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本文屬于單基因生信+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的思路割坠。小編之前寫過(guò)單基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證的思路齐帚，里面提到了由淺入深的9各步驟，本文算是完成了前2步彼哼。

小編之前做的單基因泛癌分析最近不斷有文章接收对妄，普遍發(fā)到4-8分之間，由于保密的原因敢朱，我們自己做的一概不宣傳剪菱。小編最近也篩選到一些結(jié)果比較好的基因，需要做深入分析的歡迎交流哦拴签。

研究背景：

大約85%的肺癌可被歸類為非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)孝常，其中25%-30%為鱗狀細(xì)胞肺癌(SqCLC)。近年來(lái)篓吁，將免疫治療特別是PD-1軸阻滯劑引入NSCLC的治療茫因，產(chǎn)生了顯著的生存效益。然而杖剪，由于原發(fā)性和獲得性耐藥導(dǎo)致只有少數(shù)SqCLC患者獲得了持續(xù)的益處。 ERAP2（內(nèi)質(zhì)網(wǎng)氨基肽酶2）位于5q15染色體上驰贷，屬于M1氨基肽酶的催產(chǎn)素酶亞家族盛嘿。ERAP2主要參與多肽的最終修剪，在免疫逃避性腫瘤中括袒，ERAP2故障可以破壞腫瘤相關(guān)的抗原發(fā)作次兆。以前的研究已經(jīng)有強(qiáng)調(diào)ERAPs是增強(qiáng)T/NK細(xì)胞介導(dǎo)的惡性細(xì)胞免疫原性的潛在靶點(diǎn)。然而锹锰，ERAP2在SqCLC中的預(yù)后作用及其與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的關(guān)系尚不清楚芥炭。本研究利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)探討了ERAP2在SqCLC中的預(yù)測(cè)價(jià)值和免疫相關(guān)作用漓库。

結(jié)果解讀：

ERAP2的生物信息學(xué)挖掘

1 我們使用GEO數(shù)據(jù)集GSE30219，將患者分為生存率高組和生存率低組园蝠。根據(jù)兩組的結(jié)果獲得11個(gè)DEG渺蒿。其中，ERAP2在生存率較高的患者中表達(dá)上調(diào)（圖1A）彪薛。

2 我們通過(guò)GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)分析了ERAP2在多種癌癥及正常組織類型中的表達(dá)（圖1B）

3 圖1C的箱形圖表示ERAP2在NSCLC中的表達(dá)茂装。結(jié)果顯示ERAP2在SqCLC中的表達(dá)低于正常組織，提示ERAP2的缺失可能參與了SqCLC的癌變善延。

4 圖1D K-M曲線顯示了在GEO數(shù)據(jù)集中通過(guò)ERAP2表達(dá)進(jìn)行分層的SqCLC患者的總生存期少态。（紅色代表ERAP2高表達(dá)組；綠色代表ERAP2低表達(dá)組）

5 圖1E該曲線顯示KM-Plotter數(shù)據(jù)集中ERAP2不同表達(dá)的SqCLC患者的生存曲線易遣。

ERAP2在我們的隊(duì)列中的預(yù)后作用

1彼妻、作者建立了獨(dú)立的SqCLC隊(duì)列以驗(yàn)證ERAP2對(duì)SqCLC預(yù)后的影響。隊(duì)列的臨床病理信息見(jiàn)表1豆茫。

2侨歉、使用IHC對(duì)收集的腫瘤樣本構(gòu)成的TMAs進(jìn)行了ERAP2檢測(cè)，染色結(jié)果如圖2A所示澜薄。

3为肮、 ERAP2的IHC評(píng)分中位數(shù)為1.375，以中位數(shù)評(píng)分為臨界值肤京，將樣本分為ERAP2高表達(dá)亞組和低表達(dá)亞組（圖2b）颊艳。

4、 顯示ERAP2高表達(dá)亞組和低表達(dá)亞組之間沒(méi)有明顯的差異(圖2C)忘分。

5棋枕、 K-M曲線顯示，在我們的隊(duì)列中妒峦，ERAP2高表達(dá)患者的總生存期明顯長(zhǎng)于ERAP2低表達(dá)亞組(圖2D)

6重斑、 為了進(jìn)一步探索SqCLC的預(yù)后標(biāo)志物，對(duì)該隊(duì)列進(jìn)行單因素分析(圖2E和表2)肯骇。然后窥浪，使用在單變量分析中被證明具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的變量進(jìn)行了多變量分析(圖2F和表3)。ERAP2被鑒定為SqCLC的獨(dú)立保護(hù)因子笛丙。

SqCLC患者的列線圖構(gòu)建

1.對(duì)隊(duì)列中190名SqCLC患者建立預(yù)后譜圖（圖3）漾脂。在列線圖中，ERAP2的表達(dá)是所有免疫標(biāo)記物中的一個(gè)決定性參數(shù)胚鸯。T期在臨床病理因素中表現(xiàn)為非常有效的指標(biāo)骨稿，T3代表100分。性別、腫瘤直徑坦冠、PD-L1形耗、CD68+巨噬細(xì)胞較其他指標(biāo)相對(duì)較低≌藁耄總分超過(guò)700可以預(yù)測(cè)1年生存率<為50%激涤，2年生存率<為20%，3年生存率<為10%例衍。

對(duì)ERAP2相關(guān)功能的探索

基于來(lái)自TCGA(圖4A-C)和GEO(圖4D-F)的SqCLC數(shù)據(jù)昔期，我們分析了具有ERAP2表達(dá)水平的患者的信號(hào)通路富集。我們發(fā)現(xiàn)佛玄，ERAP2的高表達(dá)與幾種免疫促進(jìn)的生物學(xué)過(guò)程具有協(xié)同作用硼一。在TCGA和GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中，高表達(dá)的ERAP2在自然殺傷細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性通路和T細(xì)胞受體信號(hào)通路中富集梦抢。

公共數(shù)據(jù)中ERAP2的免疫相關(guān)探索

1般贼、使用TIMER進(jìn)一步探討ERAP2的表達(dá)與幾種免疫標(biāo)記物之間的相關(guān)性。在圖5A中奥吩，顯示了ERAP2與CD68哼蛆、CD8A、CTLA4霞赫、FOXP3腮介、CD274(PD-L1)和CD4之間的關(guān)聯(lián)，其中ERAP2與這些標(biāo)記正相關(guān)端衰，表明ERAP2可能增強(qiáng)抗腫瘤免疫反應(yīng)叠洗。

2、然后旅东，作者展示了SqCLC樣本中ERAP2表達(dá)與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)水平之間的相互作用(圖5B)灭抑。ERAP2的表達(dá)與浸潤(rùn)水平顯著正相關(guān)

自有的研究隊(duì)列中進(jìn)行ERAP2的免疫相關(guān)探索

1、在自有的隊(duì)列中評(píng)估了PD-L1抵代、CD47腾节、CD8和CD68的IHC表達(dá)水平（圖6A）

2、對(duì)所有臨床病理因素和分子標(biāo)志物進(jìn)行相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)荤牍，ERAP2的表達(dá)與CD8+TILs顯著相關(guān)(圖6B)案腺。

3、 比較CD47和PD-L1的表達(dá)水平以及CD8+TILs的浸潤(rùn)密度和CD68+巨噬細(xì)胞(圖6C)康吵。三種免疫標(biāo)志物在陽(yáng)性ERAP2組的表達(dá)均顯著高于陰性組救湖，提示ERAP2可能在抗腫瘤免疫中發(fā)揮重要作用。ERAP2高表達(dá)組和低表達(dá)組中每個(gè)患者的代表性圖像(圖6D)涎才。

4、此外，我們根據(jù)PD-L1的狀態(tài)(10%TPS為截?cái)嘀?耍铜、PD-L1/CD47共表達(dá)的狀態(tài)邑闺，將我們隊(duì)列中的所有患者分為陽(yáng)性組和陰性組(共表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)：PD-L1為1%，CD47為5%)和CD8+TILs的浸潤(rùn)密度（中位數(shù)為截止值）棕兼。我們比較了兩組間ERAP2的表達(dá)水平(圖6E)