HMMER軟件在基因家族成員挖掘分析過(guò)程中具有重要作用。
本文將從HMMER軟件的下載與安裝、并結(jié)合一個(gè)實(shí)際例子對(duì)該軟件的運(yùn)用進(jìn)行一個(gè)簡(jiǎn)單的介紹。
本文所用的電腦環(huán)境為Ubuntu 16.04版本
第一步軟件下載與安裝
采用Wget 的方法進(jìn)行下載
wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer.tar.gz
將下載好的壓縮包進(jìn)行解壓
tar zxvf hmmer.tar.gz
然后ls命令檢查軟件是否解壓
得到結(jié)果為
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata$ ls
hmmer-3.2.1 hmmer.tar.gz
然后進(jìn)入這個(gè)文件夾后查看文件內(nèi)容
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll
total 1036
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:35 ./
drwxrwxr-x 3 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:40 ../
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 44166 6月 13 22:39 config.guess
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 36141 6月 13 22:39 config.sub
-rwxr-xr-x 1 yeyuntian yeyuntian 249809 6月 13 22:50 configure*
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 24122 6月 13 22:39 configure.ac
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 documentation/
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 12288 7月 17 20:34 easel/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 605080 6月 13 22:51 Eddy - HMMER User's Guide.pdf
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 18 6月 13 22:39 .gitignore
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 602 6月 13 22:39 INSTALL
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 8316 6月 13 22:39 install-sh
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 libdivsufsort/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 3530 6月 13 22:39 LICENSE
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4875 6月 13 22:39 Makefile.in
-rwxr-xr-x 1 yeyuntian yeyuntian 798 6月 13 22:39 makeTAGS.sh*
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 profmark/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 2738 6月 13 22:39 README.md
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4144 6月 13 22:39 RELEASE-3.2.1
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 6月 13 22:51 src/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 test-speed/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 testsuite/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 tutorial/
其中有一個(gè)PDF文檔是用戶指南（詳細(xì)的用法可以參考這個(gè)上面的）
OK，這樣我們就下載好了我們需要的安裝包接下來(lái)就是安裝
HMMER軟件的安裝
需要注意的是：在這個(gè)PDF中提到了在Ubuntu下可以采用apt的方法進(jìn)行安裝（在這個(gè)地方我也就放一下具體命令财忽，但是我并沒(méi)有采用這個(gè)方法來(lái)安裝）
apt install hmmer
我采用的是Source Code 安裝方法進(jìn)行安裝
具體方法如下
- 查看hmmer軟件解壓中的內(nèi)容
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~/CYPdata/hmmer-3.2.1$ ll
total 1036
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:35 ./
drwxrwxr-x 3 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:40 ../
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-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 24122 6月 13 22:39 configure.ac
drwxr-xr-x 4 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 documentation/
drwxr-xr-x 10 yeyuntian yeyuntian 12288 7月 17 20:34 easel/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 605080 6月 13 22:51 Eddy - HMMER User's Guide.pdf
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 18 6月 13 22:39 .gitignore
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 602 6月 13 22:39 INSTALL
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 8316 6月 13 22:39 install-sh
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 libdivsufsort/
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 3530 6月 13 22:39 LICENSE
-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4875 6月 13 22:39 Makefile.in
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-rw-r--r-- 1 yeyuntian yeyuntian 4144 6月 13 22:39 RELEASE-3.2.1
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drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 testsuite/
drwxr-xr-x 2 yeyuntian yeyuntian 4096 7月 17 20:34 tutorial/
其中有個(gè)文件為：configure的可執(zhí)行文件
- 然后執(zhí)行一下命令進(jìn)行編譯
./configure
make
make check
make install
cd src/
sudo make install
最后電腦會(huì)提示：
for file in alimask hmmalign hmmbuild hmmconvert hmmemit hmmfetch hmmlogo hmmpgmd hmmpress hmmscan hmmsearch hmmsim hmmstat jackhmmer phmmer nhmmer nhmmscan makehmmerdb; do \
/usr/bin/install -c -m 0755 $file /usr/local/bin/ ;\
done
這就表明揉燃，環(huán)境變量已經(jīng)配置完整迎卤，可以在任何地方進(jìn)行調(diào)用
- 檢查命令調(diào)用情況
yeyuntian@yeyuntian-rescuer-r720-15ikbn:~$ hmmscan -h
# hmmscan :: search sequence(s) against a profile database
# HMMER 3.2.1 (June 2018); http://hmmer.org/
# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.
# Freely distributed under the BSD open source license.
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Usage: hmmscan [-options] <hmmdb> <seqfile>
