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在之前的文章中浪讳，我們提到利用網(wǎng)絡聚類算法可以從復雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡中挖掘蛋白復合體或者相應的功能模塊，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復合體的算法狰腌。
MCODE全稱molecular complex detection, 是最廣泛使用的挖掘蛋白復合體的算法之一，在cytoscape 軟件中提供了一個MCODE插件，可以方便的對網(wǎng)絡進行聚類剥哑。
cytoscape 是一個功能強大的網(wǎng)絡可視化軟件笤妙，除了基本的可視化之外冒掌，通過各種插件，還可以輕松的實現(xiàn)各種數(shù)據(jù)分析蹲盘，插件的下載地址如下
http://apps.cytoscape.org/
眾多插件中股毫，也可以看到MCODE插件的下載使用率名列前茅
在下載插件時，建議先打開cytoscape軟件召衔，這樣可以直接在線安裝铃诬，非常方便。
構建PPI網(wǎng)絡苍凛，我們需要一個基因列表趣席，比如轉(zhuǎn)錄組分析得到的差異基因列表，然后到String網(wǎng)站上醇蝴，進行檢索宣肚，示意如下
檢索之后，下載tsv格式的結果文件悠栓，示意如下
在該文件中霉涨，前兩列的信息是我們需要的，內(nèi)容如下
截取前兩列惭适，然后另存為一個文件笙瑟，通常叫做edge.txt。這個文件可以直接導入cytsocape軟件癞志，通過File->Import->Network->File, ?將該文件導入往枷，導入之后，通過Apps->MCODE, 啟動MCODE插件凄杯，在控制面板师溅，可以看到下圖
選擇默認參數(shù)，對整個網(wǎng)絡繼續(xù)聚類盾舌，在右側的結果面板可以看到如下所示的結果
聚類之后會得到多個子網(wǎng)subnetwork, 對于每個子網(wǎng)墓臭，可以看到其節(jié)點數(shù)，邊數(shù)妖谴，打分值等基本信息窿锉，所有子網(wǎng)的信息可以通過Export按鈕導出到文件中酌摇，如下所示
點擊每個子網(wǎng)，通過在中間面板看到該子網(wǎng)的可視化結果嗡载，示意如下
然后可以自定義的調(diào)整各項參數(shù)窑多，使圖片更加美觀。通過MCODE插件洼滚，我們可以方便的得到復雜瓦格的PPI網(wǎng)絡中潛在的各個子網(wǎng)埂息，但是后續(xù)還是要集合功能注釋，比如KEGG遥巴，蛋白復合物數(shù)據(jù)庫的注釋等千康，對結果進一步解讀和篩選。
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