此文章是Ben J. Hayes作為一作發(fā)表在GSE上商玫。其提出的新模型可能非常有利于我國地方品種動物的遺傳估計(jì)留拾。所以進(jìn)行翻譯和分享褐耳。
背景
在多品種熱帶肉牛群體中實(shí)施基因組選擇一直具有挑戰(zhàn)性胁孙。如果可以在這些基因組評估的參考群體中使用商業(yè)（通常是雜交）動物，則可以允許非常大的參考群體菜枷。
在熱帶牛肉系統(tǒng)中苍糠，此類動物通常沒有譜系信息。
方法
在這里啤誊，作者們使用標(biāo)記雜合性（以模擬雜種優(yōu)勢）和源自遺傳標(biāo)記的品種組成作為模型中的協(xié)變量岳瞭，研究此類數(shù)據(jù)的潛在模型。模型將品種效應(yīng)視為固定或隨機(jī)蚊锹，并包括基因組最佳線性無偏預(yù)測 (GBLUP) 和 BayesR瞳筏。
數(shù)據(jù)
使用包含 29,391 頭純種、雜交和復(fù)合商業(yè)動物的適應(yīng)熱帶的肉牛數(shù)據(jù)集來評估模型枫耳。
結(jié)果
將品種效應(yīng)視為隨機(jī)乏矾，采用類似于遺傳組的方法孟抗，可以將遺傳方差劃分為品種內(nèi)和品種間成分（即使有大量品種）迁杨，并估計(jì)品種內(nèi)和跨品種基因組估計(jì)值育種值（GEBV）。
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證明可以使用這些模型計(jì)算中等精度 (0.30–0.43) GEBV凄硼。
image.png 將品種效應(yīng)視為隨機(jī) 比 將品種視為固定 可以提供更準(zhǔn)確的 GEBV铅协。
沒有擬合品種效應(yīng)的簡單 GBLUP 模型與包含品種內(nèi) GEBV 和（隨機(jī)）跨品種效應(yīng) GEBV 的模型具有相同的準(zhǔn)確性（并且 GEBV 的相關(guān)性非常接近 1）。
當(dāng)對參考群體中沒有數(shù)據(jù)的牛群進(jìn)行 GEBV 預(yù)測時(shí)摊沉，BayesR 的準(zhǔn)確度最高狐史，各個(gè)性狀的平均準(zhǔn)確度提高了 3%，特別是當(dāng)驗(yàn)證群體與參考群體相關(guān)性較低時(shí)说墨。
作者們提出的模型對雜種優(yōu)勢的估計(jì)與之前對肉牛的估計(jì)一致骏全。其提出了一種估計(jì)當(dāng)代群體中積累的每個(gè)品種組合的有效品種比較數(shù)量的方法。
結(jié)論
當(dāng)沒有可用的譜系時(shí)尼斧，可以根據(jù)基因型估計(jì)用于多品種基因組評估的品種組成和雜種優(yōu)勢姜贡。當(dāng)對參考群體中沒有數(shù)據(jù)的牛群進(jìn)行 GEBV 預(yù)測時(shí)，BayesR 的準(zhǔn)確率最高棺棵。
自己感興趣的觀點(diǎn)
對牲畜進(jìn)行多品種基因組評估是可取的楼咳，因?yàn)樗鼈冊试S生產(chǎn)者跨品種、雜交和混合品種選擇公畜和母畜烛恤，從而增加選擇強(qiáng)度母怜。多品種評估在提高基因組預(yù)測準(zhǔn)確性方面的優(yōu)勢，特別是對于參考集大小較小的品種缚柏，
已經(jīng)提出了幾種多品種基因組預(yù)測的方法（參見 Misztal 等人 [9] 的全面綜述）苹熏。
de Roos et al.[10]假設(shè)，如果單核苷酸多態(tài)性（SNP）足夠密集，其效應(yīng)將在各個(gè)品種之間共享轨域。要發(fā)生這種情況缕陕，影響某個(gè)性狀的致病突變在各個(gè)品種中必須相同，并且對于多品種預(yù)測疙挺，SNP 必須與突變足夠 接近扛邑，以便 SNP 和致病突變之間的連鎖不平衡相在整個(gè)品種中持續(xù)存在。
Goddard 和 Hayes [11] 將這種分析擴(kuò)展到更多品種铐然。 他們還得出結(jié)論蔬崩，300,000 個(gè) SNP 足以用于牛品種的多品種基因組預(yù)測
隨著全基因組序列數(shù)據(jù)（包括 1000 個(gè)公牛基因組參考集 [12]）的廣泛使用搀暑，如果假設(shè)致病突變具有相同的效果沥阳，則可以使用該數(shù)據(jù)將 SNP 數(shù)據(jù)集歸因于全基因組序列 如果跨品種被調(diào)用，使用這些致病突變的基因組預(yù)測應(yīng)該會從多品種評估中產(chǎn)生高精度的基因組預(yù)測自点。 然而桐罕，使用牛和羊的全基因組序列觀察到多品種預(yù)測準(zhǔn)確性僅略有提高
等位基因品種起源 (BOA) 模型可以指定不同品種間不同的 QTL 位置，該模型基于以下假設(shè)：“在雜交群體中：(1) SNP 的影響可能是品種特異性的桂敛，并且（2）連鎖不平衡可能不限于與QTL緊密連鎖的標(biāo)記”功炮。
參考文獻(xiàn)
Hayes, B.J., Copley, J., Dodd, E. et al. Multi-breed genomic evaluation for tropical beef cattle when no pedigree information is available. Genet Sel Evol 55, 71 (2023). https://doi.org/10.1186/s12711-023-00847-6
