生信星球?qū)W習(xí)小組第29期第二天

Linux認(rèn)知

  • 如何登陸云服務(wù)器
    • Mac上打開(kāi)終端嗓袱,ssh 用戶(hù)名@IP地址,比如ssh Poppy@1.2.3.4角塑,輸入密碼即可
    • Windows上cmd命名進(jìn)入Linux操作界面
  • 快速檢索Linux命令https://man.linuxde.net/

常用的Linux命令

Linux基本操作

- 查看路徑:pwd
- 當(dāng)前路徑的所有文件:ls
- 睡眠一段時(shí)間:sleep 10镜遣;睡眠10秒鐘
- 進(jìn)入某個(gè)路徑:cd+路徑
  - cd ../回到上層目錄
  - cd 直接回到主目錄
- *的使用
  - 查找某個(gè)文件指定的一部分,比如SRR1234567.sra
  - SRR12345*
- & 表示任務(wù)在后臺(tái)執(zhí)行衫哥,如要在后臺(tái)運(yùn)行redis-server,則有 redis-server &
- && 表示前一條命令執(zhí)行成功時(shí)茎刚,才執(zhí)行后一條命令 ,如 echo ‘1‘ && echo ‘2’
- nohup 是 no hang up 的縮寫(xiě)撤逢,就是不掛斷的意思https://www.cnblogs.com/jinxiao-pu/p/9131057.html
- | 表示管道膛锭,上一條命令的輸出,作為下一條命令參數(shù)蚊荣,如 echo ‘yes’ | wc -l初狰。
- || 表示上一條命令執(zhí)行失敗后,才執(zhí)行下一條命令互例,如 cat nofile || echo “fail”
- 編輯界面
  - 進(jìn)入test.txt文檔編輯界面奢入,vi test.txt
  - esc退出編輯界面
  - :x保存退出

快速查看文檔信息

- 快速查看文件:cat filename,適用小文件
- 查看文件行數(shù):wc -1 filename媳叨,1是line的意思腥光,第一行
- 查看文件前幾行:head filename关顷,默認(rèn)查看前6行,head -n 100 file1武福,查看前100行
- 查看文件末尾幾行:tail filename议双,同head
- 逐頁(yè)查看大文件內(nèi)容:more或者less,more filename或者less filename艘儒;空格鍵或者f鍵向下翻頁(yè)聋伦、b向上翻頁(yè)、**q退出**
- 提取某個(gè)特定列:cut -f 1,3,5 test.txt界睁,提取test.txt的1觉增、3、5列翻斟;cut -d “,"-f 1,3,5 test.csv逾礁,-d指定分隔符類(lèi)型“,”,txt文件的分隔符為tab鍵

文件夾基本操作

- 新建一個(gè)文件:touch+文件名访惜,比如touch filename.txt
- 新建一個(gè)文件夾:mkdir+文件夾名
  - 但是如果想新建一個(gè)文件夾1目錄下有文件夾2嘹履,mkdir test1/test2會(huì)報(bào)錯(cuò)哦!需要加一個(gè) -p
  - mkdir -p test表示如果有test文件夾就不創(chuàng)建债热,沒(méi)有的話創(chuàng)建test文件夾
  - mkdir -p test1/test2/test3砾嫉,表示在test1文件夾里面新建一個(gè)test2,test2文件夾里面新建一個(gè)test3
- 移動(dòng)文件至當(dāng)前路徑的某個(gè)文件夾: mv file 文件夾名/
- 重命名文件夾:mv dir1 dir2窒篱,如果dir2不存在則重命名dir1為dir2焕刮;如果dir2存在則移動(dòng)dir1到dir2文件夾下
- 拷貝文件夾:cp -r dir1 dir2(r是recursive,遞歸循環(huán))墙杯,如果dir2不存在則拷貝dir1為dir2配并;如果dir2存在則拷貝dir1為dir2文件夾下
- 刪除文件夾:rmdir,如rmdir test2高镐;或者rm -r dir1刪除整個(gè)文件夾

Linux腳本

- .sh結(jié)尾溉旋,cat filename.sh,查看運(yùn)行結(jié)果
- 運(yùn)行shell腳本嫉髓,sh filename.sh
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