MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析
MEGA是一款操作簡單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件山橄。
NJ法構(gòu)建的樹相對(duì)準(zhǔn)確只祠，假設(shè)少农曲，計(jì)算速度快 ，只得一顆樹月劈。適用于進(jìn)化距離不大思劳，信息位點(diǎn)少的短序列。缺點(diǎn)是序列上的所有位點(diǎn)等同對(duì)待型宝，且所分析的序列的進(jìn)化距離不能太大。
Point:
▲自展值bootstrap是個(gè)百分比值絮爷，一般認(rèn)為自展值＞70%非撑亢ǎ可靠，50%-70%認(rèn)為基本可靠坑夯，< 50%認(rèn)為不可靠
▲標(biāo)尺----單位核苷酸的替換率岖寞，NJ樹中是表示遺傳距離；
▲枝長越長序列差別越大
▲選擇muscle或者clustalw進(jìn)行比對(duì)：clustalw 一般用于DNA 柜蜈，muscle多用于蛋白仗谆。
構(gòu)建基因樹的一般步驟.png
一. 建樹前的準(zhǔn)備
- 從NCBI數(shù)據(jù)庫上批量下載序列用于MEGA畫進(jìn)化樹
- 將所有目標(biāo)基因序列或氨基酸序列保存在txt文本文件中（序列格式為FASTA）
- Multiple Sequence Alignment是構(gòu)建分子演化樹的關(guān)鍵步驟
- 用于構(gòu)建演化樹的序列必須是同源序列
MEGA7主界面
二. 開始建樹
⑴ 序列文件的導(dǎo)入
（可以通過Data導(dǎo)入數(shù)據(jù)也可以通過File導(dǎo)入數(shù)據(jù)）
Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment →Data→open →Retrieve sequences from File
Sequence
⑵ 多序列比對(duì)
- 在比對(duì)之前需先選中要進(jìn)行比對(duì)的序列（Shift）
- 選擇muscle或者clustalw進(jìn)行比對(duì)：
clustalw 一般用于DNA 指巡，muscle多用于蛋白
Alignment.png
⑶ 構(gòu)建進(jìn)化樹——數(shù)據(jù)導(dǎo)入
-
將剛剛另存的meg文件重新導(dǎo)入到mega程序中（直接拖入工作界面），并選擇構(gòu)建NJ樹隶垮。
IMAGE.png
-
參數(shù)設(shè)置：Bootstrap method一般選擇1000~1500
Parameter.png
⑷ 進(jìn)化樹的簡單美化
? View→Tree/Branch style選擇樹的模式
? View→Fonts→Taxon Name
? View→Options→
IMAGE.jpg
IMAGE.png
Note: 將設(shè)置好主要參數(shù)的樹復(fù)制到粘貼板
Image→ Copy to Clipboard 粘貼到WORD
IMAGE.png
- Newick——標(biāo)準(zhǔn)樹文件藻雪，用于下游可視化軟件的導(dǎo)入（File）
- png——壓縮圖像文件
- pdf——矢量圖像文件
