老版DrugScreen的一些小錯(cuò)誤

在前天運(yùn)行程序 ./program/vina時(shí)净赴，fdaapp數(shù)據(jù)庫中的部分配體出現(xiàn)錯(cuò)誤。

Parse error on line 12 in file "./fdaapp/DB09137.pdbqt": ATOM syntax incorrect: "Tc"
is not a valid AutoDock type. Note that AutoDock atom types are case-sensitive.

類似的驮捍，其他金屬離子B, Gd, nan, Pt, As, Bi, Al, Ag, Ga, La, Sr等也會(huì)出現(xiàn)類似的錯(cuò)誤疟呐。AutoDock對部分帶金屬離子的配體不能正常對接。在dock.log文件里顯示為（已省略部分信息）：

#錯(cuò)誤的輸出
Calculate DB00188
Reading input ... Calculate DB00196#在讀取配體文件時(shí)報(bào)錯(cuò)（見上）东且，進(jìn)而直接跳過該配體計(jì)算下一個(gè)配體
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.5      0.000      0.000
Writing output ... done.
#####################################
#正常的輸出启具，在讀取配體文件時(shí)顯示done
Calculate DB00209
Reading input ... done.
mode |   affinity | dist from best mode
     | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
-----+------------+----------+----------
   1         -6.1      0.000      0.000
Writing output ... done.

因此，在得到Score.txt時(shí)珊泳，會(huì)將下一配體DB00196的計(jì)算結(jié)果算到DB00188中鲁冯。而DB00196無計(jì)算結(jié)果拷沸。

Calculate DB00188
   1         -6.5      0.000      0.000

Calculate DB00209
   1         -6.1      0.000      0.000

解決辦法
在保存dock結(jié)果時(shí)，在Calculate DB00188前添加一行***Start***薯演，如下圖

#添加***Start***以保證Calculate在行首
Calculate DB00188
Reading input ... ***Start***
Calculate DB00196

在讀取dock.log文件撞芍，整理以得到Score.txt文件時(shí)，代碼如下：

while(<FILE>)
{
      if($_=~/^Calculate/)
      {
            chomp $_;
            $temp_ligand=$_;            
      }
      if($_=~/^   1 /)
      {
            @buff=();

            system "echo $temp_ligand  >> $outdir/Score.txt";
            my @temp=split(/\s+/, $temp_ligand);
            push @buff, $temp[1];

            system "echo '$_'  >> $outdir/Score.txt";
            @temp=split(/\s+/, $_);
            push @buff, $temp[2];
            push @data, [@buff];
      }
}

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