初步用R做聚類分析熱圖(heatmap)
原始數(shù)據(jù)如下圖:
導(dǎo)出到 txt,會(huì)得到一個(gè)以制表符\t 分割每一行的文本文檔恃逻;
下載安裝好R環(huán)境蕊程,安裝好Rstudio萝招;
打開(kāi)Rstudio,在console處依次輸入命令:
rt<-read.table("F://nano2.txt",header=T,sep="\t")
(對(duì)應(yīng)修改為文件實(shí)際地址)
nano <- c("#00FF00",rep("#0000FF",4),rep("#CC00FFFF",5),rep("#00FFFF",2))
(對(duì)應(yīng)自己有不同種基因存捺,用多少?gòu)堫伾瑀ep為重復(fù)的一個(gè)指令)
heatmap(as.matrix(rt[,2:ncol(rt)]),labRow = rt[,1],cexRow = 0.7,cexCol = 0.9,ColSideColors = nano)
(設(shè)置矩陣?yán)L制熱圖曙蒸,分別設(shè)置注釋標(biāo)簽等的大小數(shù)值調(diào)整即可)
按回車執(zhí)行命令捌治;即可得到熱圖;
按Export即可導(dǎo)出熱圖纽窟。