前言：
在已獲得
gbf格式文件下拂苹，可自行使用circos作圖鹃答；在安裝MitoZ時(shí)底靠，已創(chuàng)建了mitozEnv虛擬環(huán)境囚灼，并且已在這個(gè)虛擬環(huán)境下裝好了circos=0.69等其它可視化所需要的軟件;
如果沒(méi)有安裝circos=0.69在基礎(chǔ)環(huán)境路徑，則需要自行提前安裝
- 已裝好的
circo
image.png - 環(huán)境變量下的
conda關(guān)閉狀態(tài)
## >>> conda initialize >>>
## !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
#__conda_setup="$('/software/bin/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
#if [ $? -eq 0 ]; then
# eval "$__conda_setup"
#else
# if [ -f "/software/bin/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
# . "/software/bin/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
# else
# export PATH="/software/bin/miniconda3/bin:$PATH"
# fi
#fi
#unset __conda_setup
## <<< conda initialize <<<
需要注意的問(wèn)題：
- 首先要開(kāi)啟
conda黑毅，否則就有circos path is bad !的報(bào)錯(cuò) - 再激活安裝好了
circos的mitozEnv虛擬環(huán)境嚼摩，source activate mitozEnv
perl draw_circos_for_mitogenome_auto_depth.pl -gb <*.mitogenome.gb> -conf <*.conf>
接下來(lái)是在已經(jīng)有了depth等文件下直接跑circos
7596941 6月 23 18:12 circos.bam
4129 6月 23 20:14 circos.conf
208044 6月 23 18:12 circos.dep
284598 6月 23 18:11 circos.depth.txt
5637 6月 23 18:11 circos.fa.gc.txt
5469 6月 23 18:11 circos.features.txt
715 6月 23 18:11 circos.gene.text.txt
30 6月 23 18:11 circos.karyotype.txt
480828 6月 23 20:15 circos.png
34 6月 23 18:11 circos.strand.text.txt
- 配置好
circos.conf，將輸出文件設(shè)置為當(dāng)前
#-----------------image------------------
<image>
###<<include etc/image.conf>>
dir = ./
file = circos.png
png = yes
svg = yes
注: 后面配置文件有省略
- 在
(mitozEnv)虛擬環(huán)境下矿瘦，應(yīng)該直接用這個(gè)命令：circos -conf circos.conf即可畫(huà)圖
