生信第6天——學習R包亡哄。

R包是多個函數(shù)的集合，具有詳細的說明和示例布疙。

學生信蚊惯，R語言必學的原因是豐富的圖表和Biocductor上面的各種生信分析R包。包的使用是一通百通的灵临，我們以dplyr為例截型，講一下R包。

安裝和加載R包

1.鏡像設(shè)置

兩行代碼↓可以搞定儒溉，但這個方法并不適用于每個電腦宦焦，有一部分會失敗。隨緣顿涣，失敗的話就每次需要下載R包時運行這兩句代碼即可赶诊。

• 初級模式
  在使Rstudio的時候為了加速包的下載，都會配置一個國內(nèi)鏡像园骆，最開始是要在Rstudio的程序設(shè)置中

  
  
  初始配置
  
  

  但是這個是CRAN的鏡像舔痪，如果要下載Bioconductor的包，這個鏡像是沒有辦法用的锌唾；另外即使設(shè)置了這里锄码，Rstudio也不是每次都能真的從CRAN去下載包，可以通過options()$repos來檢驗晌涕，很多時候還是無奈地回到了R的國外官網(wǎng)滋捶，速度超慢??

• 升級模式
  為了保證我們可以自定義CRAN和Bioconductor的下載鏡像，其實是可以在Rstudio中進行設(shè)置的余黎，只需要運行這兩行代碼即可：

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-27-17.png
  
  

  但是這種方法還是有問題重窟，你下次再打開Rstudio會發(fā)現(xiàn)，下載Bioconductor還是會回到官方鏡像惧财，可以查詢options()$BioC_mirror 試試巡扇，如果你的依然是自己設(shè)置的國內(nèi)鏡像，就不用管了垮衷；如果發(fā)現(xiàn)需要再重新運行一遍代碼進行設(shè)置厅翔，那么就需要繼續(xù)看下面的內(nèi)容。

• 高級模式
  不想每次打開Rstudio都要運行一遍鏡像配置搀突，還要找之前的代碼去復(fù)制刀闷，就需要用到R的配置文件 .Rprofile
  
  Snipaste_2020-04-08_20-30-17.png
  
  這個文件的配置其實可以多樣（比如linux中我們在.bashrc文件中添加alias 作為快捷命令）
  首先用file.edit()來編輯文件：
  
  Snipaste_2020-04-08_20-31-04.png
  
  然后在其中添加好上面??的兩行options代碼
  
  Snipaste_2020-04-08_20-32-03.png
  
  最后保存=》重啟Rstudio，這時你再運行一下：options()BioC_mirror 就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)配置好了，就很方便地省了手動運行的步驟甸昏。

2.安裝

確保聯(lián)網(wǎng)再操作顽分。。施蜜。不然就尷尬了卒蘸。
R包安裝命令是install.packages("包")或者BiocManager::install("包")。取決于你要安裝的包存在于CRAN網(wǎng)站還是Biocductor花墩，存在于哪里悬秉？可以谷歌搜到澄步。

3.加載

下面兩個命令均可冰蘑。

Snipaste_2020-04-08_20-33-43.png

安裝加載三部曲

Snipaste_2020-04-08_20-36-36.png

示例數(shù)據(jù)直接使用內(nèi)置數(shù)據(jù)集iris的簡化版:

Snipaste_2020-04-08_20-37-08.png

dplyr五個基礎(chǔ)函數(shù)

• 1. mutate(),新增列

     
     
     Snipaste_2020-04-08_20-40-24.png
• 2. select(),按列篩選

• （1）按列號篩選

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-43-17.png

• （2）按列名篩選

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-44-31.png

• （3）filter()篩選行

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-45-39.png

• （4）arrange(),按某1列或某幾列對整個表格進行排序

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-46-48.png

• （5）summarise()：匯總

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-48-06.png

dplyr五個基礎(chǔ)函數(shù)

• 1. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
     （加載任意一個tidyverse包即可用管道符號）

     
     
     Snipaste_2020-04-08_20-49-43.png

• 2.count統(tǒng)計某列的unique值

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-50-46.png

dplyr處理關(guān)系數(shù)據(jù)

即將2個表進行連接，注意：不要引入factor

Snipaste_2020-04-08_20-52-36.png

• 1.內(nèi)連inner_join,取交集

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-53-31.png

• 2.左連left_join

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-54-31.png

• 3.全連full_join

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-55-31.png

• 4.半連接：返回能夠與y表匹配的x表所有記錄semi_join

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-56-30.png

• 5.反連接：返回無法與y表匹配的x表的所記錄anti_join

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-57-31.png

• 6.簡單合并

  
  
  Snipaste_2020-04-08_20-58-19.png

思維導圖

R包思維導圖.png