---------ubuntu下lammps的安裝----------
1座每、前提條件
2荐吉、安裝lammps

2-1 安裝fftw
2-2 安裝mpich
2-3 安裝lammps

3、配置環(huán)境

---------ubuntu下lammps的安裝----------

1筒严、前提條件

筆者所用操作系統(tǒng)為Ubuntu18.04提茁，Ubuntu下安裝LAMMPS并行版需要安裝必要的依賴(lài)包元潘，（重復(fù)安裝無(wú)影響）。

1.  sudo apt-get install gcc
   

2.  sudo apt-get install g++
   

3.  sudo apt-get install gfortran
   

4.  sudo apt-get install make
   

注意： 如果ubuntu的apt-get無(wú)法正常使用請(qǐng)
sudo apt-get update

準(zhǔn)備安裝包
fftw-3.3.8.tar.gz http://www.fftw.org/download.html
lammps-stable.tar.gz (解壓后為lammps-22Aug18) https://lammps.sandia.gov/download.html
mpich-3.2.1.tar.gz http://www.mpich.org/downloads/

準(zhǔn)備工作：在 /home/xukang/ 文件夾下建立文件夾/lammps柴墩，將相應(yīng)安裝包分別解壓這個(gè)文件夾中.
創(chuàng)建fftw3和mpich3文件夾用來(lái)安裝

接下來(lái)就是安裝fftw和mpich忙厌。

2、安裝lammps

2-1 安裝fftw

輸入指令：

$ cd ~/lammps/fftw-3.3.8 
$ sudo ./configure --prefix=/home/xukang/lammps/fftw --enbale-shared=yes 
$ sudo make
$ make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.fftw文件江咳，
通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)fftw調(diào)用路徑為/usr/local慰毅，

FFT_INC =            -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH =      -L/usr/local/lib
FFT_LIB =        -lfftw3

2-2 安裝mpich

輸入指令：

1.        cd /home/xukang/lammps/mpich-3.2.1
2.        sudo ./configure --prefix=/home/xukang/lammps/mpich
3.        sudo make   
4.        sudo make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.g++_mpich_link文件，
通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)mpich調(diào)用路徑為/usr/local扎阶。

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB =   -lmpi -lmpl -lpthread

2-3 安裝lammps

1、串行的安裝

$ cd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/STUBS婶芭，
$ sudo make
$ cd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE

該文件夾包括Makefile.mpi东臀、Makefile.serial兩個(gè)編譯文件。
Makefile.serial用來(lái)串行犀农，Makefile.mpi用來(lái)并行

打開(kāi)Makefile.serial文件惰赋，配置fftw的路徑即可
在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.fftw文件，
通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)fftw調(diào)用路徑為/usr/local呵哨，

FFT_INC =            -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH =      -L/usr/local/lib
FFT_LIB =        -lfftw3

但這里要將/usr/local/ 改成你的fftw所在路徑

2赁濒、并行的安裝

打開(kāi)Makefile.mpi文件，配置mpich和fftw的路徑
首先將下面部分注釋掉孟害。

LMP_INC =   -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

（由于lammps運(yùn)行過(guò)程中不需要圖片支持拒炎，因而將關(guān)于圖片這幾行斜線部分刪除）

還要需要修改mpich和fftw的路徑文件，
fftw與串行一樣
mpich與串行類(lèi)似
在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路徑下有Makefile.g++_mpich_link文件挨务，
通過(guò)查看以下內(nèi)容可知lammps默認(rèn)mpich調(diào)用路徑為/usr/local击你。

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB =   -lmpi -lmpl -lpthread

但這里要將/usr/local/改成你的mpich所在路徑
修改完成后保存就行。

3谎柄、接下來(lái)編譯 LAMMPS 的庫(kù)文件,我這里根據(jù)我自己的需求,選擇編譯了部分庫(kù) 文件
lib目錄下
輸入指令：

$  cd meam
$  sudo make -f Makefile.gfortran

$ cd poems
$ sudo make -f Makefile.g++

$ cd reax
$ sudo  make -f Makefile.gfortran

LAMMPS 是通過(guò)各個(gè)模塊來(lái)實(shí)現(xiàn)分子動(dòng)力學(xué)模擬里面不同的功能的,但每 一個(gè)具體的任務(wù)并不是需要用到 LAMMPS 所有的功能,我們可以選擇安 裝一些常用的模塊,等遇到特別的需求時(shí)再來(lái)安裝額外的模塊丁侄。每一個(gè)模 塊實(shí)現(xiàn)的具體功能,也通過(guò)查閱 LAMMPS 使用手冊(cè)來(lái)獲知。
在 src 目錄下運(yùn)行 make yes-all
這個(gè)命令告訴電腦,我要準(zhǔn)備安裝所有的模塊了,然后再用排除法,告訴電 腦,哪些模塊是不要安裝的,比如我一般用不到 user-atc 模塊,那么就 make no-user-atc朝巫。我也一般用不到 kim,kokkos,voronoi, user-qmmm, gpu, user-cuda, 當(dāng)然,
我用不到不代表你們用不到,要根據(jù)實(shí)際情況來(lái)判斷鸿摇。

src目錄下

$   cd lammps/lammps-22Aug18/src/

$   make package-status
$   make yes-meam
$   make yes-poems
$   make yes-reax

4、接著make生成lmp_mpi和lmp_serial的文件

$   sudo make mpi 
$   sudo make serial

成功的話(huà)會(huì)生成lmp_mpi和lmp_serial的文件劈猿。

5拙吉、測(cè)試一下
到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夾中

串行
$/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_serial <in.min

并行
$ /usr/local/bin/mpirun -np 3 /home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi < in.min

3、配置環(huán)境

此外我們可以設(shè)置環(huán)境變量揪荣，簡(jiǎn)化命令庐镐。
$ vi .bashrc
在最后一行加入

export PATH="$PATH:/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src:/home/xukang/lammps/mpich3/bin:/home/xukang/lammps/fftw/bin"
export LD_LIBRARY_PATH=/home/xukang/lammps/fftw/lib:/home/xukang/lammps/mpich/lib:/home/**(用戶(hù)名)/lammps/lammps-22Aug18/src:$LD_LIBRARY_PATH

$ source .bashrc使得環(huán)境生效

再次測(cè)試一下
到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夾中
串行
$ lmp_serial <in.min

然而并行出錯(cuò)了

/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.12: cannot open shared object file: No such file or directory

輸入ldd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi

發(fā)現(xiàn)libmpi.so.12 => not found
應(yīng)該是libmpi.so.12不在你的LD_LIBRARY_PATH路徑下