如我題目所說窄绒，這次探討的問題是純生物信息學(xué)文章好不好發(fā)表。純生物信息學(xué)最大的好處就是跳過了基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)這個(gè)最大門檻崔兴，省去大量時(shí)間和精力彰导，以至于同學(xué)們對生信發(fā)文的堅(jiān)信程度達(dá)到了無比執(zhí)著的境地。
那么敲茄，純生信文章現(xiàn)在究竟好不好發(fā)文章位谋，是否容易被雜志編輯和審稿人接受？
我的結(jié)論是：很難堰燎，而且以后會更難倔幼，投稿的門檻只會越來越高。
3-4年前爽待，一套完整的RNA-seq损同，而且是很簡單的那種套路可以發(fā)到3-4分文章，好的甚至可以沖擊5分水刊（就比如我在知乎的TCGA生信基礎(chǔ)視頻鸟款，順便提一句膏燃，大家可以關(guān)注我微信號：雷槍醫(yī)學(xué)信息技術(shù)，可獲取全部代碼）何什。正是因?yàn)檫@種情況组哩，學(xué)習(xí)生信發(fā)文章的人數(shù)越來越多，這也投稿門檻加高的最大原因处渣。
現(xiàn)階段的情況就是伶贰，4年能發(fā)5分的純生信文章，現(xiàn)在發(fā)1-2分都難罐栈，投稿不是審稿人秒拒就是被審稿人要求補(bǔ)充實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證黍衙，否則就是拒稿。
雖然現(xiàn)階段又有腫瘤免疫浸潤荠诬、TMB突變負(fù)荷琅翻、Math異質(zhì)性分析等套路的生信純文章發(fā)表位仁。這個(gè)地方大家要注意就是：
你看到只純生信文章被接收是極少數(shù)，卻沒看見被拒稿拒到懷疑自己的絕大多數(shù)方椎。
如果你還是想照葫蘆畫瓢套路一下生信文章聂抢，而不想做實(shí)驗(yàn)，那么你可以面臨的就是大量的時(shí)間成本浪費(fèi)棠众，辛辛苦苦寫出的來文章怎么也投不出去琳疏。這個(gè)可能對于生信初學(xué)者的心態(tài)是一個(gè)爆炸性的打擊。
如果你問我為何如此堅(jiān)定闸拿，因?yàn)槲易约簩W(xué)習(xí)生信這一門學(xué)科已經(jīng)接近4年了空盼，這四年是生信發(fā)展的黃金時(shí)期。那么純粹的生物信息學(xué)面臨什么問題：如此不被編輯和審稿人看好胸墙。
倆大問題：
1 生信的算法離成熟差的太遠(yuǎn)：例如結(jié)合疾病做全外顯子組測序，用于疾病診斷或者預(yù)測是假陽性率太高按咒。算法雜而亂迟隅，生物信息學(xué)研究者各執(zhí)己見，僅僅序列比對這一軟件就有十幾種励七。差異分析這個(gè)算法包有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)嗎智袭。大家在回想一下為啥GEO芯片很多張下載下來發(fā)現(xiàn)里面數(shù)據(jù)形式都不一樣？那么問題來了掠抬，誰的是準(zhǔn)確的吼野，答案是：不知道。两波。瞳步。。因?yàn)猷怂惴ǖ睦细鐐兪亲约翰蝗プ鰧?shí)驗(yàn)驗(yàn)證的去證明算法是否能準(zhǔn)確的預(yù)測表型腰奋。
2 不可控因素太多：從你自己的取樣開始单起，到生信儀器操作員上機(jī)，這中間的每一步換一個(gè)人來操作可能結(jié)果都不一樣劣坊，就連測序儀器的規(guī)格就有幾十種嘀倒，沒有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。
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話又說回來局冰，盡管我給想發(fā)純生信的同學(xué)潑了冷水测蘑，但這盆冷水如果你相信的話可能會節(jié)省你大量時(shí)間。從一開始康二，你想發(fā)生信相關(guān)文章碳胳，就要做好去實(shí)驗(yàn)養(yǎng)做基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)備。
最后沫勿，推廣自己的公眾號：雷槍醫(yī)學(xué)信息技術(shù)固逗，分享我對于目前醫(yī)學(xué)科研形勢的見解
