為安裝PyTopol做準備，先安裝pip
要先安裝python,以及easy_install，再安裝pip安裝PyTopol
pip install pytopol安裝完PyTopol后，在D:\Python27\Scripts下有psf2top.py礁凡，開始轉化psf文件速客。如果只有蛋白，參數(shù)可以只用par_all36_prot.prm涯肩。
psf2top.py -p pr.psf -c par_all36_na.prm par_all36_prot.prm
或
psf2top.py -p complex2.psf -c Par_all27_prot_na.prm
注意，par_all36_na.prm可能會無法識別“CUTNB 14.0 CTOFNB 12.0 CTONNB 10.0 EPS 1.0 E14FAC 1.0 WMIN 1.5”巢钓，將其改為“cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5”病苗，即大寫改小寫。
- 采用gromacs腳本讀取pdb文件症汹，生成.ndx文件硫朦，需要指定計算mmpbsa的兩個部分，即rep和lig背镇，具體的原子編號范圍可自己根據(jù)需要修改咬展。gromacs版本為4.5.5泽裳，過程如下：
make_ndx -f pr.pdb -o pro.ndx
a 1486-2970
name 16 rep
a 2971-3094
name 17 lig
v
q
注意，生成的pro.ndx需要打開核實破婆，看rep和lig的編號是否正確指定了涮总，16,17的序號不是固定的，看不同體系情況祷舀，反正必須是新增的瀑梗，在列表里是最后的兩個。
- 采用gromacs腳本生成md.tpr裳扯，在此之前夺克，先簡單編輯md.mdp，即md的步驟嚎朽，包括溫度铺纽，模擬時間等。注意哟忍，輸入的pr.pdb在第一行需要有盒子尺寸
grompp -f md.mdp -c pr.pdb -p top.top -o md.tpr
- 運行g_mmpbsa狡门，在此之前先要安裝g_mmpbsa,pbsa1.3等軟件。簡單編輯pbsa.mdp參數(shù)文件作為輸入锅很。注意其馏，軌跡文件pr100.trr可以少取一些軌跡幀，這樣算得快一些,作業(yè)運行時間比較長爆安，需要后臺提交叛复。trr，pdb,psf文件均不含水扔仓。
echo 16 17 | /home/wfeng/g_mmpbsa/bin/g_mmpbsa -f pr100.trr -s md.tpr -n pro.ndx -i pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp > mmpbsa.log 2>&1
注意褐奥，echo后面的參數(shù)表示選擇第4步里面命名的rep和lig的編號。不用pipeline命令也可以翘簇，g_mmpbsa會有提示撬码，讓你選擇序號。
- 采用python腳本處理數(shù)據(jù)版保。
python MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg
python MmPbSaDecomp.py -m contrib_MM.dat -p contrib_pol.dat -a contrib_apol.dat
