一米丘、測(cè)序技術(shù)的歷史沿革
- 1954年，Whitfeld等提出了測(cè)定多聚核糖核苷酸鏈的降解法
- 70年代的Sanger發(fā)明了“雙脫氧終止反應(yīng)法”约啊，即一代測(cè)序
- 1983年Kary Mullis 發(fā)明PCR測(cè)序儀耗帕，推動(dòng)產(chǎn)生了二代測(cè)序
- 1989年以納米孔單分子測(cè)序技術(shù)為基礎(chǔ)產(chǎn)生了三代測(cè)序
二、二代測(cè)序原理介紹
- 必備名詞
- flowcell： 測(cè)序反應(yīng)的載體/容器忠售，1個(gè)flowcell有8個(gè)lane
- lane： 測(cè)序反應(yīng)的平行泳道传惠，試劑添加、洗脫等過(guò)程的發(fā)生位置
- tile： 每次熒光掃描的位置稻扬，肉眼是看不到的
- 雙端測(cè)序： 可能序列比較長(zhǎng)有四五百bp卦方，兩邊各測(cè)120-150bp
- junction： 雙端測(cè)序中間一些沒(méi)有測(cè)到的區(qū)域
- flowcell構(gòu)造：一個(gè)lane包含兩列（swath），每一列有60個(gè)tile泰佳，每個(gè)tile會(huì)種下不同的cluster盼砍，每個(gè)tile在一次循環(huán)中會(huì)拍照4次（每個(gè)堿基一次）
- 測(cè)序流程-邊合成邊測(cè)序（sequence by synthesis, SBS）
- 構(gòu)建DNA文庫(kù)
- 上樣
- 橋式PCR
- 測(cè)序
- 數(shù)據(jù)產(chǎn)生
- 圖象校正（即空間校正）
- cluster識(shí)別
- 熒光校正（即光學(xué)校正）
- phasing/prephasing（即化學(xué)校正）
- 堿基識(shí)別
- PF（Illumina默認(rèn)的數(shù)據(jù)過(guò)濾算法Pass Filtering）
- 質(zhì)量評(píng)估
- 數(shù)據(jù)格式及分析
- Fastq格式：一種基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其測(cè)序質(zhì)量信息的標(biāo)準(zhǔn)格式,一般都包含有4行
- Fasta格式：一種基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式
- GenBank格式
- EMBL格式
- 使用fastqc軟件進(jìn)行分析
三逝她、三代測(cè)序技術(shù)介紹
- PacBio實(shí)時(shí)單分子測(cè)序
- Complete Genomics公司的復(fù)合探針-錨定連接技術(shù)
- Oxford Nanopore納米孔單分子通道技術(shù)
- Ion Torrent電子流檢測(cè)技術(shù)
生信星球Day7-測(cè)序知識(shí).png
