首先非常感謝Cj大神開發(fā)出來的TBtools生信工具籍琳，為生信分析做圖帶來了極大的便利。作為生信小白哩盲，在做多物種間共線性分析時，嘗試了多種方法狈醉，苦于沒有計算機基礎廉油，一直沒能完成，最后鎖定TBtools的零命令行作圖苗傅，幾經(jīng)摸索抒线，終于成功，賊開心渣慕。
話不多說先上效果圖
一嘶炭、準備工作
1.下載各個物種的.gff文件和基因組序列文件
示例
數(shù)據(jù)下載地址：[http://plants.ensembl.org/info/website/ftp/index.html]
1
2：右擊，復制鏈接逊桦，用迅雷下載比較快
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2.工具TBtools：歡迎加入開發(fā)作者的QQ交流學習群（553679029）眨猎，先看群公告哈。
二强经、將文件進行ID prefix睡陪，統(tǒng)一染色體名稱。
沒統(tǒng)一的草圖匿情，染色體前綴由系統(tǒng)命名
打開TBtools
1gff文件進行ID prefix
2
3.fa文件進行ID prefix
4:注意兩次輸入的字符必須一樣兰迫。例圖中是：AT-
按步驟操作完成后，每個物種得到新的.gff文件和.fa文件炬称，用于后續(xù)的共線性分析汁果。
三、確定物種間的親緣遠近關系
目的：給各個物種安排的排序位置玲躯，例如我做的5個物種擬南芥据德、大豆鲸伴、水稻、小麥和玉米晋控，其中水稻汞窗、小麥和玉米屬于禾本科植物，這三個物種之間的共線性關系自然是比較好的赡译，但是具體的怎末連線還是不清楚仲吏，當然可以通過文獻查找來確定，這里為了保險起見蝌焚，我決定將所有物種兩兩組合裹唆，看共線性關系，先做兩物種間共線性只洒，再來排列许帐。
兩個物種間的共線性，請參考：http://www.reibang.com/p/6c5a5a2d8fa7
注意：
1：OnestepMCscanX的比對時間因物種而已毕谴，比如小麥這種超大基因組的物種成畦，我用小筆記本跑了兩天，start后就靜靜等待了涝开，建議最好多用幾臺電腦循帐。
2：兩物間共線性分析時，用ID prefix后的文件舀武，只是鏈接里我用的原始文件拄养。
按照高亮基因共線性條目多少進行排序（水稻做了秈稻和粳稻的可以忽視，5個物種也就10種組合）
結果：確定這幾個物種的前后順序為擬南芥银舱、大豆瘪匿、水稻、小麥寻馏、玉米棋弥，得到兩兩之間的比對結果文件。
四操软、比對文件合并與修改
多物種共線性需要用到的文件
1
2
3：所需文件合并結果
4：查看合并文件嘁锯，將文件拖入即可
5：將碎片刪除，將染色體保留并排序
6：表示圖片顏色的數(shù)字可以刪除
7：整理自己的Highlight基因ID聂薪，依舊是全英狀態(tài)下輸入
8：可視化啦
9：最終圖片
10：我將顏色數(shù)字代碼去除的亞子
