之前找了很多信息碰镜，見到的都是用行畫PCA鲫惶，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個(gè)函數(shù)，但這個(gè)函數(shù)橢圓我又死活加不上岗憋，再加上畫橢圓時(shí)的分組信息又沒法加在原數(shù)據(jù)里肃晚，糾結(jié)了很久。但最后還是被我試出來了仔戈。
先放個(gè)原數(shù)據(jù)格式：
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library("FactoMineR")
library("factoextra")
library("dplyr")
data = read.csv("G:/TPTNW.csv",row.names = "gene_id")
這是分組信息
datagroup = read.csv("G:/TPTNWgroup.csv")
t()用于轉(zhuǎn)換矩陣行列关串，用起來方便省事
verdata = t(data)
res.pca <- PCA(verdata, graph = FALSE)
將同一組的individuals圈在一起
fviz_pca_ind(res.pca,
geom.ind = c("point","text"), # 顯示點(diǎn)與文字 col.ind = datagroup$group, #以組分顏色，這里直接上面導(dǎo)入的group信息即可 palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), #顏色 addEllipses = TRUE, #畫橢圓 legend.title = "Groups" #分組名)
結(jié)果圖：
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