晚上檢查郵箱時(shí)突然發(fā)現(xiàn)了一封Jimmy老師的郵件，發(fā)現(xiàn)需要在3.6以上版本的R中安裝這次單細(xì)胞上課所需要用的幾個(gè)R包，于是便開始了自己的更新+安裝R包的過程，然后整理了這份建議送給大家。
（新人小白所寫，如有紕漏還望海涵）
step?1
建議先在Rgui中安裝installr這個(gè)包挟纱，然后使用updateR()即可更新R至3.6.1（最新版本）。
參看 http://www.reibang.com/p/2483070db99b
執(zhí)行完正常的安裝程序之后腐宋，會(huì)有幾個(gè)提示紊服，詢問是否要復(fù)制舊的R包/保留舊的R包/更新舊的R包至新版本，全部點(diǎn)是就可以了胸竞。其中點(diǎn)了“更新舊的R包至新版本”這個(gè)問題的“YES”之后欺嗤，會(huì)卡一段時(shí)間但沒有任何提示，不要急卫枝，等著就行煎饼。（可以打開任務(wù)管理器看磁盤使用量來判斷是否在執(zhí)行更新操作）最后會(huì)有個(gè)提示問你是否要重啟Rgui，代表R的更新結(jié)束了校赤。
step2
實(shí)際上吆玖，雖然之前卡了一段時(shí)間筒溃，說是把舊的R包都復(fù)制過去了，但是我發(fā)現(xiàn)事實(shí)上不少以前安裝過的R包并不能正常library出來沾乘。所以我重裝了一遍
不過使用everything搜索后發(fā)現(xiàn)如圖所示：
即怜奖，舊的R包都裝在了Documents\R\win-library目錄下的3.5文件夾中，而新裝的R包只是在同個(gè)目錄下新建了一個(gè)3.6文件夾并重新安裝翅阵，所以我?嘗?試?了?一?下?能不能直接新建個(gè)文件夾然后復(fù)制一下3.5里面的內(nèi)容歪玲。
試了一下補(bǔ)充了舊的R包之后之后，我在3.6中嘗試library了一下DESeq2掷匠，發(fā)現(xiàn)是可行的滥崩。（注意到除了文件夾是剛剛復(fù)制時(shí)候新建的以外，其中的內(nèi)容都是3月安裝時(shí)候的內(nèi)容讹语，以及RStudio中的提示library成功~）
但是要注意的是钙皮，因?yàn)镽包文件夾中的文件數(shù)目特別的多，而且是C盤的讀寫顽决，所以復(fù)制的速度也是相對(duì)比較慢的（但總比重新安裝來得快）株灸。
以及可能存在的問題就是這樣直接復(fù)制會(huì)是較舊版本的R包，不過應(yīng)該問題不大擎值。。逐抑。
step?3
運(yùn)行Jimmy郵件中的代碼鸠儿，安裝以前沒裝過的較少的R包就行了，代碼復(fù)制如下：
（我是直接翻墻了的厕氨，所以下載啥的都挺流暢的进每，并不確定不翻墻的話是否可行）
rm(list?=?ls())
options()$repos
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos"?=?c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror
#?https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if?(!requireNamespace("BiocManager",?quietly?=?TRUE))
install.packages("BiocManager")
pkgs?=?c("taRifx"
,"matrixStats"
,"ggplot2"
,"Rtsne"
,"fpc"
,"factoextra"
,"monocle"
,"viridis"
,"gplots"
,"RColorBrewer"
,"destiny"
,"slingshot"
,"rgl"
,"scatterplot3d"
,"made4"
,"pheatmap"
,"matrixStats"
,"statmod"
,"FactoMineR"
,"jackstraw"
,"ReactomePA"
,"org.Mm.eg.db"
,"clusterProfiler"
,"GOSemSim"
,"arulesViz"
,"ggpubr")
BiocManager::install(pkgs,ask?=?F,update?=?F)
library("taRifx")
library("matrixStats")
library("ggplot2")
library("Rtsne")
library("fpc")
library("factoextra")
library("monocle")
library("viridis")
library("gplots")
library("RColorBrewer")
library("destiny")
library("slingshot")
library("rgl")
library("scatterplot3d")
library("made4")
library("pheatmap")
library("matrixStats")
library("statmod")
library("FactoMineR")
library("jackstraw")
library("ReactomePA")
library("org.Mm.eg.db")
library("clusterProfiler")
library("GOSemSim")
library("arulesViz")
library("ggpubr")
因?yàn)槭亲钚掳姹镜腞，所以安裝R包的過程會(huì)非常順利命斧，沒有一點(diǎn)問題田晚。
step?4
使用如下代碼可以看到所安裝的R包的版本和數(shù)目：
pkgs<-installed.packages()
plot(as.factor(pkgs[,'Built']),col=2:4,main='Packages?built?version',ylab='Count?of?packages')
得到這么一張圖：
可以看到因?yàn)橛幸徊糠諶包是我直接復(fù)制的原因，所以還是存在一些3.5版本的国葬，不過問題應(yīng)該不大贤徒。只要保證Jimmy這次要求的R包是最新版本的就行啦~
