如果分子標(biāo)記覆蓋整個(gè)基因組断部，當(dāng)標(biāo)記與控制特定性狀基因連鎖時(shí)，不同標(biāo)記基因型的表型值存在顯著差異逛漫，通過數(shù)量性狀觀測(cè)值與標(biāo)記間的關(guān)聯(lián)分析垛膝，就可以確定控制各數(shù)量性狀基因在染色體上的位置、效應(yīng)及其遺傳學(xué)效應(yīng)梗脾，這就是QTL定位荸型。
QTL是一個(gè)統(tǒng)計(jì)參數(shù)，代表染色體（或連鎖群）上影響數(shù)量性狀表現(xiàn)的某個(gè)區(qū)段炸茧，這個(gè)區(qū)段內(nèi)可能會(huì)有一個(gè)甚至多個(gè)基因瑞妇。QTL定位實(shí)質(zhì)上是基于特定模型的遺傳假設(shè)。
1. QTL定位原理和步驟
QTL定位一般要經(jīng)過分離世代群體建立梭冠、遺傳標(biāo)記檢測(cè)辕狰、數(shù)量性狀測(cè)定和統(tǒng)計(jì)分析等環(huán)節(jié)。其中控漠，分析標(biāo)記基因型和數(shù)量性狀值之間是否存在關(guān)聯(lián)蔓倍，發(fā)現(xiàn)QTL并準(zhǔn)確估計(jì)QTL的遺傳效應(yīng)，是QTL定位的關(guān)鍵盐捷。
（1）分離世代群體的建立
適于QTL定位的分離世代群體應(yīng)該是待測(cè)數(shù)量性狀存在廣泛變異偶翅，這樣的世代群體一般是由親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的親本間雜交，再經(jīng)自交碉渡、回交等方法進(jìn)行人工構(gòu)建聚谁。分離世代群體一般分為三大類。一類是暫時(shí)性群體滞诺，包括BC和F2群體形导。另一類是永久性群體环疼，包括有F1連續(xù)多代自交產(chǎn)生的重組自交系（Recombinant inbred line, RIL）,單倍體加倍的雙單倍體（doubled haploid，DH）群體和通過F1高代回交朵耕，再對(duì)供體親本染色體進(jìn)行標(biāo)記得到的染色體轉(zhuǎn)換系（chromosome segment substitution line炫隶，CSSL）群體。第三類是自然群體阎曹。對(duì)于性周期長(zhǎng)的高大林木伪阶，也可用自然群體并借助系譜信息的QTL作圖，又稱關(guān)聯(lián)作圖（association mapping）芬膝，關(guān)聯(lián)作圖利用核心家系中的連鎖不平衡進(jìn)行QTL定位望门，但效率不及暫時(shí)群體和永久群體有效。
（2）遺傳標(biāo)記的檢測(cè)
理想的定位遺傳標(biāo)記應(yīng)該數(shù)量豐富锰霜，以保證足夠的標(biāo)記覆蓋整個(gè)基因筹误；多態(tài)性好，以保證個(gè)體或親子代間有不同的基因組合癣缅；中性厨剪，涉及某一標(biāo)記位點(diǎn)的各種基因組合都有相同的適應(yīng)性，以避免不同基因型間的生存能力差異引起的實(shí)驗(yàn)誤差友存；共顯性祷膳，以保證直接區(qū)分同一基因位點(diǎn)上的各種基因型等特征。
（3）數(shù)量性狀值的測(cè)定及統(tǒng)計(jì)分析
對(duì)分離世代群體的同一樣本中每株個(gè)體進(jìn)行遺傳標(biāo)記檢測(cè)同時(shí)屡立，測(cè)定其數(shù)量性狀表型值直晨，并將每株個(gè)體的數(shù)量性狀表型值和分子標(biāo)記基因型值按順序列表，形成分析所需的基本數(shù)據(jù)膨俐。
