是一個管理軟件的工具，類似于“應用商店”的概念沉迹，目前已成為很好的生物軟件管理工具。
今天從Miniconda入手害驹，開始學習如何在linux中下載鞭呕、安裝、卸載軟件宛官。
1.下載安裝
下載最新版本
因為Miniconda站點在國外葫松，所以需要借助國內(nèi)的鏡像站點提高下載速度，這里我們使用清華鏡像源底洗。
網(wǎng)址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
Miniconda清華鏡像
-
找到適合自己電腦操作系統(tǒng)的最新版本腋么， 右鍵復制下載鏈接。
使用wget命令下載
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
沒有對比就沒有傷害亥揖。
- bash 運行
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1 按回車繼續(xù)
Please, press ENTER to continue
>>>
2 是否繼續(xù)珊擂，手動填yes
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> yes
3 刷新激活 (關(guān)鍵)
source ~/.bashrc
可以看到conda會改變命令行設(shè)置，即前面多了（base)。這讓有強迫癥的我看了有點不太習慣摧扇，但后續(xù)的操作發(fā)現(xiàn)圣贸，這個可以區(qū)分不同的虛擬環(huán)境，可以有效避免路徑找不到的問題扳剿，所以我選擇默默接受...
4敲conda命令（出現(xiàn)用法信息則表明安裝成功）
2.配置清華鏡像源
在命令行中運行以下命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
3.安裝與卸載軟件（以fastqc軟件為例）
- 不知道軟件具體名字——搜索
搜索軟件旁趟，列出多個版本
conda search fastqc
如圖：
- 知道軟件具體名字——直接安裝
安裝軟件 ，加-y庇绽， 不加會很墨跡锡搜。
conda install -y fastqc=0.11.7
PS:不加版本號，默認安裝最新版本瞧掺。
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安裝成功后耕餐，利用Xmanager 自帶的圖形界面管理器
輸入fastqc命令，出現(xiàn)軟件的圖形化界面
- remove命令卸載軟件
同理辟狈，卸載軟件也加-y
conda remove -y fastqc =0.11.7
4.conda虛擬環(huán)境
列出所有虛擬環(huán)境
conda info --envs
創(chuàng)建一個新的虛擬環(huán)境
conda create -n name
刪除虛擬環(huán)境
conda remove -n name
進入（切換）不同的虛擬環(huán)境
conda activate name
退出虛擬環(huán)境
conda deactivate
虛擬環(huán)境進入與退出
