- 標(biāo)題：Enrichment of oral-derived bacteria in inflamed colorectal tumors and distinct associations of Fusobacterium in the mesenchymal subtype
- 發(fā)表時間：2023/02/21
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發(fā)表期刊：Cell Reports Medicine
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實驗設(shè)計：
- 全轉(zhuǎn)錄組 RNA對來自 CRC 患者的 807 個腫瘤組織進(jìn)行測序（Whole RNA Sequencing）规求，以同時表征腫瘤和其中存在的微生物的基因表達(dá)埠居。
- 將結(jié)果與兩項薈萃分析的結(jié)果進(jìn)行了比較握础，這兩項薈萃分析檢查了來自 CRC 患者和健康對照者的 208 份唾液和 852 份糞便樣本中的微生物棵红。
- 將發(fā)現(xiàn)與 TCGA 的 587 個樣本進(jìn)行了基準(zhǔn)比較 基因組圖譜 (TCGA)恒序。
結(jié)果：
腸道和口腔細(xì)菌物種在腫瘤中普遍存在
Figure 1
- 使用Kraken和Bracken對807個RNA-Seq數(shù)據(jù)（non-human reads）進(jìn)行表征麻裳。嚴(yán)格質(zhì)控之后甥桂，保留了75個species（Figure 1A）
- 54個species（gut species）在腸道中prevalence高蚊夫，20個（oral species）在口腔中更高（Figure 1B银择、C）【數(shù)據(jù)來源先前研究】
- 與健康供體（n = 568）相比多糠，gut species的prevalence在CRC 患者（n = 284）的糞便樣本中更高； 同樣浩考，CRC 患者（n = 24）的唾液樣本中口腔類群更為普遍夹孔。
- 使用PathSeq進(jìn)行驗證。在 74 個species中析孽， 43 個在 Pathseq 中具有等效搭伤。 Kraken 和 Pathseq 中所有 43 種疾病的流行率非常一致（Spearman Rho = 0.86，p = 2.2e-13袜瞬；Figure 1C）
- 同樣方法對587 個TCGA結(jié)腸和直腸樣本分析（ poly-(A) enrichment RNA-Seq）怜俐。 當(dāng)應(yīng)用用于 AVANT 的 250 reads閾值時，在 TCGA 中僅檢測到 20 個物種邓尤。 將閾值降低到 5 個reads可檢測出所有 74 個物種拍鲤； 然而，在這個閾值下汞扎，樣本中又識別出了 1,030 個物種季稳，包括許多已知的污染物。 這是 Kraken 在 AVANT 中映射每個物種 1,289 ± 19,659（平均值 ± SD）讀數(shù)而在 TCGA 中僅為 15 ± 183 的結(jié)果澈魄，因此很難可靠地區(qū)分信號和噪聲景鼠。
