之前給大家介紹過用cytoscape軟件畫網(wǎng)絡(luò)圖（http://www.reibang.com/p/8aeb9c084c16）

今天個(gè)大家介紹一個(gè)更強(qiáng)大的畫網(wǎng)絡(luò)圖的軟件--Gephi２道狻Ｒ抖础导街！

1.下載Gephi

Gephi下載地址： https://gephi.org/users/download/ ，下載后安裝即可。

提示：如果安裝完后出現(xiàn)“cannot find java 1.6 or higer”声怔，則需要下載安裝jdk逛犹，安裝jdk之后便可正常打開 Gephi。

jdk下載：https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk16-downloads.html?

2.Gephi界面

Gephi界面有3個(gè)主要模塊得哆，分別為概覽（圖1標(biāo)注1）脯颜、數(shù)據(jù)資料（圖1標(biāo)注2）、預(yù)覽模塊（圖1標(biāo)注3）贩据，在工具欄的下方的3個(gè)小窗口栋操，當(dāng)前窗口為藍(lán)色，可以自由切換饱亮。概覽模塊主要用來布局矾芙、調(diào)整點(diǎn)和邊的外觀、網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計(jì)等近上；數(shù)據(jù)資料模塊用來展示和調(diào)整網(wǎng)絡(luò)的點(diǎn)與邊信息剔宪；預(yù)覽模塊用來導(dǎo)出繪制好的效果圖。

圖1 Gephi界面--概覽模塊

2.1 概覽模塊

（1）布局（圖1標(biāo)注5）

可以選擇下拉框中的 12 種布局方式壹无，前六種是主要布局工具葱绒，后面六種是輔助布局工具。選擇一種布局算法斗锭，點(diǎn)擊運(yùn)行即可看到布局效果地淀。最常用的是力導(dǎo)向算法（Force Atlas 和 Forceatlas 2）、圓形布局和胡一凡布局岖是。?

（2）圖形區(qū)域（圖1標(biāo)注6）

可以滾動(dòng)鼠標(biāo)滑輪帮毁，對圖像進(jìn)行放大縮小，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵可以將圖形進(jìn)行拖動(dòng)豺撑。?

（3）上下文（圖1標(biāo)注7）

網(wǎng)絡(luò)中的點(diǎn)烈疚、邊總數(shù)，在導(dǎo)入表格的對話框前硫，也有相關(guān)統(tǒng)計(jì)胞得。

（4）統(tǒng)計(jì)（圖1標(biāo)注7）

圖的特征可在統(tǒng)計(jì)功能模塊中計(jì)算得到，其模塊如左圖。單擊左圖中標(biāo)記區(qū)域阶剑，可計(jì)算相應(yīng)的圖的特征數(shù)值跃巡，如要查看詳細(xì)內(nèi)容，可單擊“問號”圖標(biāo) 產(chǎn)生相應(yīng)的報(bào)告牧愁。

（5）外觀（圖1標(biāo)注4）

調(diào)整節(jié)點(diǎn)和邊的顏色素邪、大小以及標(biāo)簽顏色。每一個(gè)條目下都有三種參數(shù)：統(tǒng)一不調(diào)整猪半、自定義填充（點(diǎn)擊顏色塊進(jìn)行顏色改變）以及漸變（點(diǎn)擊顏色修改兔朦，點(diǎn)擊三角符合調(diào)整漸變度），每一次修改都要點(diǎn)擊“應(yīng)用”確定磨确。

圖2 外觀

2.2 數(shù)據(jù)資料模塊

有點(diǎn)和邊的屬性信息沽甥，點(diǎn)擊切換》Π拢可在當(dāng)前界面對屬性進(jìn)行修改摆舟，也可以導(dǎo)出表格，去到Excel中編輯邓了。

圖3 數(shù)據(jù)資料模塊

2.3 預(yù)覽模塊

預(yù)覽是輸出控制的環(huán)節(jié)恨诱，在預(yù)覽界面可以對前面編輯的圖形做最后的美化，包括圖形外觀樣式的選擇和顯示細(xì)節(jié)的調(diào)整骗炉，之后便可導(dǎo)出圖形照宝。

圖4 預(yù)覽模塊

3.實(shí)操---繪制微生物群落的共現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)圖

1）在數(shù)據(jù)資料界面，分別導(dǎo)出點(diǎn)文件和邊文件句葵，進(jìn)行編輯厕鹃，如下

點(diǎn)文件：

圖5 點(diǎn)文件列表

邊文件：

圖6 邊文件列表

2）將編輯后的點(diǎn)文件和邊文件重新導(dǎo)入Gephi文件，在預(yù)覽界面笼呆，選擇布局（一般選擇Fruchterman Reingold）熊响，設(shè)置節(jié)點(diǎn)大小（以豐度Abundance或度Degree為指標(biāo)）和顏色（以門Phylum或模塊Modularity為指標(biāo)）诗赌，設(shè)置邊的顏色（正負(fù)PN）汗茄，并點(diǎn)擊應(yīng)用，在界面右側(cè)的統(tǒng)計(jì)中點(diǎn)擊運(yùn)行铭若；

圖7 調(diào)整界面

3）在預(yù)覽界面設(shè)置邊的顏色（選擇original）洪碳、粗細(xì)（調(diào)整Max. rescaled weight），顯示標(biāo)簽等叼屠，更換參數(shù)需時(shí)時(shí)刷新瞳腌，并導(dǎo)出圖片。

圖8 網(wǎng)絡(luò)圖成形

歡迎大家交流心得~~~3QU!!!...........

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