRNA : GSE54088,GSE56350
對上述數(shù)據(jù)集使用GEO2R分析寸潦，其中DEGs 標準為p < 0.05 ,FDR < 0.05; DE miRNA 標準為p < 0.05 ,FDR < 0.1
使用Venn工具確定common gene 和 miRNA桶错，將miRNA輸入miRDB online software漫谷，預(yù)測miRNA的靶點。
對identified miRNAs and their targets進一步使用mirDIP 4.1和integrative database of human microRNA target predictions進行驗證
2.驗證
GSE39582 下載數(shù)據(jù)集
繪制Box plot來顯示M0和M1組之間的表達式狀態(tài)屋匕，以及采用Mann-Whitney檢驗計算p值葛碧，p<0.05為顯著。為了進一步評價miRNA及其靶基因的解釋能力过吻，我們進行了logistic回歸并檢驗了其意義吹埠。基于miRNA和靶基因估計回歸模型疮装，M1和M0組基因表達差異顯著缘琅，并計算得分。模型后進行ROC分析廓推，使用Youden’s method計算AUC刷袍，敏感性和特異性。
3.在CRC病人血清外泌體中驗證miRNA
隨著人們對循環(huán)mirna作為新的癌癥生物標志物興趣的增加樊展，外泌體(exosomes)被評估為生物標志物呻纹。外泌體是由各種細胞分泌的小膜泡，其成分(脂質(zhì)专缠、mRNA雷酪、miRNA和蛋白質(zhì)反映了分泌它們的原始細胞。
GSE39833
4.PPI和功能富集分析
使用GeneMANIA工具和Cytoscape軟件涝婉，選擇FDR<0.05哥力、p值<0.05和基因4的通路。
結(jié)果
驗證的結(jié)果不放了
參考來源：生信技能樹
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