哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)①Lnc2Cancer、Lnc2Meth掰烟、LncACTdb爽蝴、MSDD
- 5.miRSponge
miRSponge簡(jiǎn)介
a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.
miRNA的失調(diào)表達(dá)可導(dǎo)致破壞增殖，分化和凋亡纫骑。新出現(xiàn)的證據(jù)表明蝎亚，miRNA本身受含有miRNA結(jié)合位點(diǎn)的內(nèi)源性分子的調(diào)節(jié)，例如假基因先馆，長(zhǎng)非編碼RNA和環(huán)狀RNA发框。這些競(jìng)爭(zhēng)性抑制劑被稱為'miRNA海綿'，可以競(jìng)爭(zhēng)性地隔離miRNA煤墙，阻止它們與其天然靶標(biāo)相互作用梅惯。內(nèi)源性miRNA海綿和靶標(biāo)或競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源性RNA（ceRNA）動(dòng)態(tài)地起作用以平衡彼此的表達(dá)。這種平衡對(duì)于各種生理過程很重要仿野，并且破壞可導(dǎo)致病理狀態(tài)铣减。統(tǒng)計(jì)：經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的miRSponge數(shù)據(jù)庫(kù)（miRSponge）記錄了來自近1000篇文章的手工整理后的11個(gè)物種中的576個(gè)sponge-miRNA互作和457個(gè)ceRNA關(guān)聯(lián)。海綿類包括內(nèi)源性生成的分子脚作，如編碼基因葫哗、假基因、長(zhǎng)非編碼RNA和環(huán)狀RNA球涛，以及外源性引入的分子劣针，如病毒RNA和人工工程海綿(such as viral RNAs and artificial engineered sponges)。
大約70％的相互作用是在疾病狀態(tài)下通過實(shí)驗(yàn)確定的亿扁。 每個(gè)條目包含 detailed information on sponges, miRNAs and competing targets, species, miRBase accession, HGNC and GeneCards annotation, tissue distribution, conditions for detection, corresponding literature, PMIDs, a brief description of the sponge-miRNA interaction, and the experimental method捺典。miRSponge提供用戶友好的界面，方便瀏覽从祝，檢索和下載襟己。 此外，miRSponge還提供了新驗(yàn)證的miRNA-sponges和ceRNA關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)的提交頁面哄褒。
總之稀蟋，miRSponge數(shù)據(jù)庫(kù)可以顯著提高我們對(duì)不同RNA類別之間轉(zhuǎn)錄組通信的理解，并為miRNA研究和臨床應(yīng)用提供及時(shí)和有價(jià)值的資源呐赡。
mirSponge
- 相關(guān)文獻(xiàn)
- 6.Co-LncRNA
Co-LncRNA簡(jiǎn)介:
基于人類RNA-Seq數(shù)據(jù)退客，研究lncRNA在GO注釋和KEGG通路中的組合效應(yīng).（investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.）
Co-LncRNA，這是一種基于Web的計(jì)算工具，allows用戶識(shí)別可能受單個(gè)或多個(gè)lncRNA共表達(dá)的蛋白質(zhì)編碼基因（CEG）影響的GO注釋和KEGG通路萌狂。目前發(fā)布的Co-LncRNA包括涉及28個(gè)人組織/細(xì)胞系的高通量RNA測(cè)序數(shù)據(jù)档玻，包括來自241個(gè)數(shù)據(jù)集的6,560個(gè)個(gè)體（29,012個(gè)樣品）∶２兀基于RNA-Seq數(shù)據(jù)集的重利用误趴，我們分析了這些RNA-Seq數(shù)據(jù)以鑒定lncRNA CEG。值得注意的是, Co-LncRNA performs an enrichment analysis of individual/multiple lncRNA(s) CEGs to all known GO annotations and KEGG pathways in individual datset务傲。此外凉当，還開發(fā)了一個(gè)靈活的查詢引擎，通過對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集的同時(shí)分析來生成高置信度輸出售葡。此外看杭，用戶可以上傳自己的數(shù)據(jù)，以分析特定背景下的lncRNA組合效應(yīng)挟伙。Co-LncRNA是公開的楼雹，允許用戶通過不同的搜索標(biāo)準(zhǔn)查詢lncRNAs組合效應(yīng)。該系統(tǒng)提供基于網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用程序尖阔，用于分析GO注釋和KEGG通路中的lncRNA組合效應(yīng)贮缅，這有助于通過lncRNA探索人類復(fù)雜的調(diào)節(jié)。
Co-LncRNA
網(wǎng)站的help部分包含了下方信息：(對(duì)網(wǎng)站使用進(jìn)行了詳細(xì)的描述)
help.png相關(guān)文獻(xiàn)
Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.
其他資料：
Co-LncRNA:lncRNA與蛋白編碼基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)
- 7.FACER
FACER簡(jiǎn)介
表觀遺傳染色質(zhì)調(diào)節(jié)劑的分子和功能的綜合表征（comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators）
FACER (Functional Atlas of Chromatin Epigenetic Regulators) FACER 提供搜索和下載640個(gè)功能CRs（33種癌癥類型）的基本信息和多組學(xué)特征介却。
FACER
help部分也提供了詳細(xì)的使用幫助谴供。
help-
相關(guān)文獻(xiàn)
補(bǔ)充:FACER簡(jiǎn)介部分我寫的內(nèi)容比較少你可以訪問獲取更詳細(xì)的FACER的描述文章解讀 |FACER：表觀遺傳染色質(zhì)調(diào)節(jié)因子的綜合分子和功能表征
