參考學(xué)習(xí)資料：https://mp.weixin.qq.com/s/n-C2P322ZWQyZ6-3EEKbxA
經(jīng)车醒粒看到群里會(huì)有一些題目候衍，然后都不知道怎么去做笼蛛，先來學(xué)習(xí)一下前人經(jīng)驗(yàn)

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以下是一些題目及答案示例

對FASTQ的操作：

• 5,3段截掉幾個(gè)堿基
• 序列長度分布統(tǒng)計(jì)
• FASTQ 轉(zhuǎn)換成 FASTA
• 統(tǒng)計(jì)堿基個(gè)數(shù)及GC%

對FASTA的操作：

• 取互補(bǔ)序列
• 取反向序列
• DNA to RNA
• 大小寫字母形式輸出
• 每行指定長度輸出序列
• 按照序列長度/名字排序
• 提取指定ID的序列
• 隨機(jī)抽取序列

高級(jí)難度：

• 根據(jù)坐標(biāo)取序列
• 多文件合并
• 根據(jù)ID列表取序列
• GTF文件探索
• 簡并堿基的引物序列還原成多條序列
• snp進(jìn)行注釋并格式化輸出

01 下載安裝bowtie2（內(nèi)含測試數(shù)據(jù)）

先下載安裝安裝軟件的工具 Bioconda （http://bioconda.github.io）
參考：https://mp.weixin.qq.com/s/FBsY8hRjTS6ih2RvY47I6Q
按照這個(gè)工具先刪除電腦原來的版本妖异，重新安裝新的版本

$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
Miniconda3-latest-M 100%[===================>]  49.36M   381KB/s    in 2m 10s
$ mkdir biosoft
$ mv Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh biosoft/
$ cd biosoft/
$ ls
Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh 
Welcome to Miniconda3 4.7.12
#省略安裝過程惋戏，一路enter，yes
optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.
conda commands available from other packages:
  env
#安裝完成
$ conda list
#配置鏡像：
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
$ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --set show_channel_urls yes
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels r
$ conda config --add channels bioconda
#查看鏡像
$ conda config --get channels
$ cat ~/.condarc
#刪除鏡像
$ conda config --remove channels
#新建文件目錄安裝軟件
$ conda create -n test 
conda activate test
$ mkdir bowtie &&  cd bowtie
$ conda install -y bowtie2
#同樣是一路yes,然后如下結(jié)果顯示正確安裝
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(test) Cheng-MacBook-Pro:bowtie chelsea$ 

小知識(shí)點(diǎn)：
軟件更新 ： conda update 軟件名
若不確定軟件名稱他膳，可以先使用搜索： conda search fastqc
安裝特定版本軟件： ex. conda install bwa=0.7.12
軟件卸載： conda remove 軟件名
conda 卸載:
A ：首先 rm -rf ~/miniconda3
B: 環(huán)境變量中去掉conda, vi ~/bash_profile 刪除conda路徑响逢，退出保存
C: 刪除隱藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

02 人類基因組的外顯子區(qū)域的長度

題目:下載人類外顯子的坐標(biāo)文件棕孙，編寫代碼統(tǒng)計(jì)外顯子區(qū)域的長度舔亭。
測試數(shù)據(jù):
Bioconductor的TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene包
NCBI數(shù)據(jù)庫：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/

這么多的內(nèi)容都要下載，我應(yīng)該需要一個(gè)批量下載的命令行

原本是想找到一個(gè)批量下載的工具蟀俊，搜索到這篇推送讓下載更方便
它首推了一個(gè)叫uGet的插件钦铺，在火狐瀏覽器里面支持使用的，下載安裝后肢预，發(fā)現(xiàn)有點(diǎn)問題：

image.png

2個(gè)鏈接都去看了，發(fā)現(xiàn)沒有適合Mac終端的指令烫映，不知道是不是不支持還是怎么回事

添加了插件

選擇uGet下載

將下載好的文件放在一個(gè)目錄下抽兆，新建一個(gè)R session

R實(shí)現(xiàn)代碼示例:拷貝了曾老師教程里面的代碼后運(yùn)行出了如下報(bào)錯(cuò)，然后我以為是沒有安裝什么包冈钦，把實(shí)例數(shù)據(jù)的包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene安裝了一遍郊丛，加載后仍然出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)

> a=read.table(choose.files("ccds/CCDS_nucleotide.current.fna.gz"),sep = '  ',stringsAsFactors = F,header = T) # 選擇你下的CCDs文件
Error in choose.files("ccds/CCDS_nucleotide.current.fna.gz") : 
  could not find function "choose.files"

之后去查這個(gè)函數(shù)到底在哪里李请，發(fā)現(xiàn)是在基礎(chǔ)包里面，既然是基礎(chǔ)包厉熟，我應(yīng)該都安裝了导盅，為啥加載錯(cuò)誤呢，問號(hào)一下發(fā)現(xiàn)揍瑟，又鬧了個(gè)笑話

這是一個(gè)windows定制函數(shù)

估計(jì)這樣的函數(shù)還有很多白翻，但是有沒有對應(yīng)的mac版本可用的函數(shù)呢？我想這里應(yīng)該有個(gè)列表绢片，但是我覺得這種不同系統(tǒng)版本問題導(dǎo)致的函數(shù)不同應(yīng)該挺多的滤馍，希望開發(fā)者找到一個(gè)合理的方法去解決，如果能統(tǒng)一就好了底循。