五年磨一劍晴弃，霜刃未曾試。
寫在前面
TBtools 命令行接口一直保留著我開始開發(fā) TBtools 的時(shí)間逊拍。至今已有五年上鞠，也迭代了 至少150個(gè)的版本，累計(jì)不少于10000用戶 芯丧。TBtools 與用戶群體一直是共同成長芍阎。五年時(shí)間，直接可以覆蓋了一個(gè)直博的碩士缨恒，從入學(xué)多到博士畢業(yè)并就職谴咸。
- 2015年，開始 TBtools 開發(fā)
- 2016年骗露，對(duì)外釋放 TBtools
- 2017年岭佳，迭代開發(fā)繪圖引擎 JJplot -> JJplot2 -> JIGplot
- 2018年，在用戶的催促下萧锉，我草草投了一個(gè)bioRxiv預(yù)印本珊随。
- 2019年，在博導(dǎo)的幫助下，修改并提交了預(yù)印本的 Version 2叶洞。
- 2020年鲫凶，即近期，我們?cè)俅涡薷牟⑻峤涣祟A(yù)印本的 Version 3衩辟。
目前這個(gè)預(yù)印本螟炫，我覺得基本拿得出手，因?yàn)樗梢源篌w說明清楚 TBtools 的一部分不錯(cuò)的特性∫涨纾現(xiàn)昼钻，我將最新版本的預(yù)印本 http://biorxiv.org/content/10.1101/289660v3 解讀如下。
TBtools 的開發(fā)目的
-
為濕實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家開發(fā) - Developed for wet-lab biologists
一圖勝千言封寞，引用代表我的心换吧。
-
開發(fā)成一個(gè)功能相對(duì)全面的工具 Developed as an integrative toolkit
TBtools 伴隨著我個(gè)人課題和實(shí)驗(yàn)室課題需要，功能不斷增加與完善钥星，同時(shí)也兼顧上萬用戶的“狂懟怒噴”。當(dāng)前已釋放 GUI 功能 130+ 個(gè)满着，覆蓋大多數(shù)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)常見分析需要谦炒，如序列提取，BLAST风喇，功能富集宁改，文本處理，可視化魂莫，甚至還有兩個(gè)小游戲还蹲！
-
開發(fā)為交互式數(shù)據(jù)分析工具 Developed to interactively present data
可視化只是可視化，可視化分析才是王道耙考。為此谜喊，如上述，我迭代了兩個(gè)版本倦始，開發(fā)了專門的繪圖引擎斗遏，JIGplot。交互式操作鞋邑，有助于用戶更好地了解和探索數(shù)據(jù)诵次。以熱圖工具為例，充分的參數(shù)開發(fā)枚碗。最終得到一個(gè)結(jié)果：
別人教你用十個(gè)工具畫一種熱圖逾一，用TBtools，一個(gè)功能你可以畫十種熱圖肮雨。
TBtoos中備受喜愛的功能
簡單闡釋這張圖中設(shè)計(jì)的功能：
- 卡通熱圖功能：世上唯一一款本地化GUI實(shí)現(xiàn)
- 個(gè)性化熱圖：拖拽圖例遵堵，定點(diǎn)縮放，熱圖環(huán)化怨规，世上第一款本地化GUI實(shí)現(xiàn)【其他的都是Follower】
- Simple Circos：Circos圖的本地GUI工具當(dāng)然有鄙早，但是體驗(yàn)好的只有 TBtools
- Upset Plot: 世上第一款本地化GUI實(shí)現(xiàn)【其他的都是Follower】
- 自動(dòng)化共線性模塊挖掘：Emmm....識(shí)貨的才知道其交互分析的有用之處
- 基因家族相關(guān)可視化工具：人狠話不多汪茧，世上第一款，反正很多人用限番。
- 染色體柱形圖特征可視化：其實(shí)不少隱藏選項(xiàng)....
- 進(jìn)化樹注釋工具：這個(gè)...也挺好用的舱污。你會(huì)R，那就ggtree弥虐；你不會(huì)R扩灯，那就TBools。
- Fasta序列提取工具：啥也不說霜瘪，用的人太多珠插。反正，我認(rèn)為有需求颖对，大家都不想寫的功能捻撑，我寫了。
-
強(qiáng)大的基于GTF/GFF3的序列提取工具：寫得是真好缤底，目前沒有更好的了顾患。
寫在最后
TBtools 能干啥？我也不知道个唧。
但是我知道江解，他必然得到認(rèn)可。
五年前徙歼，TBtools 伊始犁河。有不少人看不上，甚至吐槽 laji魄梯。
五年后桨螺，我看到一些平臺(tái)，甚至是已經(jīng)發(fā)表的軟件在 copy TBtools 的一些交互式特點(diǎn)酿秸。雖然我個(gè)人覺得 TBtools 沒發(fā)表彭谁，而我個(gè)人思考和設(shè)計(jì)出來的交互式模式被已發(fā)表的軟件cp，有點(diǎn)別扭允扇。不過缠局，有 followers，卻也說明 TBtools 流弊考润！
一句話總結(jié)：
只要你覺得自己做的是對(duì)的狭园，那就一直做下去。
時(shí)間糊治，會(huì)告訴你答案唱矛。
