今天主要學(xué)習(xí)了如何在linux系統(tǒng)上安裝軟件炕置，主要是用了miniconda（相當(dāng)于linux的app store）。
下載和安裝conda的整個流程都沒有卡殼聪黎，感謝豆豆花花編寫的非常詳細的操作教程挠将。
下載miniconda:
- cd biosoft
- wget 下載鏈接
(百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文網(wǎng)站）=》你會看到linux下面有64-bit、32-bit兩種版本=〉接下來萌抵，查看自己服務(wù)器是多少位的=》安裝python3.6對應(yīng)的版本=〉右鍵-復(fù)制下載鏈接)
安裝
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 一路Enter找御，看到能輸入yes的地方輸入yes
- 敲回車
- 等待安裝結(jié)束后輸入yes
- 激活：source ~/.bashrc
- conda(出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了）
使用
- conda list 查看當(dāng)前所有軟件列表
- conda search fastqc 【 搜索軟件, 這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例】
- 安裝軟件 conda install fastqc -y (加上-y是自動安裝)
如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
- conda remove fastqc -y 卸載軟件
- conda info --envs 查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
- conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
此步表明建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境绍填，然后指定python版本是3霎桅，安裝軟件fastqc、trimmomatic
- conda info --envs 再次查看
- source activate rna-seq 激活新環(huán)境
- fastqc
- conda remove -n rna-seq fastqc -y 卸載軟件
- cd.. conda remove -n rna-seq --all 卸載環(huán)境
