今天的主題——Linux如何安裝軟件
初識CONDA
CONDA磺平、MINICONDA俱济、ANACONDA關(guān)系圖
conda是大Boss捏雌，最初為管理python包而建立，它是一個大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器稿黍。
anaconda是總管镣衡，職務(wù)比conda低，但干的活不少嗤放，也是個有內(nèi)涵的家伙思喊。
miniconda是區(qū)域經(jīng)理，說白了就是干事的次酌，而且比較專一恨课，主要負責生信領(lǐng)域。
MINICONDA安裝
清華大學開源軟件鏡像站
1.選擇版本
查看Linux服務(wù)器多少位uname -a
2.安裝最新版本(latest)
下載wget
安裝bash
激活source ~/.bashrc #貌似還有偷懶的模式岳服，. ./activate再試試
3.添加鏡像
eg.使用清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
熟悉MINICONDA
1.查看當前所有軟件列表
conda list
2.在MINICONDA中安裝軟件
eg.安裝數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc
conda install fastqc -y #-y自動安裝
conda install fastqc=0.11.5 -y #安裝指定0.11.5版本軟件
conda remove fastqc -y #卸載軟件
3.MINICONDA環(huán)境
(1)查看默認環(huán)境
conda info --envs #前面帶*的就是默認的剂公。
(2)新建一個環(huán)境
感覺像新建一個project？
eg.新建一個名叫rnaseq的conda環(huán)境吊宋，然后指定python版本是3纲辽，安裝軟件fastqc、trimmomatic。
第一步
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
第二步 激活新的環(huán)境
conda activate rna-seq
(3)退出CONDA環(huán)境
conda deactivate #強迫癥啊拖吼，bio05前面的(環(huán)境名)不用的時候看著別扭:)
退出CONDA環(huán)境
