最新8+ 單基因泛癌+實驗驗證牲阁,不過時的萬金油套路


影響因子:8.7

關(guān)于單基因泛癌分析癌别,我們已經(jīng)介紹了很多捂襟。我們的客戶也發(fā)了數(shù)篇7分+的文章沃暗,只不過由于保密的原因漩勤,我們不會進行宣傳焕妙,只能講解別人發(fā)的文章盯腌。
小編最近也篩選到一些結(jié)果比較好的基因践剂,需要做深入分析的可以聯(lián)系小編喔鬼譬。

生信分析咨詢

請關(guān)注生信小課堂,全網(wǎng)同名

研究概述
近年來逊脯,全球癌癥患者的死亡率呈現(xiàn)出明顯的增長趨勢优质。目前,泛癌研究已廣泛用于識別腫瘤分子標(biāo)志物和信號通路军洼,以更全面深入地了解腫瘤發(fā)生和發(fā)展的分子機制巩螃。AHSA1是熱休克蛋白90(Hsp90)唯一的ATP酶激活劑,在調(diào)節(jié)Hsp90的分子伴侶循環(huán)和蛋白質(zhì)折疊中起關(guān)鍵作用歉眷,可以促進一些癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)的折疊牺六、成熟和轉(zhuǎn)運,并介導(dǎo)腫瘤細(xì)胞發(fā)生侵襲汗捡、增殖和凋亡等淑际。在這項研究中,作者分析了AHSA1在泛癌中的異常表達扇住,探討了AHSA1表達與腫瘤預(yù)后春缕、免疫細(xì)胞浸潤、腫瘤突變負(fù)荷(TMB)艘蹋、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)及多種通路相關(guān)分子之間可能存在的關(guān)聯(lián)锄贼,并結(jié)合細(xì)胞和組織標(biāo)本驗證了AHSA1在肝細(xì)胞癌中的表達和潛在功能。

研究結(jié)果
一女阀、AHSA1在泛癌中的表達
**1宅荤、根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)庫中33種腫瘤的RNA-seq數(shù)據(jù)評估AHSA1在泛癌中的mRNA表達。結(jié)果顯示浸策,AHSA1在正常膽管組織中的表達水平較低冯键,而在睪丸生殖細(xì)胞腫瘤組織中的表達水平較高。與相應(yīng)的癌旁組織相比庸汗,AHSA1在BLCA惫确、BRCA、CHOL、COAD改化、ESCA掩蛤、HNSC、KICH陈肛、LIHC揍鸟、LUAD、LUSC燥爷、READ蜈亩、STAD、PRAD前翎、UCEC腫瘤組織中的表達相對較高(下圖A)稚配。2、配對比較分析結(jié)果顯示港华,AHSA1在BLCA道川、BRCA、CHOL立宜、COAD冒萄、ESCA、HNSC橙数、LIHC尊流、LUAD、LUSC灯帮、PRAD崖技、READ、STAD腫瘤組織中過表達(下圖B)钟哥。

二迎献、AHSA1在泛癌中的預(yù)后價值1、Kaplan-Meier生存分析結(jié)果表明腻贰,AHSA1高表達在LIHC吁恍、LUAD、ESCA和KIRP患者中提示預(yù)后較差(下圖A-D)播演。1冀瓦、在LIHC、LUAD写烤、ESCA和KIRP腫瘤患者中咕幻,異常高表達的AHSA1與較差的DSS密切相關(guān)(下圖E-H)。

**三顶霞、AHSA1表達與腫瘤微環(huán)境
**1、使用TIMER數(shù)據(jù)庫評估AHSA1表達與免疫細(xì)胞浸潤之間的相關(guān)性。結(jié)果表明选浑,AHSA1與多種腫瘤的CD4+Th1蓝厌、CD4+Th2和MDSC細(xì)胞呈顯著正相關(guān),與LIHC中的B細(xì)胞古徒、CD4+T細(xì)胞拓提、CD8+T細(xì)胞和髓系樹突狀細(xì)胞呈顯著正相關(guān)(下圖A)。
2隧膘、分析AHSA1表達與免疫檢查點抑制劑之間的相關(guān)性代态。結(jié)果表明,AHSA1與LIHC疹吃、THCA和THYM中的多個免疫檢查點呈顯著正相關(guān)蹦疑,與ACC、BRCA萨驶、GBM歉摧、HNSC、LUSC腔呜、LGG和PRAD中的多個免疫檢查點呈顯著負(fù)相關(guān)叁温,與LIHC、THCA和TGCT中的CD274核畴、CD276和CTLA4呈顯著正相關(guān)(下圖B)膝但。
3、分析AHSA1表達與EMT相關(guān)分子表達之間的聯(lián)系谤草。結(jié)果顯示跟束,AHSA1表達與LIHC、KIRC和UVM中的EMT相關(guān)分子之間呈顯著正相關(guān)咖刃,與MMP2泳炉、CCL2、CFH和CYP1B1呈顯著負(fù)相關(guān)(下圖C)嚎杨。


4花鹅、研究AHSA1表達與細(xì)胞焦亡相關(guān)分子之間的相關(guān)性。結(jié)果表明枫浙,AHSA1與BRCA刨肃、LGG、LIHC箩帚、PRAD和THCA中的焦亡相關(guān)分子呈顯著正相關(guān)(下圖A)真友。5、討論AHSA1表達與自噬相關(guān)分子之間的相關(guān)性紧帕。結(jié)果顯示盔然,AHSA1與BRCA桅打、COAD、LIHC愈案、LUAD挺尾、PAAD、PRAD和TGCT中的自噬相關(guān)分子呈顯著正相關(guān)(下圖B)站绪。

6遭铺、觀察AHSA1表達與TMB和MSI之間的關(guān)聯(lián)。結(jié)果表明恢准,AHSA1在CESC魂挂、COAD、HNSC馁筐、KIRC涂召、LUAD、STAD和UCS中與TMB密切相關(guān)(下圖C-D)眯漩。

**四芹扭、分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和富集分析

**1、利用GeneMANIA和comPPI分析與AHSA1相互作用的分子赦抖。結(jié)果顯示舱卡,AHSA1與AMD1、HSP90AA1队萤、DNAJB4和HSP90AB1具有潛在相互作用轮锥,主要功能包括蛋白質(zhì)折疊、DNA生物合成和活性氧代謝等(下圖A)要尔。
2舍杜、利用ssGSEA算法預(yù)測AHSA1表達與HCC中24種免疫細(xì)胞浸潤水平的關(guān)系。結(jié)果表明赵辕,AHSA1在HCC中與T輔助細(xì)胞既绩、Th2細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和iDC呈正相關(guān)还惠,與細(xì)胞毒性細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞呈負(fù)相關(guān)(下圖B)饲握。
3、對從GeneMANIA獲得的與AHSA1相互作用的分子進行GO和KEGG富集分析蚕键。結(jié)果表明救欧,這些分子主要富集在細(xì)胞粘附、鈣粘蛋白結(jié)合锣光、泛素-蛋白連接酶結(jié)合笆怠、應(yīng)激蛋白結(jié)合、熱休克蛋白結(jié)合和Hsp90蛋白結(jié)合中(下圖C)誊爹。

4蹬刷、生物過程富集分析表明瓢捉,這些分子主要參與RNA分解代謝、mRNA分解代謝過程办成、蛋白質(zhì)靶向和蛋白質(zhì)折疊等泊柬;KEGG分析表明,這些分子主要參與核糖體诈火、RNA轉(zhuǎn)運、剪接體和HIF-1α信號通路等(下圖D)状答。此外冷守,作者還構(gòu)建了GO和KEGG之間的交互關(guān)系網(wǎng)絡(luò)(下圖E)。

**五惊科、AHSA1在肝細(xì)胞癌中的臨床相關(guān)性分析
**1拍摇、在肝細(xì)胞癌(HCC)中分析AHSA1表達與臨床分期之間的關(guān)聯(lián)。結(jié)果表明馆截,AHSA1在較高的病理階段(下圖A)充活、T階段(下圖B)和組織學(xué)分級(下圖C)中表達水平較高。同時蜡娶,AHSA1表達還與AFP表達水平和血管侵襲狀態(tài)有關(guān)(下圖D-E)混卵。
2、通過ROC分析AHSA1對HCC總生存率的預(yù)后評價效果窖张。結(jié)果表明幕随,AHSA1在HCC中表現(xiàn)出良好的預(yù)后評價性能(下圖F)。
3宿接、通過單因素和多因素COX回歸分析結(jié)合臨床數(shù)據(jù)進一步評估AHSA1在HCC中的預(yù)后作用赘淮。結(jié)果表明,AHSA1是HCC的獨立預(yù)后因素(下圖G)睦霎。

4梢卸、構(gòu)建基于AHSA1表達和病理分期的列線圖(下圖H),通過校準(zhǔn)曲線評估HCC患者1副女、3蛤高、5年后預(yù)后評估模型的準(zhǔn)確性。結(jié)果顯示肮塞,列線圖具有非常好的準(zhǔn)確性襟齿,幾乎接近理想模型(下圖I)。

5枕赵、分析AHSA1在ICGC-LIRI-JP隊列癌旁組織和腫瘤組織中的差異表達猜欺。結(jié)果顯示,AHSA1在HCC腫瘤組織中表達較高(下圖A-B)拷窜。生存分析結(jié)果顯示开皿,在ICGC隊列中涧黄,AHSA1高表達的HCC患者的生存預(yù)后較差(下圖C)。單變量和多變量COX分析顯示AHSA1是HCC的獨立預(yù)后危險因素(下圖D)赋荆。

6笋妥、RT-PCR結(jié)果顯示,AHSA1在HCC細(xì)胞中的mRNA表達水平較高(下圖E)窄潭;Western blotting實驗結(jié)果顯示春宣,AHSA1蛋白在HCC細(xì)胞中的表達水平更高(下圖F);免疫組化結(jié)果顯示嫉你,AHSA1蛋白表達水平在HCC組織中更高(下圖G)月帝。

六、AHSA1對HCC細(xì)胞增殖幽污、遷移和侵襲的影響1嚷辅、構(gòu)建3個AHSA1的shRNA敲除載體并轉(zhuǎn)染到HUH7細(xì)胞中,其中SH2-AHSA1的敲除效率最高(下圖A-B)距误,將載體命名為shAHSA1簸搞。CCK結(jié)果顯示,AHSA1敲低48小時后准潭,細(xì)胞增殖能力明顯降低(下圖C)趁俊。2、細(xì)胞劃痕試驗結(jié)果顯示惋鹅,敲除AHSA1后则酝,HUH7細(xì)胞的愈合能力明顯減弱(下圖D-E);Transwell實驗結(jié)果顯示闰集,敲除AHSA1后沽讹,HUH7細(xì)胞的遷移能力(下圖F-G)和侵襲能力(下圖F-H)明顯減弱。

3武鲁、通過RT-PCR和WB驗證HCCLM3細(xì)胞中AHSA1的敲低效率(下圖A-B)爽雄;CCK8結(jié)果顯示AHSA1敲低后顯著抑制HCCLM3細(xì)胞增殖(下圖C);劃痕和transwell實驗表明AHSA1敲低后顯著降低了HCCLM3細(xì)胞的遷移/侵襲能力(下圖D-E)沐鼠。

總結(jié)
研究通過泛癌分析發(fā)現(xiàn)挚瘟,AHSA1在許多腫瘤組織中表達上調(diào),且與多種腫瘤預(yù)后饲梭、免疫細(xì)胞浸潤乘盖、免疫檢查點抑制劑、TMB和MSI密切相關(guān)憔涉。細(xì)胞實驗證明订框,敲低AHSA1可以降低HCC細(xì)胞的增殖活性、細(xì)胞遷移和侵襲能力兜叨。本研究結(jié)果表明AHSA1有希望作為潛在的腫瘤預(yù)后生物標(biāo)志物穿扳,并可能在HCC細(xì)胞的增殖和遷移中發(fā)揮重要作用衩侥。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個濱河市矛物,隨后出現(xiàn)的幾起案子茫死,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖履羞,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,723評論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件峦萎,死亡現(xiàn)場離奇詭異,居然都是意外死亡忆首,警方通過查閱死者的電腦和手機骨杂,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,485評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來雄卷,“玉大人,你說我怎么就攤上這事蛤售《○模” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,998評論 0 344
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵悴能,是天一觀的道長揣钦。 經(jīng)常有香客問我,道長漠酿,這世上最難降的妖魔是什么冯凹? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,323評論 1 279
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮炒嘲,結(jié)果婚禮上宇姚,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己夫凸,他們只是感情好浑劳,可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 64,355評論 5 374
  • 文/花漫 我一把揭開白布。 她就那樣靜靜地躺著夭拌,像睡著了一般魔熏。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上鸽扁,一...
    開封第一講書人閱讀 49,079評論 1 285
  • 那天蒜绽,我揣著相機與錄音,去河邊找鬼桶现。 笑死躲雅,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的巩那。 我是一名探鬼主播吏夯,決...
    沈念sama閱讀 38,389評論 3 400
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼此蜈,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼!你這毒婦竟也來了噪生?” 一聲冷哼從身側(cè)響起裆赵,我...
    開封第一講書人閱讀 37,019評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎跺嗽,沒想到半個月后战授,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,519評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡桨嫁,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,971評論 2 325
  • 正文 我和宋清朗相戀三年植兰,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片璃吧。...
    茶點故事閱讀 38,100評論 1 333
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡楣导,死狀恐怖,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出畜挨,到底是詐尸還是另有隱情筒繁,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 33,738評論 4 324
  • 正文 年R本政府宣布巴元,位于F島的核電站毡咏,受9級特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏逮刨。R本人自食惡果不足惜呕缭,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,293評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望修己。 院中可真熱鬧恢总,春花似錦、人聲如沸睬愤。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,289評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽戴涝。三九已至滋戳,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間啥刻,已是汗流浹背奸鸯。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,517評論 1 262
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留可帽,地道東北人娄涩。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,547評論 2 354
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像,于是被迫代替她去往敵國和親蓄拣。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子扬虚,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 42,834評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容