2020-07-21 下載dbgap數(shù)據(jù)

今天把官網(wǎng)流程全部看了一遍按照這樣操作了赖阻，看了一下數(shù)據(jù)正在下載弄屡，明天看一下有沒有報錯產(chǎn)生，不知道會有啥問題等待解決该押。

Source：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK36439/

下載步驟

使用NCBI的SRA toolkit中的prefetch命令行功能和cart文件或者SRA accession進(jìn)行下載

  1. 下載并安裝Aspera connect

Aspera：一個高速文件傳輸系統(tǒng)问麸，方便下載數(shù)據(jù)往衷。

下載鏈接：https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list

確保你安裝的是connect
  1. 選擇并保存數(shù)據(jù)信息在cart文件中
    （除了cart文件，也可以根據(jù)SRA accession下載严卖，步驟5中詳解）
  • 登錄dbgap
  • 點擊My Requests席舍，查看批準(zhǔn)的請求
approved

  • 查看request file



    選擇dbGap file selctor下載基因型和表型數(shù)據(jù)



    選擇SRA RUN selector下載SRA數(shù)據(jù)

  • Wait until the page loading is complete. Click on the “Help” icon on top of the page to see instruction/information about the selector).

  • 選擇數(shù)據(jù)并下載Cart文件（這里是non-SRA數(shù)據(jù)）



    non-SRA cart文件
    下載的SRA cart文件
  1. 編譯SRA toolkit
  • 下載最新的SRA Toolkit并解壓
    (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software)
  • 在使用toolkit之前需要根據(jù) Protected Data Usage Guide 進(jìn)行編譯，導(dǎo)入dbGaP repository key（如果SRA Toolkit版本高于2.10.2就不需要編譯了）【最近把版本更新到3.0版本后發(fā)現(xiàn)哮笆，不再需要額外導(dǎo)入dbGaP repository key了】
    編譯步驟：
    我使用的版本低于2.10.2需要編譯：

image.png

Quick Toolkit Configuration
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/03.-Quick-Toolkit-Configuration

$ vdb-config -i

A. 選擇"Remote Access"


B. 轉(zhuǎn)到"Cache"選擇"local file-caching"并設(shè)置路徑（必須是空文件夾）


C. 轉(zhuǎn)到"cloud provider"并且選擇"report cloud instance identity"


image.png
  • 在編譯SRA toolkit過程中導(dǎo)入"dbGaP repository key"
    編譯后會自動創(chuàng)建文件夾類似于~/ncbi/dbGap-XXXXX（也叫做工作目錄）
    這個目錄下會有子目錄来颤，比如sra,refseq等等。
    【最近把版本更新到3.0版本后發(fā)現(xiàn)稠肘，不再需要額外導(dǎo)入dbGaP repository key了】在prefetch中增加了--ngc參數(shù)福铅，下載時給出key即可。
prefetch --ngc prj_33085.ngc --cart cart_DAR116028_202209070105.krt
  • dbGaP repository key文件包括了SRA Toolkit所需要用來確定申請人和dbga數(shù)據(jù)所屬項目的信息项阴，那么如何下載dbGaP repository key呢滑黔？
    在action位置找到對應(yīng)的批準(zhǔn)的數(shù)據(jù)對應(yīng)的project的get dbGap repository key，下載得到.ngc格式的文件环揽。

什么是cart文件或SRA accession略荡？

  • 數(shù)據(jù)塊
    cart文件中提供了dbgap的非SRA和SRA數(shù)據(jù)文件塊
  • 單個SRA
    當(dāng)?shù)玫絾蝹€的SRR accession時可以下載單個的SRA run

但是不管是以上哪種情況，在執(zhí)行命令前歉胶，sratoolkit都要使用dbGaP repository key來編譯汛兜。

  1. 使用prefetch進(jìn)行數(shù)據(jù)下
    在通過編譯產(chǎn)生的 dbGaP project directory目錄下，運行prefetch命令通今，把cart文件的地址寫完整粥谬，
    nohup和末尾的&可以后臺運行
    -X 99999999 是下載大小限制放大
    > nohup prefetch -X 9999999999999 /public/home/liuxs/taozy/dbGap/cart_DAR94672_202007210554.krt &

sra解壓成fastq文件報錯，使用validate檢測

(wes) [myname@HPC-login sra]$ vdb-validate SRR7554958
2020-07-23T02:26:44 vdb-validate.2.10.0 info: Validating '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra'...
2020-07-23T02:26:44 vdb-validate.2.10.0 info: Validating  encrypted file '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra'...
2020-07-23T02:27:31 vdb-validate.2.10.0 info: Encrypted file '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra' appears valid
2020-07-23T02:27:34 vdb-validate.2.10.0 info: Database 'SRR7554958.sra' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:34 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'PRIMARY_ALIGNMENT' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:34 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'GLOBAL_REF_START': checksums ok
2020-07-23T02:27:35 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'HAS_MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:36 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'HAS_REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:36 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MAPQ': checksums ok
2020-07-23T02:27:37 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:37 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:38 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:38 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET_TYPE': checksums ok
2020-07-23T02:27:38 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_ORIENTATION': checksums ok
2020-07-23T02:27:39 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_READ_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_SPOT_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'REFERENCE' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_HIGH': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_INDELS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_LOW': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CGRAPH_MISMATCHES': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CIRCULAR': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CS_KEY': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'OVERLAP_REF_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'OVERLAP_REF_POS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'PRIMARY_ALIGNMENT_IDS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SECONDARY_ALIGNMENT_IDS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_START': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'SECONDARY_ALIGNMENT' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'GLOBAL_REF_START': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'HAS_REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MAPQ': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MATE_REF_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MATE_REF_ORIENTATION': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'MATE_REF_POS': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_OFFSET_TYPE': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'REF_ORIENTATION': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_READ_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'SEQ_SPOT_ID': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'TEMPLATE_LEN': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'TMP_HAS_MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'TMP_MISMATCH': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Table 'SEQUENCE' metadata: md5 ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'ALIGNMENT_COUNT': checksums ok
2020-07-23T02:27:41 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CMP_ALTREAD': checksums ok
2020-07-23T02:27:44 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'CMP_READ': checksums ok
2020-07-23T02:27:44 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'PLATFORM': checksums ok
2020-07-23T02:27:47 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'PRIMARY_ALIGNMENT_ID': checksums ok
2020-07-23T02:28:58 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'QUALITY': checksums ok
2020-07-23T02:29:00 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'RD_FILTER': checksums ok
2020-07-23T02:29:03 vdb-validate.2.10.0 info: Column 'READ_TYPE': checksums ok
2020-07-23T02:29:51 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: SEQ_SPOT_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_ID  76.3% complete
2020-07-23T02:29:53 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: SEQ_SPOT_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_ID 100.0% complete
2020-07-23T02:29:53 vdb-validate.2.10.0 info: Database '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra': SEQUENCE.PRIMARY_ALIGNMENT_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT.SEQ_SPOT_ID referential integrity ok
2020-07-23T02:30:10 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: REF_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_IDS  76.3% complete
2020-07-23T02:30:11 vdb-validate.2.10.0 info: Referential Integrity: REF_ID <-> PRIMARY_ALIGNMENT_IDS 100.0% complete
2020-07-23T02:30:11 vdb-validate.2.10.0 info: Database '/public/home/liuxs/ncbi/dbGaP-26086/sra/SRR7554958.sra': REFERENCE.PRIMARY_ALIGNMENT_IDS <-> PRIMARY_ALIGNMENT.REF_ID referential integrity ok
2020-07-23T02:30:11 vdb-validate.2.10.0 info: Database 'SRR7554958.sra' is consistent
表型數(shù)據(jù)解密

下載下來的表型數(shù)據(jù)后綴是.ncbi.enc衡创，需要進(jìn)行解密


分為導(dǎo)入密鑰和進(jìn)行解密兩個步驟

$ vdb-config --import xxxx.ngc
$ vdb-decrypt xx.ncbi_enc # 單個文件解密
$ vdb-decrypt ~/ncbi/dbGaP-26086/files/ # 整個表型數(shù)據(jù)存放的文件夾進(jìn)行解密

解密完成之后帝嗡，文件的后綴不見了，變成了正常的文件格式
【新的版本做了更新璃氢，vdb-config --import 失效了哟玷，此功能整合進(jìn)vdb-decrypt --ngc】

部分sra文件下載失敗的解決方法

提取下載失敗的SRRXXX名字，放入一個新的文件中一也，對這個新的文件進(jìn)行prefetch下載

步驟：

  1. 創(chuàng)建一個shell腳本
$ vi download.sh

shell腳本內(nèi)容如下：

cat是逐行讀取文件按內(nèi)容巢寡，我的文件每行都是SRA序號，就是直接`prefetch`的對象椰苟。
  1. nohup提交shell腳本

開始下載...

文件整理：

  • 從上到下分別是cart file(selected accession for processing sra toolkit)抑月、key(密鑰)、下載的SRA內(nèi)容（full list of accession recordset）

[圖片上傳失敗...(image-1963a2-1598250164533)]

  • 下載表型

  • 下載過程中出現(xiàn)的這些文件是做啥用的舆蝴？谦絮？题诵？？

    [圖片上傳失敗...(image-f0c890-1598250164532)]

最后編輯于 ：
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