1.判斷存在：一個元素是不是在向量中用a%in%b
> a="TT"
> b=c("AA","AT","TT")
> a %in% b
[1] TRUE
2.判斷某一元素這向量中的索引（第幾個位置）：index.TT=which(b==”TT”)
> index.TT=which(b=="TT")#index.TT是想知道的索引號，which是判斷函數(shù)，b是想知道的元素所在的向量
> index.TT
[1] 3
3.相當于python中的字典，names函數(shù)
> b
[1] "AA" "AT" "TT"
> names(b)=c("geno1","geno2","geno3")#geno mean genotype
> names(b)
[1] "geno1" "geno2" "geno3"
> names(b)[1]
[1] "geno1"
> names(b)[1]="test"
> names(b)
[1] "test""geno2" "geno3"
> names(b)=NULL
> b
[1] "AA" "AT"
> b["geno2"]
"AT"
pop_name=c(“CEU”,"YRI")
names(pop_name)=c(1,2)
names(pop_name[1])=1
4.去除某一元素：b[-index.nu]
#想去除元素”TT”,如果你不知道是第幾個索引，可以先判斷索引甸赃，再刪除。
>b=c("AA","AT","TT")
>names(b)=c("geno1","geno2","geno3")
> index.TT=which(b=="TT")
> b=b[-index.TT]
> b
geno1 geno2
"AA""AT"
5.相當于Python中的set()函數(shù)和count()函數(shù)：unique()蛮寂，table()
> b=c("TT","AT","AT","TT","AA")
> unique(b)#即相當于去除所有的重復(fù)著洼，只保留一個
[1] "TT" "AT" "AA"
> table(b)#以元素為name,統(tǒng)計各元素的個數(shù)
b
AA AT TT
122
6.字符串的分割：strsplit()
> test="AA"
> strsplit(test)
錯誤于strsplit(test) :缺少參數(shù)"split",也沒有缺省值
> strsplit(test,split='')
[[1]]
[1] "A" "A"
> test=strsplit(test,split='')[[1]]
> test
[1] "A" "A"
7.文本文檔的寫入：write.table()
write.table( res.matrix,file=new.file,sep='\t',quote=F,row.names=F,col.names=F,append=T)#quote=F去掉引號后寫入，row.names=F去掉行的名字寫入雕憔，否則會把名字寫進去
##寫入數(shù)據(jù)時候最好把數(shù)據(jù)存儲成一個matrix然后直接寫姿骏。要是每行每行寫的話要注意數(shù)據(jù)的格式了。先建立一個空的matrix斤彼，見8分瘦，然后通過rbind或者cbind疊加上去蘸泻。
方法一：
a=c()
b=c(“AA”,”TT”,”CC”)
for (i in 1:3){
a=c(a,b)
}
write.table(a,file=”test.txt”)#你會發(fā)現(xiàn)結(jié)果是
AA
TT
CC
….
##而且還有行和列的名字，因為沒有設(shè)置參數(shù)嘲玫。因為對于c向量來說悦施，寫的話默認是豎著寫的，每個元素占一行去团。所以比較方便的就是rbind
方法二：
a=c()
b=c(“AA”,”TT”,”CC”)
for (i in 1:3){
a=rbind(a,b)
}
write.table(a,file=”test.txt”抡诞，quote=F,row.names=F,col.names=F)#你會發(fā)現(xiàn)結(jié)果是
AA TT CC
AA TT CC
AA TT CC
##原因是rbind把最總結(jié)果當做矩陣了。對于R數(shù)據(jù)的寫入最好能生成最后的矩陣再寫入土陪。但是西面的梅一行寫一次和方法二的效果是想通的昼汗，但是要用到append參數(shù)。
a=c()
b=c(“AA”,”TT”,”CC”)
for (i in 1:3){
a=rbind(a,b)
write.table(a,file=”test.txt”鬼雀，quote=F,row.names=F,col.names=F,append=T)
}
8.建立一個空的matrix：
res.matrix <- matrix( ,nrow=0,ncol=6 )##這樣就建立了一個0行6列的空matrix了顷窒。
9.如何將R運行結(jié)果輸出到文件
> x=read.table("F:/my/work/chengxu/PValue/pc2jieguo/pc2302.txt")
> z=t(x)
> ks.test(y,z)
Two-sample Kolmogorov-Smirnov test
data:y and z
D = 0.207, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: two-sided
如上面運行結(jié)果，我想將p-value < 2.2e-16自動保存到一個文件中源哩，如何用R程序?qū)崿F(xiàn)鞋吉，謝謝！
sink("output.txt")
print(ks.test(y,z)$p.value)
sink()
http://cos.name/cn/topic/16300
10 降序排列：
> a=c(1,1.2,0.1,4,5,-0.1)
> a=sort(a,decreasing=T)
> a
[1]5.04.01.21.00.1 -0.1
11. 取前1％的數(shù)
> a=c(1:10,4:20,1:100,1:1000)
> a=sort(a,decreasing=T)#先降序
> sig=a[round(length(a)*0.01)]
> sig
[1] 990
12.在shell中直接執(zhí)行R腳本
R CMD BATCH --argstest.R
13. R中高級作圖的方法
http://qizhi502.blog.163.com/blog/static/11497002520120611451736/
14:設(shè)置字體類型：
par(family='Times New Roman')
15:控制圖形四周的空白大小
par(mfrow=c(3,1),mar=c(0,0,0,0))
其中mar是四周的間距,分別為x,y上下的距離
16控制作圖區(qū)域的大小layout
layout(c(1,2,3),height=c(1,1,0.5))
分成豎著三份璧疗， 其中三份比列依次為（高度依次為2：2：1）
17保留兩位小數(shù)
round(0.123,digits=2)
18 在原有圖的基礎(chǔ)上畫圖：
par(fig=c(0.1,0.5,0.43,0.65), new=TRUE)
19 只顯示y軸
plot(1:10,1:10,axes=F)
axis(2,at.....)
20 調(diào)節(jié)刻度方向 las
plot(1:10,1:10,las=1)
21 屏幕分割
layout(matrix(1:16,4,4))＃＃＃豎著plot
par(mfrow=c(4,4))##橫著plot
22.邏輯表示或者
xor為異或坯辩，兩值不等為真，兩值相等為假崩侠。例：xor(0, 1)
23. 從向量中隨機取幾個數(shù)sample
sample(rep(1:1000),10)
23 字符串轉(zhuǎn)換成小數(shù)浮點型
as.numeric("0.123")
24. 讀取不規(guī)范的文本
f=readLines(afile,n=1)＃n表示讀幾行
f=strsplit(f,'\t')##分割
f[1][[1]]##第一行
f[1][[1]][1]##第一行 第一個字符串
25. write 寫入文件
write(afile, "a\tb\t",append=T) #沿著每行一次 寫入
26. 不需要循環(huán)漆魔，這直接對matrix沒行或者每列進行篩選操作apply（）
apply（data,col2 or row1, max>0）
27.保留2位小數(shù)
a=2.300
a=as.numeric(sprintf(“%.3f”,a))
28。調(diào)出假設(shè)檢驗的p value
t.test(data1,data2)$p.value
