論文
A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants
https://www.nature.com/articles/s41467-022-31113-w
本地pdf s41467-022-31113-w.pdf
數(shù)據(jù)代碼鏈接
https://github.com/PlantNutrition/Liyu
今天的推文我們重復一下論文中的Figure4c的左側(cè)的進化樹总处，右側(cè)的注釋信息添加單獨出一篇推文介紹
論文中提供的代碼寫到作圖用到的是ITOL,所有的圖都用ggplot2系列的包來做的話如输，后續(xù)拼圖就會省去很多麻煩路捧，這里介紹一下用ggtree如何實現(xiàn)這個圖
首先是進化樹文件
論文中提供的數(shù)據(jù)我沒有找到書文件位衩，有用來建樹的fasta文件钠署，論文中構(gòu)建進化樹的方法我也暫時沒看懂哗戈，這里我用最簡單的方式獲取樹文件魂毁，mafft比對玻佩，然后iqtree建樹（這個方法不一定對）
mafft otus_0.01.fa > otus_0.01_aligend.fa
iqtree -s otus_0.01_aligend.fa
最基本的進化樹展示
library(ggtree)
library(treeio)
tree<-read.tree("data/20220626/otus_0.01_aligend.fa.treefile")
ggtree(tree)+
geom_tiplab(align = TRUE)+
xlim(NA,2)
這個樹文件和論文中的不一樣
添加背景顏色
這里我就隨便添加了
首先是通過ggplot2的語法獲取圖中文字的坐標
library(ggplot2)
library(tidyverse)
ggplot_build(p)$data[[4]] %>%
arrange(desc(y))
然后使用annotate()函數(shù)添加背景顏色，這里正常使用geom_rect()函數(shù)應該也可以席楚，但是不知道為什么調(diào)節(jié)透明度的參數(shù)alpha不起作用
ggtree(tree)+
xlim(NA,2.2)+
annotate(geom="rect",
xmin=1.7,xmax=2.2,ymin=46.5,ymax=70.5,
fill="red",
alpha=0.5)+
annotate(geom="rect",
xmin=1.7,xmax=2.2,ymin=46.5,ymax=21.5,
fill="blue",
alpha=0.5)+
annotate(geom="rect",
xmin=1.7,xmax=2.2,ymin=0.5,ymax=21.5,
fill="green",
alpha=0.5)+
geom_tiplab(align = TRUE)
示例數(shù)據(jù)和代碼可以在公眾號后臺留言20220626獲取
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