R-韋恩圖系列-ggVennDiagram - 簡書 (jianshu.com)
R-韋恩圖系列-VennDiagram - 簡書 (jianshu.com)
R-韋恩圖系列-UpSetR - 簡書 (jianshu.com)
VennDiagram包是繪制韋恩圖的一個(gè)經(jīng)典包了。它不是基于ggplot體系葫掉，但可以通過轉(zhuǎn)換變?yōu)間gplot對(duì)象(我更習(xí)慣些)些举。另外每次繪圖時(shí)，但會(huì)生成一個(gè)日志log文件俭厚，比較麻煩户魏。
參考教程：https://www.r-graph-gallery.com/14-venn-diagramm.html
- 示例數(shù)據(jù)
# install.packages("VennDiagram")
library(VennDiagram)
genes <- paste0("gene",1:1000)
set.seed(20210302)
gene_list <- list(A = sample(genes,100),
B = sample(genes,200),
C = sample(genes,300),
D = sample(genes,200))
- 簡單用法：關(guān)鍵是設(shè)置
filename參數(shù)，如果為正常名挪挤，則直接保存文件至本地叼丑；如果設(shè)置為NULL值，那么會(huì)得到gList圖像扛门，可配合grid.draw {grid}在R界面顯示。但無論哪一種方法都會(huì)生成log文件论寨。
#保存圖片至本地
venn.diagram(gene_list, filename = "test.png")
#在R界面顯示
venn.plot = venn.diagram(gene_list,
filename = NULL)
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
1、類別名 category name
- 相關(guān)參數(shù)如下：
category.names, #類別名內(nèi)容
cat.cex = 0.6, #類別名字體大性岬省（相對(duì)1）
cat.fontface = "bold", #加粗
cat.col = rainbow(3)
cat.pos = c(-27, 27, 135), #0度為12點(diǎn)方向，順時(shí)針旋轉(zhuǎn)
cat.dist = c(0.055, 0.055, 0.085), #類別名距離圓的距離
cat.fontfamily = "sans", #字體
rotation.degree = 60 #旋轉(zhuǎn)角度（逆時(shí)針）
rotation = 1 #適合3 set的情況
- 演示
venn.plot = venn.diagram(gene_list[1:3], filename = NULL,
category.names = LETTERS[1:3],
cat.cex = 1.5,
cat.fontface = "bold",
cat.pos = c(-20, 20, 180),
cat.col = rainbow(3))
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
2火焰、圓的相關(guān)設(shè)置
- 主要包括圓的填充顏色(離散)，邊的顏色昌简、形狀、粗細(xì)
fill #填充顏色
col # 邊的顏色
lwd = 2, #邊的寬度
lty = 'blank', #邊的類型 dashed dotted
- 演示
library(RColorBrewer)
venn.plot = venn.diagram(gene_list, filename = NULL,
fill = brewer.pal(4, "Pastel2"),
col = brewer.pal(4, "Pastel2"),
lwd = 2, lty = "dashed")
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
如上圖纯赎，我認(rèn)為
VennDiagram與ggVennDiagram包最大的不同就在于圓的填充顏色：前者為離散的顏色，而后者為連續(xù)漸變顏色(參看上一篇筆記)
3犬金、交集數(shù)值展示的相關(guān)設(shè)置
venn.plot = venn.diagram(gene_list,
cex = 2,
fontface = "bold",
filename = NULL)
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
4、特殊情況 2 sets
- 如下圖所示樊诺，當(dāng)繪制兩個(gè)set的交集情況時(shí)，圓的面積大小與對(duì)應(yīng)數(shù)目成正比词爬；
- 而且當(dāng)交集數(shù)目過小時(shí)，會(huì)自動(dòng)使用引導(dǎo)線注釋
gene_list2 <- list(A = sample(genes,20),
B = sample(genes,100))
venn.plot = venn.diagram(gene_list2,
filename = NULL)
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
- 可通過
ext.系列參數(shù)修改這根引導(dǎo)線格式顿膨，例如直接取消~
# ext.text = F
# ext.percent = 0 重疊數(shù)目低于多少百分比锅锨，使用線
# ext.pos
# ext.line.lwd
venn.plot = venn.diagram(gene_list2,
ext.text = F,
filename = NULL)
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
- 當(dāng)然恋沃，如果不想讓圓的面積與數(shù)值存在這種對(duì)應(yīng)關(guān)系必搞，可通過如下方式進(jìn)行繪制
venn.plot <- draw.pairwise.venn(
area1 = 50,
area2 = 50,
cross.area = 20)
dev.off()
#修改展示標(biāo)簽內(nèi)容
venn.plot[[5]]$label = length(setdiff(gene_list2[[1]], gene_list2[[2]]))
venn.plot[[6]]$label = length(setdiff(gene_list2[[2]], gene_list2[[1]]))
venn.plot[[7]]$label = length(intersect(gene_list2[[1]], gene_list2[[2]]))
grid.draw(venn.plot)
file.remove(list.files(pattern = "*log"))
dev.off()
5、轉(zhuǎn)為ggplot2對(duì)象
library(ggplot2)
library(ggplotify)
library(cowplot)
as.ggplot(plot_grid(grobTree(venn.plot))) +
ggtitle("This is title")
最后關(guān)于韋恩圖的標(biāo)題囊咏，
venn.diagram函數(shù)的main與sub系列參數(shù)可以設(shè)置恕洲；另外由于可以轉(zhuǎn)換為ggplot對(duì)象，所以之后使用ggplot title相關(guān)函數(shù)也可以~
