全基因組選擇GS軟件: MiXBLUP 2.1介紹
MiXBLUP 2.1
使用系譜信息和基因組信息估計(jì)育種值
軟件介紹
MiXBLUP是一款遺傳評估軟件, 適合所有的育種機(jī)構(gòu). 它可以利用系譜和基因組信息估計(jì)育種值, 給出方差組分. MiXBLUP可以加快育種進(jìn)程, 加大遺傳進(jìn)展, 使用簡單, 非常適合數(shù)據(jù)量大, 模型復(fù)雜的運(yùn)算.
它還支持各種親緣關(guān)系矩陣, 比如系譜構(gòu)成的A矩陣, SNP構(gòu)成的G矩陣, H矩陣, SNP回歸分析等.
怎么使用軟件
MiXBLUP可以從這里下載, 它是一款商業(yè)軟件, 可以在這里預(yù)定.
MiXBLUP可以提供30天的免費(fèi)試用, 僅供測試使用, 試用版軟件可以無限制的使用, 但是只給出1000個(gè)育種值.
商業(yè)版的軟件可以購買, 沒有限制.
MiXBLUP的優(yōu)勢
MiXBLUP是速度非常快的軟件, 特別是針對模型復(fù)雜, 數(shù)據(jù)量大的運(yùn)算比較有優(yōu)勢, 可以運(yùn)行隨機(jī)回歸模型, 全基因組選擇, 一步法, SNP回歸等等.
軟件來源
MiXBLUP是由荷蘭瓦格寧根大學(xué), 動物育種與基因組中心實(shí)驗(yàn)室開發(fā), MiXBLUP的核心是MiX99.
MiXBLUP軟件應(yīng)用在奶牛育種, 肉牛育種, 豬育種, 家禽育種, 山羊育種, 綿羊育種等領(lǐng)域.
MiXBLUP is developed by scientists of LUKE National Resources Institute Finland and the Animal
技術(shù)支持
商業(yè)版授權(quán)軟件, 技術(shù)支持包括: 軟件安裝相關(guān)問題, 模型書寫及運(yùn)行相關(guān)問題. 網(wǎng)站提供相關(guān)的學(xué)習(xí)使用文檔.
MiXBLUP的特色
- 速度快
- 支持復(fù)雜模型
- 適合所有動物育種
- 可以處理大群體
- 可以支持63個(gè)性狀同時(shí)運(yùn)行
- 支持基因型和表型數(shù)據(jù)聯(lián)合分析
- 界面友好
- 和其它軟件鏈接友好
- 可以運(yùn)行在Windows和Linux平臺
- 提供專業(yè)化的技術(shù)支持
MiXBLUP的結(jié)果文件
- 估計(jì)育種值(BLUP, GBLUP)
- 給出估算的標(biāo)準(zhǔn)誤
- 給出估算的準(zhǔn)確性
- 給出所有的效應(yīng)值
MiXBLUP可以處理
- 數(shù)據(jù)和系譜中支持字符串
- 基因組相關(guān)的文件格式都支持
- 支持大數(shù)據(jù)
- 性狀數(shù)沒有限制
- 固定因子和隨機(jī)因子數(shù)沒有限制
- 支持位置親本或者遺傳組
- 其它遺傳效應(yīng): 母體效應(yīng), 永久環(huán)境效應(yīng)等
- 隨機(jī)回歸模型
- 基因與環(huán)境互作
- QTL效應(yīng)可以包括到模型中, 支持IBD矩陣
