bedGraphToBigWig下載和使用

bedGraphToBigWig是將bedgraph格式轉(zhuǎn)化為BigWig格式的小工具

#下載，UCSC下載地址  http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe
#選擇  linux.x86_64
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig
#加執(zhí)行權(quán)限
chmod +x bedGraphToBigWig
#將該文件移入PATH路徑中，即可執(zhí)行
mv bedGraphToBigWig /bin

執(zhí)行

#格式為 bedGraphToBigWig input_file index output_file
#建立index白对，$REF為參考基因組的fasta格式
samtools faidx $REF
#執(zhí)行
bedGraphToBigWig  SRR3033154.bedgraph  $REF.fai  SRR3033154.bw
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