最近在做CHIP-seq愉镰，從NCBI上獲取了原始數(shù)據(jù)后，想用fastqc檢查一下二代測序數(shù)據(jù)有沒有問題
于是我從官網(wǎng)上面下載了fastqc人軟件包钧汹，并解壓到了Biosofts文件夾里面
然后運行
fastqc -h
發(fā)現(xiàn)報錯丈探，沒有這個命令
我以為是我沒有配置這個環(huán)境變量，但我配置好了后拔莱，還是報錯
上網(wǎng)查的原因是解壓后的FastQC文件夾里面雖然有fastqc文件碗降，但是用ls -lh 代碼發(fā)現(xiàn)這個文件是沒有執(zhí)行權(quán)限的 解決辦法如下
在fastqc文件所在的目錄下運行下列代碼
sudo chmod 777 fastqc
再次運行就可以運行了
另外提醒一下
Ubuntu自帶Fastqc，所以可以用 apt install fastqc 來安裝fastqc
但是
用apt install安裝的fastqc在Linux上運行是有BUG的Ｌ燎亍Ｋ显ā！
重要的事說三遍
用apt install安裝的fastqc在Linux上運行是有BUG的｀托巍＞ァ！
用apt install安裝的fastqc在Linux上運行是有BUG的８潮１恃省！
用apt install安裝的fastqc在Linux上運行是有BUG的Ｅ凇Ｒ蹲椤！
很容易出現(xiàn)下面的情況
Approx 95% complete for output.fastq
Analysis complete for output.fastq
Failed to process file output.fastq
java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:84)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
所以最好是到官網(wǎng)上面下載軟件包解壓在修改文件權(quán)限历造！
