先列出大綱荣刑，內(nèi)容填充中鹦牛，鏈接填充中羹幸，大綱也根據(jù)情況不定時(shí)更新
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生信分析數(shù)據(jù)下載篇
- 生信分析數(shù)據(jù)下載篇①GEO 數(shù)據(jù)下載
- 生信分析數(shù)據(jù)下載篇①GEO 數(shù)據(jù)下載之官網(wǎng)下
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- 生信分析數(shù)據(jù)下載篇②TCGA數(shù)據(jù)下載
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- 生信分析數(shù)據(jù)下載篇①GEO 數(shù)據(jù)下載
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生信分析數(shù)據(jù)預(yù)處理篇
- 探針注釋基因（GEO數(shù)據(jù) R包/R代碼）
- 探針注釋基因（TCGA：sangerbox/R包）
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生信分析差異分析篇
- FC
- T-test
- sam
- rp
- rc
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生信分析之富集篇
- go 富集
- DAVID
- clusterprofiler
- bingo
- 其他R包
- WebGestalt
- GOstats
- kegg富集
- DAVID
- clusterprofiler
- KOBAS
- WebGestalt
- go 富集
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gsea
- clusterprofiler
- 官方軟件
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gsva
- GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data
富集整合clusterprofiler詳細(xì)介紹
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生信分析之聚類方法
- 距離測(cè)度售担？
- 一致性聚類ConsensusClusterPlus
- 層次聚類
- kmeans?
- ...
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生信分析之生存分析篇
- 生存數(shù)據(jù)
- cox單因素
- cox多因素
- 生存曲線
- logrank
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生信分析之可視化篇
- 火山圖
- 箱式圖
- 點(diǎn)圖
- ggplot
- 小提琴圖
- ...
- 互作網(wǎng)絡(luò)繪制
- cytoscape介紹
- z-scorebarplot
- 更多可視化文章:請(qǐng)?jiān)L問(wèn)生信可視化專題:http://www.reibang.com/c/5ffe0f7e0561
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生信分析之bioconductor流程
- 十幾個(gè)流程翻譯
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生信分析之子通路識(shí)別
- esea
- 思瑤師姐提到的幾篇文章
- MiRSEA identify the pathways regulated by dysfunctional miRNAs
- LncRNA2PATHWAY
- Inference of patient-specific subpathway activities reveals a functional signature associated with the prognosis of patients?with breast cancer
- 【ICDS:】Identification of cancer dysfunctional subpathway by integrating DNA-methylation, copy number variation, and gene-expression data
- R包ICDS使用簡(jiǎn)介
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生信基礎(chǔ)知識(shí)之標(biāo)準(zhǔn)化問(wèn)題
- 批次效應(yīng)的概念
- 標(biāo)準(zhǔn)化RMA算法赁遗、MAS5.0算法、dChip算法族铆、LVS算法
- 1.標(biāo)準(zhǔn)化①基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化問(wèn)題(RMA算法岩四、MAS5.0算法、dChip算法哥攘、LVS算法)
- 2.標(biāo)準(zhǔn)化②甲基化數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化問(wèn)題（Quantile算法剖煌、Lowess算法）
- 3.標(biāo)準(zhǔn)化③拷貝數(shù)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化問(wèn)題
- 4.標(biāo)準(zhǔn)化④各大標(biāo)準(zhǔn)化方法的R代碼實(shí)現(xiàn)
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生信基礎(chǔ)知識(shí)
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NGS？
- rnaseq
- chipseq
- ...
GATX4
samtool....
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生信分析之學(xué)習(xí)資料
- 教程分享
- 一些在線的生信教程搜集
- 一些百度網(wǎng)盤上的資源
- 一些博客網(wǎng)站
- 一些簡(jiǎn)書作者
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生信效率神器
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流程圖神器
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神器級(jí)小工具：
- [網(wǎng)站]免費(fèi)文獻(xiàn)搜索與電子書搜索下載
- 神器級(jí)瀏覽器插件類
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獲取一些公眾號(hào)授權(quán):專門把一些系列教程鏈接整合起來(lái)
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哈醫(yī)派系的數(shù)據(jù)庫(kù)集合(數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)目>30,正在搜集中)
- 1-4.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)①Lnc2Cancer栅葡、Lnc2Meth茉兰、LncACTdb、MSDD
- 5-7.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)②miRSponge欣簇、Co-LncRNA规脸、FACER
- 8-9.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)③LncMAP、LNCat
- 10-11. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)④CellMarker熊咽、GPA
- 12-13. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)⑤TIP莫鸭、SEECancer
- 1-13.哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)①-⑤小結(jié)Lnc2Cancer、Lnc2Meth横殴、LncACTdb被因、Co-LncRNA、Lncmap、LncCat等數(shù)據(jù)庫(kù)
- 14-15. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)⑥LnChrom梨与、DiseaseEnhancer
- 16-17. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)⑦miRNA targets堕花、NSDNA
- 18-19. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)⑧Ubetis-LncDB、LincSNP
- 20-21. 哈醫(yī)大數(shù)據(jù)庫(kù)⑨LncRNA Ontology蛋欣、BioM2MetDisease
- 22-23. 哈醫(yī)大數(shù)據(jù)庫(kù)⑩CRADIO-LNCRNAS航徙、IndividualizedPath
- 24-25. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)①①cardio_ncrna如贷、lncSubpathway
- 27-32. [哈醫(yī)數(shù)據(jù)①③FAM陷虎、CHG、medic杠袱、ncRi尚猿、LncMad、MetpriCNet楣富、ncdr](http://www.reibang.com/p/8bd4d766bc68
- 14-32. 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)⑥-①③小結(jié)LnChrom凿掂、Ubetis-LncDB、LincSNP纹蝴、LncRNA Ontology庄萎、CRADIO-LNCRNAS、LncSubpathway等
- 4.學(xué)習(xí)其中幾個(gè)框架塘安，嘗試讓自己有建庫(kù)實(shí)力
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Linux三大件awk sed grep
- awk
- sed
- grep
Rshiny
rmarkdown
rnotebook
jupyter
conda
weka
docker
pipeline
github
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生信熱點(diǎn)技術(shù)
- cibersort
- 用R執(zhí)行cibersort糠涛，根據(jù)組織的基因表達(dá)譜獲取細(xì)胞的百分比
- 若想查看更為詳細(xì)的初學(xué)教程:含數(shù)據(jù)下載，預(yù)處理兼犯，cibersort完整流程可以參看生信小白荼茶的【CIBERSORT】超詳細(xì)忍捡，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析（初學(xué)者筆記）
- 互斥共發(fā)生
- discover
- cibersort
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r包開發(fā)技術(shù)
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報(bào)錯(cuò)解決類
- 1.報(bào)錯(cuò)解決①EOF within quoted string
- 2.報(bào)錯(cuò)解決②：replacing previous import ‘graphite::edges’ by ‘igraph::edges’ when loading ‘xxx包’
- 3.報(bào)錯(cuò)解決③There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
- 4.報(bào)錯(cuò)解決④Error in matrix non-numeric matrix extent
- 5.報(bào)錯(cuò)解決⑤Error in matrix non-numeric matrix extent
給生信技能樹生信菜鳥團(tuán)等做一個(gè)安卓app？
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文獻(xiàn)閱讀-做到對(duì)文章方法流程的基本了解切黔，不要求達(dá)到復(fù)現(xiàn)程度
- 1.DSEA:Drug-set enrichment analysis: a novel tool to investigate drug mode of action
- 2.【ICDS:】Identification of cancer dysfunctional subpathway by integrating DNA-methylation, copy number variation, and gene-expression data
- 3.Correlation of Somatic Mutation and Expression Identifies Genes Important in Human Glioblastoma Progression and Survival
- 4.
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to do list
- 設(shè)計(jì)一個(gè)已完成符號(hào)用于區(qū)分大綱中已完成和未完成的文章
- 日書千字計(jì)劃,起步比較難可以先把目標(biāo)定在200字砸脊，后期逐步提到千字
少一點(diǎn)功利主義的追求，多一點(diǎn)不為什么的堅(jiān)持--from朱偉老師
別讓二十多歲的年紀(jì)虛度-自勉
- 生信婚戀圈搭建（付費(fèi)加入）
- 生信網(wǎng)址導(dǎo)航搭建
- 已完成初稿，待美化UI投遞github綁定域名
- [網(wǎng)站]生信客部落導(dǎo)航-基礎(chǔ)版上線了Ｊ摺Ｍァ！
- 生信版知乎搭建（底層使用wecenter）
- 已完成大部分绢陌，待完成挨下，域名備案，推廣等
- 后期計(jì)劃：錄制視頻脐湾？（免費(fèi)觀看）
- 參考前面列的大綱錄制幾期視頻臭笆？
- 培養(yǎng)起粉絲群，把自己強(qiáng)化到生信cto程度？
- 以上內(nèi)容同步到生信客部落公眾號(hào)愁铺？
- 是否創(chuàng)建一個(gè)生信分析的接單投單兼職平臺(tái)鹰霍，用于服務(wù)非生信組織的部分生信分析服務(wù)（繪圖，分析代碼等）
- 感受
- 那些年在生信路上所經(jīng)歷的彷徨-寫于2016年
- 如對(duì)生信的理解
- 對(duì)一些大牛的感謝
- 對(duì)...
- 設(shè)計(jì)一個(gè)R code模板（代碼function化）
- 包含信息：標(biāo)題茵乱、日期茂洒、作者、輸入瓶竭、輸出督勺、參數(shù)解釋、函數(shù)功能
