2022-01-11 常用函數(shù)解析

d2<-gsub("[^[:alnum:]///' ]", "-", colnames(tcga_expr))##將列名中所有的任意字符變成“-”

d3<-rbind(d2,tcga_expr)

colnames(d3)=d3[1,]

d3<-d3[-1,]

View(d3[1:10,])

write.table(d3,file =".d3.txt",sep="\t",quote = F)

d3 <- read.table('.d3.txt', head=T, as.is=TRUE, quote="", comment.char="#", sep="\t",colClasses=c("character",rep("numeric",423)))##指定列的類型

##比如基因原始表達(dá)值小于10,超過25%樣本就把它剔除掉;Exp_miRNA0為此操作進(jìn)行完后的表達(dá)譜

Exp_miRNA0=Exp_miRNA[which(apply(Exp_miRNA,1,function(x){return(sum(x>10))})>ncol(Exp_miRNA)*0.25),]

##row.names= 1,第一列變行名

##check.names=FALSE,讀入后杠不會變成點(diǎn)

Exp_miRNA <- read.table("./Merge_miRNA_pre_RPM.txt",header = T,row.names= 1,stringsAsFactors = F,sep = "\t",check.names=FALSE)

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