RPM（CPM）
每百萬讀仍苤痢（mapped）的reads數(shù)
對測序深度進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化
例如煞肾，對一個具有5M reads的庫進(jìn)行了比對。其中嗓袱，總共4M reads與基因組序列匹配籍救，5000個reads與給定基因匹配
RPKM(Reads Per Kilobase Million)
（Reads PerKilobase of exon model per Million mapped reads）
每百萬mapped上的reads中每kb堿基mapped到給定基因上的reads數(shù)
對測序深度和測序長度進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化（先進(jìn)行測序深度標(biāo)準(zhǔn)化，后進(jìn)行基因長度標(biāo)準(zhǔn)化渠抹。）
例如蝙昙，對一個具有5 M讀數(shù)的庫進(jìn)行比對。其中梧却，總共4M讀數(shù)與基因組序列匹配奇颠，5000個讀數(shù)與給定基因匹配，長度為2000bp放航。
FPKM(Fragments Per Kilobase Million)
（Fragments Per Kilobase of exon modelper Million mapped fragments）
PKM與RPKM計算方法基本一致烈拒。不同點就是FPKM計算的是fragments，而RPKM計算的是reads广鳍。Fragment比read的含義更廣荆几，因此FPKM包含的意義也更廣，可以是pair-end的一個fragment赊时，也可以是一個read吨铸。
TPM(Transcripts Per Million)
（Transcripts Per Kilobase of exonmodel per Million mapped reads）
對測序深度和測序長度標(biāo)準(zhǔn)化（先進(jìn)行基因長度標(biāo)準(zhǔn)化，后進(jìn)行測序深度標(biāo)準(zhǔn)化）
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